Kamień węgielny nowego kościoła położony został 13 czerwca 1869, na działce ziemi podarowanej przez sędziego Giovanniego Conti. Fundusze na budowę zasilone zostały przez rząd, mieszkańców i kilku większych darczyńców, zaś budynek został zaprojektowany przez architekta Giorgio Costantino Schinasa. Budowę ukończono w 1875, a msza św. inauguracyjna odprawiona została 11 lipca tego roku przez biskupa Carmelo Sciclunę. W czasie, kiedy budowano kościół, miejscowość wciąż była częścią parafii Qormi, lecz 1 grudnia 1881 Ħamrun ustanowione zostało samodzielną parafią, z kościołem św. Kajetana jako parafialnym. Poświęcenie kościoła nastąpiło 26 września 1930.
Oratorium (stojąc twarzą do fasady kościoła - po prawej) dobudowane zostało w 1895, projektantem był Andrea Grima. Kopuła kościoła, zaprojektowana została w latach 20. XX wieku przez Andrea Vassallo, lecz jej budowa opóźniła się kilka dziesięcioleci. Została w końcu zbudowana pomiędzy 13 kwietnia 1953 a 20 kwietnia 1955, pod nadzorem Guzè D'Amato. Jakkolwiek konstrukcja powstała dekady po śmierci konstruktora, zbudowano ją według oryginalnych planów, jedynie z niewielkimi strukturalnymi poprawkami, dokonanymi przez budowniczego.