W przypadku braku poprawy pomimo stosowania antybiotykoterapii o szerokim spektrum lub nie ustępowania gorączki po kilku dobach leczenia może być konieczne dołączenie do leczenia leku przecigrzybiczego takiego jak amfoterycyna B. W przypadku podejrzenia współistnienia zakażenia Clostridium difficile antybiotykoterapię rozszerza się o dodanie wankomycyny lub metronidazolu. Często w celu zachowaniu przewodu pokarmowego w spoczynku zaleca się dietę ścisłą i żywienie pozajelitowe. Jednak może to prowadzić do zaniku kosmków jelitowych oraz dalszego naruszenia integralności błony śluzowej jelita. W związku z tym u wybranych chorych z łagodniejszą postacią choroby odpowiadających na leczenie może być stosowane żywienie doustne lub dojelitowe. Nie zaleca się rutynowego stosowania inhibitorów pompy protonowej oraz odsysania treści żołądkowej, ponieważ sprzyja to migracji niektórych bakterii. Inhibitory pompy protonowej znajdują zastosowanie w przypadku bólu w nadbrzuszu, zapaleniu żołądka, choroby wrzodowej oraz stosowania kortykosteroidów.