W czasie kampanii prezydenckiej w 2008 udzielał się w sztabie Lewona Ter-Petrosjana, konkurującego z Serżem Sarkisjanem. Po tamtych wyborach miały miejsce trwające 10 dni masowe protesty, które zostały krwawo stłumione przez władze, a ponad 100 opozycjonistów aresztowano. Paszinian został obarczony odpowiedzialnością za zamieszki i ukrywał się przez ponad rok, po czym został skazany na siedem lat więzienia, gdy w czerwcu 2009 ujawnił się. Po dwóch latach, w maju 2011 został zwolniony z więzienia w ramach większej amnestii.
W 2012 został wybrany na posła, mandat objął 6 maja tego samego roku i przez następne pięć lat zasiadał w nim jako członek opozycyjnego Ormiańskiego Kongresu Narodowego. W 2017 kierował partią należącą do opozycyjnego sojuszu Elk, ten blok partii zdobył 120 tys. głosów i uzyskał trzecie miejsce w wyborach parlamentarnych. W tym samym roku startował w wyborach na urząd burmistrza Erywania i uzyskał drugie miejsce z wynikiem 21% głosów. W kwietniu 2018 został przywódcą protestów przeciwko nominacji Serża Sarkisjana na stanowisko premiera.