John Lennon, Joni Mitchell, a w nagraniach udział wzięli wszyscy dotychczasowi członkowie zespołu oraz stale współpracujący z grupą Danny Lohner (ex-Nine Inch Nails).
W tym samym czasie grupa wydała DVD aMOTION (2004), zawierające dotychczasowe teledyski oraz wcześniej nie publikowane nagrania i remiksy.
W kwietniu (2006) Maynard James Keenan w wywiadzie dla francuskiego pisma Rock Hard powiedział o zespole: Sądzę, że to już skończona sprawa, co w praktyce oznacza zawieszenie lub zaprzestanie działalności grupy.
W 2008 roku lider grupy Billy Howerdel stworzył nowy projekt muzyczny o nazwie Ashes Divide.
We wrześniu 2010 nowym basistą grupy został Matt McJunkins (występujący także w projekcie Puscifer), wtedy także ogłoszona została pierwsza od kilku lat trasa koncertowa grupy. W październiku 2012 Josh Freese opublikował wpis na Tweeterze o treści "Po 13 latach [współpracy] postanowiłem odejść z A Perfect Circle bez planów powrotu".
Muzycy Obecny skład zespołu Maynard James Keenan – wokal prowadzący (od 1999) Billy Howerdel – gitara rytmiczna, gitara prowadząca, wokal wspierający (od 1999) Jeff Friedl – perkusja, instrumenty perkusyjne (od 2011) James Iha – gitara rytmiczna (2003–2004, od 2010) Matt McJunkins – gitara basowa (od 2010)