Choroba najczęściej rozwija się u chorych z upośledzoną odpornością, ale może ona występować także u osób immunokompetentnych.
Objawy i przebieg U pacjentów z prawidłową odpornością izosporoza rozwija się stopniowo i objawia się najczęściej wodnistą biegunką (niezawierającą krwi, niekiedy tłuszczową), ogólnym osłabieniem, brakiem łaknienia, rozlanymi bólami brzucha i gorączką. W badaniach laboratoryjnych można stwierdzić eozynofilię. W przypadku wystąpienia infestacji u osoby z niedoborem odporności (najczęściej chorej na AIDS) lub dziecka izosporoza przebiega znacznie ciężej, a nawet piorunująco. Wtedy biegunka oraz bóle brzucha są bardziej nasilone, może wystąpić znaczna utrata masy ciała (nawet o kilkadziesiąt kilogramów), nudności i wymioty, odwodnienie oraz zespół złego wchłaniania. Choroba nieleczona może trwać nawet kilka lat.