Masakra rozpoczęła się na dany przez Mayera trzykrotny sygnał gwizdkiem. Trzyosobowe grupy policjantów i żandarmów krążyły od domu do domu, zabijając napotkanych mieszkańców. Ludność mordowano bez względu na wiek i płeć. Niemcy strzelali do uciekających, wrzucali granaty przez okna domów, dobijali rannych, mordowali kobiety i dzieci przy użyciu kolb karabinowych. Dwuletniemu Stefanowi Fijołkowi jeden z żandarmów roztrzaskał głowę o przydrożny kamień.
Pacyfikacja trwała sześć godzin. Gdy zakończyło się mordowanie ludności, volksdeutsche z okolicznych wsi przystąpili do grabieży opustoszałych zagród. Inwentarz żywy oraz wartościowe przedmioty zabrano na posterunek żandarmerii w Łopusznie. Po zakończeniu rabunku Niemcy wrzucili zwłoki pomordowanych do zabudowań, które następnie podpalili. Zginęła wtedy pewna liczba Polaków, którzy wciąż ukrywali się na terenie wsi. Skałka została niemal doszczętnie spalona; nie oszczędzono nawet zagród sołtysa i jego brata. Ocalały tylko dom i kuźnia należące do rodziny Fatalskich.