12 października 1972 znalazł się wraz z matką i młodszą siostrą na pokładzie samolotu, którym jego drużyna udawała się na wyjazd sparingowy do Chile. W trakcie lotu siedział w prawym rzędzie siedzeń, początkowo przy oknie, obok swojego przyjaciela Francisca Abala. Jednak później zamienili się miejscami i Fernando usiadł po stronie przejścia. Po południu samolot musiał lądować w Mendozie w Argentynie z powodu złych warunków pogodowych. Lot kontynuowano nazajutrz, 13 października. Dwadzieścia minut przed planowanym lądowaniem w Santiago samolot rozbił się o bezimienne wzniesienie w pobliżu wulkanu Tinguiririca. Parrado odniósł ciężkie obrażenia, miał pękniętą czaszkę i był nieprzytomny. Został przeniesiony na tył samolotu, gdzie układano ciężej rannych. Trzeciego dnia po katastrofie odzyskał przytomność. Dowiedział się wówczas, że jego matka nie żyje, a siostra jest ciężko ranna. Kolejne dni poświęcił na opiekę nad Susaną. Dziewczyna zmarła w jego ramionach wieczorem 21 października, ósmego dnia po wypadku. Kolejnego dnia Fernando pochował ją w śniegu. 12 grudnia wraz z Roberto Canessą wyruszył przez góry na zachód w stronę Chile, aby sprowadzić pomoc. 20 grudnia spotkali oni chilijskiego pasterza Sergio Catalána, który zawiadomił policję.