W dniu 12 listopada 1830 został aresztowany (na skutek denuncjacji Franciszka Kruszelnickiegohttps://web.archive.org/web/20180528052108/http://www.wuw.pl/data/include/cms/monumenta-ebook/pdf/Dzieje-Uniwersytetu-Warszawskiego-1816-1915.pdf wuw.pl) i osadzony m.in. w więzieniu karmelickim na Lesznie – podczas śledztwa załamał się i złożył zeznania obciążające niektórych akademików. W rezultacie aresztowano kolejnych sprzysiężonych: Ignacego Czernika, Wincentego Gaucza, Ignacego Polańskiego, Anastazego Mazowieckiego, Antoniego Dutkiewicza i Hipolita Mierosławskiego. W przesłuchaniach Bartkowskiego uczestniczyli m.in. pierwszy rektor Uniwersytetu Warszawskiego Wojciech Szweykowski, poeta i sekretarz uczelni Kazimierz Brodziński, prof. Adrian Krzyżanowski, kurator UW Maksymilian Fredro (brat Aleksandra), generałowie Aleksander Rożniecki, Stanisław Potocki, Józef Rautenstrauch.