Znajdował się wówczas w ewidencji PKU Bielsk Podlaski i przynależał do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr IX (przewidziany był do użycia w czasie wojny).
W czasie kampanii wrześniowej we wrześniu 1939 został zmobilizowany i wziął udział w obronie twierdzy w Brześciu nad Bugiem. Po agresji ZSRR na Polskę wzięty do niewoli sowieckiej i przewieziony do obozu w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany potajemnie w bezimiennej mogile zbiorowej w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD, pod poz. 4027.
Jan Kowalczuk był żonaty i miał syna.
Upamiętnienie W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, w 2010 zasadzony został Dąb Pamięci we włocławskim Parku im. Władysława Łokietka, poświęcony majorowi Janowi Kowalczukowi-Obniskiemu. 5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień majoraDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON..