19 października 1920 Minister Spraw Wojskowych przydzielił batalion, pod względem ewidencyjnym i uzupełnień, do Baonu Zapasowego Wojsk Wartowniczych i Etapowych Nr IV w Łodzi oraz nakazał szefowi Departamentu I MSWojsk. sformowanie 4 kompanii przy baonie zapasowym Wojsk Wartowniczych i Etapowych Nr IV, której zadaniem było prowadzenie ewidencji i uzupełnianie baonów etapowych litewsko-białoruskich. Równocześnie zapowiedziano przeformowanie tej kompanii, „w swoim czasie”, w kadrę baonu zapasowego lub jej rozwinięcie w baon zapasowy wojsk wartowniczych i etapowych dla Ekspozytury Dowództwa Okręgu Generalnego Warszawa w Białymstoku.
Na początku czerwca 1921 przesunięto z Womian i Wilna jego pododdziały na odcinek kordonowy „Wilno”. Pododcinek w rejonie Mejszagoły został obsadzony przez posterunki 1 kompanii w Baszkunach, Jawniunach, Mejszagóle, Kiemiele, Duksztach, Antokolu i Surmańcach. Dowództwo 1 kompanii por. Piotra Tappera zostało rozmieszczone w Mejszagole. 2 kompania etapowa utrzymywała placówki między innymi w Dekszni, Pomereczu i Pengle. 3 kompania trzymała placówkę m.in. w Mostach. Dowództwo batalionu pozostało w Wilnie.
We wrześniu 1922 Litewsko-Białoruski batalion etapowy został zlikwidowany.