Nowy pomnik Göpperta (autorstwa rzeźbiarzy Stanisława i Michała Wysockich), wzorowany na stojącym dawniej na Promenadzie Staromiejskiej, z nowym postumentem, odsłonięto 1 października 2014 roku we wrocławskim Ogrodzie Botanicznym.
Od 1 lipca 1900 roku botanik swój pomnik posiada także w rodzinnej Szprotawie. Po II wojnie światowej cokół wraz z popiersiem zaginęły. W dniu 12 czerwca 2015 roku na odzyskanym cokole dokonano uroczystej odsłony zrekonstruowanego popiersia. W Szprotawie zachował się także dom rodzinny Göppertów, w którym przyszły botanik spędził najmłodsze lata życia. Jego naukowe zainteresowania dotyczą także ziemi szprotawskiej. W wydanej w 1844 Flora of Schlesien i innych publikacjach Göppert opisuje wyjątkowe okazy roślinności, jakie posiada Rezerwat przyrody Buczyna Szprotawska. Pod wsią Witków odkrył stanowisko ze skamieniałościami historycznych zwierząt. Pracą naukowca z zupełnie innej dziedziny jest opisanie uderzenia pioruna w Szprotawie w sierpniu 1850 i jego następstw.
Upamiętniony został w nazwie rodzaju Goeppertia z rodziny marantowatych.