Uwięzienie w obozach koncentracyjnych W czerwcu 1940 uwięziony został w obozie Gestapo Rotunda Zamojska. Przewieziony następnie do więzienia niemieckiego SS na Zamku Lubelskim. Kolejno był więźniem obozów niemieckich Sachsenhausen od 1 lipca 1940 do 13 grudnia 1940. Następnie w obozie KL Dachau (numer 26760) od 14 grudnia 1940 do 29 kwietnia 1945, do wyzwolenia obozu przez wojska amerykańskie. Przebywał tam 4 lata i 4,5 miesiąca. Dzielił podobny los z księżmi związanymi z Zamościem – ks. Wacławem StaniszewskimAndrzej Kędziora, Staniszewski Wacław (1907–1979) ksiądz, doktor teologii, zamosciopedia.pl, 2012-11-11. [dostęp 2018-05-29]. i ks. Franciszkiem TrochonowiczemAndrzej Kędziora, Trochonowicz Franciszek (1906–1969) ksiądz kanonik, zamosciopedia.pl, 2013-06-12. [dostęp 2018-05-29]..
Działalność po zakończeniu wojny W lipcu 1945 powrócił do Zamościa i został administratorem kolegiaty zamojskiej. W 1947 biskup lubelski ks. Stefan Wyszyński mianował go proboszczem parafii kolegiackiej i dziekanem zamojskim. Współtworzył dwie parafie miejskie. Prowadził działalność charytatywną. W 1946 roku otworzył kuchnię dla ubogich i świetlicę. Prowadził odbudowę i remonty kolegiaty zamojskiej.