Dorobek naukowy Dorobek naukowy prof. Marka Kłodzińskiego obejmuje 432 pozycje opublikowane, z czego 276 to oryginalne prace twórcze. Jest autorem 11 książek, 25 książek wydano pod jego redakcją lub współredakcją naukową, w tym czterech w językach obcych, 98 rozdziałów w monografiach, 164 artykułów w czasopismach naukowych i 124 artykułów popularnonaukowych. W czasie swojej kariery zawodowej wygłosił ponad 70 referatów na konferencjach oraz był przewodniczącym komitetów organizacyjnych 29 konferencji, w tym 7 międzynarodowych. Zrecenzował wiele prac naukowych, w tym 89 recenzji książek i artykułów, 23 recenzje rozpraw doktorskich, 6 recenzji prac habilitacyjnych oraz 11 recenzji dorobku naukowego osób ubiegających się o tytuł naukowy profesora.
Monografie autorskie Aktywizacja społeczno-gospodarcza gmin wiejskich i małych miast, IRWiR PAN, Warszawa 2006 Aktywizacja gospodarcza obszarów wiejskich, IRWiR PAN, Warszawa 1999 Wielofunkcyjny rozwój terenów wiejskich w Polsce i krajach Unii Europejskiej, Wydawnictwo SGGW, Warszawa 1996 Polska na tle ogólnoświatowych tendencji w rozwoju dwuzawodowości w rolnictwie, PWN, Warszawa 1986 Gospodarstwa o mieszanych źródłach dochodu w Polsce i w innych krajach, IRWiR PAN, Warszawa 1982 Dwuzawodowość w rolnictwie polskim, IRWiR PAN, Warszawa 1978 Proste formy kooperacji w