W 1999 roku Ponce powrócił do swojego macierzystego CD Universidad Católica. Podczas drugiego pobytu w tej drużynie niezmiennie pozostawał ważnym ogniwem defensywy. W wiosennym sezonie Apertura 2002 zdobył z Universidadem Católica tytuł mistrza Chile, trzykrotnie wywalczył również wicemistrzostwo Chile (w sezonach 1999, 2001 i Clausura 2002) oraz wygrał rozgrywki eliminacyjne Liguilla Pre-Sudamericana (2003). W 2004 roku doświadczony obrońca był bliski odejścia z klubu, lecz trener Jorge Pellicer namówił go do pozostania. Okazało się to słusznym ruchem – w jesiennym sezonie Clausura 2005 Ponce jako ważny gracz pierwszego składu zdobył z Universidadem Católica swoje trzecie mistrzostwo Chile. W 2006 roku władze klubu nie przedłużyły z nim umowy – bezpośrednio po tym zawodnik zdecydował się w wieku 35 lat zakończyć profesjonalną karierę.
Kariera reprezentacyjna W styczniu 1991 Ponce został powołany przez Manuela Pellegriniego do reprezentacji Chile U-20 na Mistrzostwa Ameryki Południowej U-20.