III Rzeczpospolita (1989–2004) mały|upright|Tabliczka z nazwą sprywatyzowanej spółki Przemiany ustrojowe zapoczątkowane w latach 1989–1990 wpłynęły negatywnie na funkcjonowanie zakładu. W połowie lat 90. XX wieku zatrudniał 650 osób. Konsekwencją konkurencji z tanimi produktami importowanymi z Azji były narastające długi oraz spadek produkcji w „Primusie”. Zakład został podtopiony podczas powodzi tysiąclecia w lipcu 1997.
Na bazie należącego do Skarbu Państwa zakładu obuwniczego „Primus” gmina Prudnik utworzyła w sierpniu 2002 spółkę Prudnickie Zakłady Obuwia „Primus”. Jej pierwszym szefem został Grzegorz Świeży. Zakład nadal borykał się z problemami finansowymi. 27 stycznia 2004 prezes Maciej Markowski złożył do Sądu Gospodarczego w Opolu wniosek o upadłość PZO „Primus”, a następnego dnia zrezygnował ze stanowiska prezesa. 23 lutego 2004 pracownicy zakładu rozpoczęli strajk ostrzegawczy, domagając się zaległych wypłat. Długi obu spółek obuwniczych wyniosły blisko 8 milionów zł.