Reprezentacyjna Troost-Ekong urodził się w Haarlem, jako syn Nigeryjczyka i Holenderki Eleanore Troost. Dzięki temu posiada dwa obywatelstwa i mógł wybrać pomiędzy reprezentowaniem Nigerii, a Holandii. Reprezentował Holandię w młodzieżowych kadrach U-19 i U-20.
W czerwcu 2015, został powołany przez selekcjonera Stephena Keshiego, do reprezentacji Nigerii na mecze eliminacji Pucharu Narodów Afryki. Zadebiutował on w rozegranym 13 czerwca 2015, spotkaniu z Czadem.
Zdążył rozegrać trzy spotkania w seniorskiej reprezentacji Nigerii, zanim został powołany do szerokiej olimpijskiej kadry U-23 w 2016. Znalazł się wśród 23 graczy, którzy reprezentowali Nigerię na Letnich Igrzyskach Olimpijskich 2016.
W maju 2018 został powołany do szerokiego, 30-osobowego składu Nigerii na Mistrzostwa Świata 2018 w Rosji. 3 czerwca znalazł się w ostatecznej 23-osobowej kadrze.
Na Mistrzostwach Świata Nigeria trafiła do grupy D, a Troost-Ekong rozegrał 3 pełne mecze: przegrany 0:2 z Chorwacją, wygrany 2:0 z Islandią oraz przegrany 1:2, po ciężkiej walce, z Argentyną.
W kwietniu 2019 przyznał, że wybranie gry dla Nigerii było najlepszą decyzją jego życia.