Jej rodzice rozwiedli się, gdy miała 7 lat, a prawo opieki nad nią i jej siostrą powierzone zostało jej matce. Po rozwodzie, w weekendy odwiedzała swojego ojca, wspólnie ze swoją siostrą, w Palo Alto. Twierdzi, że z powodu koloru ich skóry, dzieci sąsiadów nie mogły się z nimi bawić. Kiedy Harris miała 12 lat, wspólnie z matką i siostrą przeprowadziła się do Montrealu. Jej matka zajmowała się tam pracą badawczą w Żydowskim Szpitalu Ogólnym (Jewish General Hospital) oraz nauczaniem na Uniwersytecie McGilla. Jako nastolatka, współtworzyła małą grupę taneczną składającą się z sześciu tancerzy, którzy występowali w domach kultury i na zbiórkach pieniędzy. Liceum ukończyła w 1981 r.
W 1986 r. ukończyła studia na Uniwersytecie Howarda, zdobywając stopień bachelor’s degree z politologii i ekonomii. Podczas studiów była członkinią rady studentów sztuk wyzwolonych, brała udział w debatach, organizowała programy mentorskie dla miejscowej młodzieży, protestowała przeciwko segregacji rasowej i wstąpiła do korporacji studentek , która była pierwszym tego typu afroamerykańskim studenckim bractwem. Następnie w 1989 na Uniwersytecie Kalifornijskim ukończyła prawo i zdobyła stopień .