Ponadto introdukowana gambuzja czyniła szkody wobec gatunków posiadających wodne stadium larwalne w cyklu rozwojowym, a ich agresywne zachowania powodują, że stały się poważnym zagrożeniem dla australijskiej fauny wodnej, w tym dla rodziny tęczankowatych oraz co najmniej jednego gatunku żaby. Kilka populacji tęczankowatych przestało istnieć w wyniku presji ze strony gambuzji kropkowanej. Sytuację pogarsza fakt, że Gambusia holbrooki ma zdolność przetrwania w warunkach środowiskowych zabójczych dla innych gatunków ryb.
W Australii podjęto działania mające na celu ochronę gatunków natywnych przed gambuzją kropkowaną. Jednym z takich przedsięwzięć była próba wyniszczenia populacji gatunku inwazyjnego przez wprowadzenie do środowiska związku chemicznego zabijającego larwy komarów. Okazało się, że ma on silny wpływ na G. holbrooki, jednakże szybko przystosowała się ona do jego obecności, natomiast zwiększenie dawki nie wchodziło w grę ze względu na szkodliwość dla gatunków natywnych. Inna podjęta próba opierała się na elektryzowania zbiorników „zainfekowanych” przez gambuzję. Okazało się, że straty w gatunkach natywnych oraz koszty przedsięwzięcia przerosły znacząco korzyści i w efekcie projekt został zarzucony.