Маргарета Баварска () може да се отнася за:
Маргарета Баварска (1325–1374), дъщеря на Лудвиг Баварски, съпруга на Стефан от Славония Маргарета Баварска (1363-1423), принцеса от Щраубинг-Холандия, чрез женитба херцогиня на Бургундия Маргарета Баварска (1442 – 1479), принцеса от Бавария-Мюнхен, чрез женитба маркграфиня на Мантуа Маргарета Баварска (1456–1501), принцеса от Бавария-Ландсхут, чрез женитба курфюрстиня на Пфалц Маргарета Баварска (1480 – 1531), принцеса от Бавария-Ландсхут, абатеса на манастир Нойбург