Objawy Obraz neutropenicznego zapalenia jelit jest niespecyficzny i bywa trudny do odróżnienia od uszkodzenia śluzówek przewodu pokarmowego przez cytostatyki czy zajęcia przewodu pokarmowego przez nowotwór. Objawy zwykle pojawiają się po dwóch tygodniach od zakończenia kursu chemioterapii, co koreluje z granulocytopenią.
Najczęstszymi objawami są gorączka, ból brzucha oraz biegunka. Towarzyszyć im mogą nudności, wymioty oraz wzdęcie brzucha. Gorączka występuje u 90% chorych, ale jest objawem nieswoistym. Ból brzucha u 60–80% chorych lokalizuje się w prawym dolnym kwadrancie jamy brzusznej. Część chorych nie prezentuje bólu brzucha. Rzadkimi objawami są smoliste stolce lub hematochezja, ale możliwe są poważne krwawienia z przewodu pokarmowego powodujące niestabilność hemodynamiczną. W późniejszym stadium choroby może dojść do ograniczonego zapalenia otrzewnej, a następnie do rozlanego zapalenia otrzewnej. Choroba może ulegać progresji do perforacji przewodu pokarmowego oraz sepsy do wstrząsu septycznego włącznie.