Po kapitulacji Włoch we wrześniu 1943, wspólnie z Bernardem Llupim i Marie Shllaku utworzył organizację Besa Kombētare, która miała działać na rzecz utrzymania jedności Albanii i Kosowa. Od listopada 1943 współpracował z Albańskim Ruchem Narodowo Demokratycznym (Levizja Nacional-Demokrate Shqiptare), założonym przez Halima Spahię. Organizacja zakładała współpracę ze Stanami Zjednoczonymi i Wielką Brytanią w celu realizacji idei Wielkiej Albanii. W 1944 Ymer Berisha stanął na czele tej organizacji i objął stanowisko jej komendanta wojskowego. W sierpniu 1945 wziął udział w spotkaniu przywódców albańskich w Doberdolu, które miało wypracować wspólną strategię walki przeciwko komunistom. W tym czasie Berisha podjął współpracę z działającym na terenie Albanii Muharremem Bajraktarim. 25 lipca 1946 w rejonie wsi Blinaje miał odbyć się kongres działaczy narodowych. Miejsce spotkanie zostało jednak rozpracowane przez dowodzącego strukturami OZNA w Kosowie Spasoje Gjakovicia. Dzień później oddział, którym dowodził Berisha został otoczony w rejonie Juniku przez jednostkę OZNA, a on sam zginął w walce.