Historia parafii Niejasny jest natomiast czas i okoliczności jego erygowania przy kościele parafii, ale przypuszczalnie miało to miejsce nie później niż w XI wieku, w okresie, w którym zostały określone struktury administracyjne, religijne i cywilne w mieście. W 1228 roku przy kościele utworzono Congregazione di San Polo (Zgromadzenie św. Pawła), jedno z dziewięciu zgromadzeń weneckiego duchowieństwa. Do 1807 roku kościół miał status kolegiaty, której kapituła składała się z trzech kapłanów, jednego diakona i jednego subdiakona. Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1810 roku parafia przy kościele została zniesiona, a jej teren, razem z terenem parafii San Tommaso, włączono do nowo powstałej parafii Santa Maria Gloriosa dei Frari, zaś kościół San Polo został zdegradowany do rangi kościoła filialnego. W 1839 roku został konsekrowany przez patriarchę Giacoma Monica. W 1923 roku erygowano przy nim stały wikariat.