Działalność naukowo-badawcza prof. Nadera skupia się m.in. na budowie i badaniach środków transportowych, badaniach oddziaływania drgań, hałasu i innych czynników fizycznych na otoczenie i człowieka, modelowaniu i symulacji oddziaływań dynamicznych w układzie człowiek – pojazd – środowisko, biomechanice (jest twórcą oryginalnych modeli biomechanicznych człowieka), zagadnieniach recyklingu i ekologii. Jest autorem i współautorem 284 publikacji oraz ponad 60 raportów naukowo-badawczych dotyczących m.in. oddziaływania pociągów metra na otoczenie i ludzi, a także współautorem czterech aktów prawnych z zakresu ochrony pracy, określających dopuszczalne poziomy drgań w pojazdach samochodowych i szynowych. Dokumenty te wykorzystywane są w szczególności przy projektowaniu bezpiecznych i ergonomicznych lokomotyw i zespołów trakcyjnych oraz ich produkcji i eksploatacji. W 2001 r. prof. Nader po raz pierwszy zastosował analizę przepływu energii i rozdziału mocy jako metodę do badania oddziaływania drgań ogólnych na człowieka, umożliwiając wskazanie narządów najbardziej obciążonych drganiami (3 lata wcześniej metodę tę wykorzystał Marian Witalis Dobry dla drgań miejscowych).