Po zakończeniu rządów osmańskich w 1878 w Sofii były 32 meczety. Z tych budynków obecnie zachowało się pięć. Meczet Bania Baszi jest jedynym meczetem w bułgarskiej stolicy, który zachował się w pierwotnej formie. W budynku dawnego Wielkiego Meczetu (bułg. Буюк джамия/Bujuk Dżamija) mieści się obecnie Narodowe Muzeum Archeologiczne.

Na łuku nad drzwiami frontowymi namalowany jest tekst, którego nie da się odszyfrować. Poniżej znajduje się rok 974, dlatego zakłada się, że meczet został zbudowany w roku 974 według kalendarza muzułmańskiego, który rozpoczął się od hidżry. Odpowiada to kalendarzowi chrześcijańskiemu (kalendarz gregoriański) w roku 1566 lub 1567. Islamski rok 974 trwał w kalendarzu juliańskim od 19 lipca 1566 do 9 lipca 1567. W tym czasie Imperium Osmańskie rządziło Sofią i większością Półwyspu Bałkańskiego.

Podczas rządów komunistycznych w Bułgarii (1944–1989) meczet nie był eksploatowany. Od 1989 roku znów można usłyszeć modlitewne wezwania muezinów z minaretu.