We wrześniu 1919 dowództwo batalionu stacjonowało w Mińsku. Wg Ochała 14 listopada 1919 batalion przydzielono do dyspozycji frontu litewsko-białoruskiego w Lidzie. 19 listopada wyjechał do Lidy, a tam podporządkowany został Dowództwu Okręgu Etapowego Mińsk. Od 27 listopada 1919 batalion pełnił służbę garnizonową, wartowniczą oraz prowadził ekspedycje karne i rozbrajał ludność w grupie kpt. Górskiego. Wiosną 1920 batalion podlegał nadal DOE „Mińsk”. We wrześniu batalion wchodził w skład IVa Brygady Etapowej. Stacjonował w Białej Podlaskiej przy Dowództwie Powiatu Etapowego Biała. Stan baonu wynosił wówczas 2 oficerów i 271 szeregowców. W październiku 1920 zreorganizowano brygady etapowe 4 Armii. Batalion wszedł w podporządkowanie dowódcy IVb Brygady Etapowej.
W lutym 1921 bataliony etapowe przejęły ochronę granicy polsko-rosyjskiej. Początkowo pełniły ją na linii kordonowej, a w maju zostały przesunięte bezpośrednio na linię graniczną z zadaniem zamknięcia wszystkich dróg, przejść i mostów.
W 1921 bataliony etapowe ochraniające granicę przekształcono w bataliony celne.