W grudniu 1979 w Iranie uchwalono konstytucję, która opiera się na szariacie. W lipcu 1980 rozwiązano Irańską Radę Rewolucyjną – jej kompetencje prawodawcze przejął parlament, a wykonawcze rząd i prezydent. Jednocześnie powołano Radę Strażników Rewolucji Islamskiej, która czuwa nad zgodnością ustaw z prawem islamu. Nowa republika odrzuciła wartości zachodnie i aż do wojny w Kuwejcie w 1991 roku prowadziła politykę izolacjonizmu. Wprowadzenie nowego prawa często wiązało się z łamaniem praw człowieka. W 1981 w wyniku konfliktu dotyczącego zasad niepodzielności władzy świeckiej i religijnej pomiędzy prezydentem a fundamentalistami muzułmańskimi parlament pozbawił władzy prezydenta Iranu Abol Hassana Bani Sadra. Urząd prezydenta objął teolog Ali Chamenei, który potwierdził polityczno-religijną jedność władzy sądowniczej, ustawodawczej i wykonawczej. W sierpniu 1988 władze irańskie rozpoczęły falę egzekucji na więźniach politycznych. Była to największa fala egzekucji od rewolucji irańskiej z 1979. Według szacunków w latach 1988–1989 zabito od 4,5 do 5 tys. więźniów politycznych. Po śmierci Chomejniego w 1989 przywódcą religijno-politycznym został Ali Chamenei.