Jako młoda dziewczyna padała ofiarą licznych kar cielesnych zadawanych przez rodziców (szczególnie przez matkę). Pod wpływem Josepha de Maistre’a (Ministra Pełnomocnego Króla Sardynii u cara) i jezuitów, hrabina Rostopczyna nawróciła się z prawosławia na katolicyzm. Od trzynastego roku życia Zofia była wychowywana już, wbrew woli ojca, w duchu religii katolickiej. On sam pozostał jednak prawosławny.
W 1812 roku podczas inwazji Napoleona na Rosję jej ojciec piastował stanowisko gubernatora Moskwy. W tym czasie pisał pamflety przeciw Napoleonowi. Nakazał usunąć pompy przeciwpożarowe i uwolnić więźniów z misją podpalenia każdej dzielnicy Moskwy. Pożar Moskwy, skomentowany przez Zofię: Widziałam zorzę polarną unoszącą się nad miastem, zmusił Napoleona do wycofania się. Sukces tego planu pociągnął jednak za sobą wrogość nie tylko tych, którzy stracili swoje domy, ale również arystokratów-kupców do tego stopnia, że Fiodor Rostopczyn zdegradowany przez cesarza, wolał opuścić ojczyznę i osiedlić się w Polsce w 1814 roku, potem w Niemczech, we Włoszech, a w końcu w 1817 we Francji.