Историята на град Мюнхен започва през 1158 г., когато селището е основано като Munichen от Хайнрих Лъв, херцог на Херцогство Бавария и Саксония.

Средновековие 12 век През 1154 г. епископ Ото Фрайзингски установява контрол над търговията със сол, добивана в Райхенхал, тъй като мостът на река Изар при Оберфьоринг (днес в Мюнхен) е под негово управление. Вследствие на конфликт между него и херцога на Бавария, Хайнрих Лъв, мостът е подпален, а Хайнрих Лъв построява нов мост по-надолу по течението на реката, който търговците са задължени да ползват. Така около този втори мост през 1158 г. е основано селището, наречено от Хайнрих Лъв Мюнхен.

Първоначално, Ото Фрайзингски и Хайнрих Лъв се карат за града пред император Фридрих I Барбароса в Райхстага в Аугсбург. През 1180 г., при делото срещу Хайнрих Лъв, херцог на Бавария става Ото фон Вителсбах. Неговата династия управлява областта до 1918 г.

13 век През 1210 г. Мюнхен придобива статута на град (civitas). През 1255 г. херцогство Бавария е разделено и Мюнхен става част от Горна Бавария. През 1271 г., поради увеличилото се население на града, епископът на Фрайзинг създава втора енория, посветена на Света Богородица. През втората половина на 13 век в края на града, на улица Юденгасе (Judengasse, „еврейска улица“) живеят и евреи. За разлика от евреите в други градове като Регенсбург, Нюрнберг и Франкфурт на Майн те нито имат право на гражданство, нито – да участват в сдружения и гилдии. През 1285 г. срещу тях е организиран погром, при който загиват 180 от общо 300-те живеещи в града евреи.

През 1294 г. княз Рудолф I издава градската харта Rudolfinum, с която е утвърден 12-членен градски съвет. Посредством градската харта е утвърдено, че съдията е представител на херцога, докато градът получава правото да предлага част от номинираните кандидати за княз.

14 век През септември 1322 г. мюнхенските военни части участват в битката при Мюлдорф на страната на Лудвиг IV Баварски, която завършва с победа над Фридрих Красивия.

През 1315 г. евреите получават протекцията на херцог Лудвиг IV, изразяваща се в правото свободно да изповядват вярата си, освобождаване от военна повинност и градски данъци, в замяна на което плащат на херцозите „сума за защита“ (Schutzgeld). Херцозите се възползват от зависимостта на евреите от тях и взимат голяма част от печалбите им, освен че ги облагат с извънредни, много тежки данъци, или ги карат да изплащат херцогските дългове.

През 1327 г. градът е напълно опожарен и по-късно построен отново от Лудвиг IV.

През 1353 г. в Мюнхен е установена първата резиденция на Вителсбахите – Алтер Хоф (Alter Hof, координати: ).

През 14 век Мюнхен се простира на площ от около 90 хектара, ограден е от крепостна стена, и става все по-важен център поради двата пътя, които минават през него. В посока изток-запад преминават търговците на сол от Райхенхал за Швабия и Швейцария, а в посока север-юг – търговците от Инсбрук, пътуващи за Инголщат, Нюрнберг и Регенсбург. Освен това тържищното право позволява на мюнхенските търговци да ползват предимство при купуването на преминаващи стоки. На днешния „Мариенплац“, тогава „Шраненплац“ или „Марктплац“, се намира най-големият за времето си пазар в града, на който в началото се продава най-вече сол, но впоследствие става най-голямото тържище на зърно в Южна Германия, а се предлагат и месо и тъкани. Освен него има пазари за риба и вино, като до 15 век виното е предпочитано пред бирата.

В средата на 14 век населението на Мюнхен наброява около 11000 жители, което го прави по-малък от Аугсбург, Регенсбург и Кьолн, но по-голям от Франкфурт на Майн, Базел и Нюрнберг. През 1348, 1356, 1380 и 1396 г. в Мюнхен върлуват епидемии от чума. Въпреки това населението в края на века остава около 10000 жители. След първата епидемия, през 1349 г., за виновни за нея са набедени жителите от еврейската общност и неуспелите да избягат еврейски семейства са изгонени от града. Причините за конфликта са в различната религия на евреите, както и в това, че практикуват лихварство, което теоретично е забранено за християните, а лихвите достигат до 86,6% (от 1372 г. – 43,3%). През 1352 г. евреите са призовани да се върнат обратно и са компенсирани за понесените щети.

След смъртта на Лудвиг IV, през втората половина на 14 век, настъпват тежки времена за града поради поредица от години с малко реколта и епидемии. Това води до недоволство сред 1000-те жители с граждански статут, което води до сваляне на властимащите от няколко патрициански семейства през 1397 г. В 1400 г. е потушен заговор срещу тях, но през 1403 г. властта се връща в ръцете на протежетата на херцозите. Положително за града е, че на 21 август 1403 г. е приета нова градска конституция, според която всички граждани участват в определянето на градските данъци и която остава в сила четири века.

15 век Търговията със сол, която традиционно носи най-големия приход на града, позволява строежа на по-добри укрепления, чието изграждане започва след опасността от хуситски нападения през 1429 г. и трае половин век. Укрепленията помагат да бъдат отблъснати всички нападения преди Тридесетгодишната война. Строежът на укрепления, както и на граждански и църковни сгради води до развитие на тухлопроизводството, което се превръща във втората основна стопанска дейност в града след търговията със сол. Други развити дейности през този период са търговията с вино и тъкани и металургията.

През 1418, 1429 и 1434 г. части от града са опожарени, а през 1443 и 1444 г. е нападан от арманяците. Между 1468 и 1488 г. е реконструирана църквата „Света Богородица“.

16 век Реформацията, започнала през 1517 г., не успява до доведе до изместване в Мюнхен на католицизма за сметка на протестантството. През 1519 г. херцогската власт нарежда унищожаването на лутерановия текст „Към християнските благородници от немско потекло относно изправлението на християнската общност“, която е отпечатана в големия за времето си тираж от 1500 екземпляра. На 5 март 1522 г. Вилхелм IV обнародва едикт, който осъжда тезите на Лутер, а през 1524 г. забранява печатането, продаването и разпространяването на текстовете му. През 1527 и 1528 г. в Мюнхен са убити шестнадесет баптисти, които биват сложени в една група с Лутер, въпреки че той ожесточено ги осъжда.

Междувременно, през 1525 г. към църквата „Света Богородица“ са добавени две 99-метрови кули. При Вилхелм IV започва и строежът на Мюнхенската резиденция, която ще остане резиденция на владетелите на Бавария до края на съществуването на монархията през 1918 г.

Въпреки че наследникът на Вилхелм IV, Албрехт V, разрешава протестантската литература и пеенето на лутерански псалми в църквите в херцогството, в Мюнхен те не са разрешени. Право на гражданство на Мюнхен имат единствено католиците. Вследствие на това част от мюнхенските протестантски семейства се преместват в Аугсбург, Нюрнберг и Регенсбург.

През 1559 г. по покана на херцог Албрехт V в Мюнхен се заселват четирима йезуити, които постепенно се сдобиват с влияние, под което Мюнхен се превръща в основен център на Контрареформацията. Йезуитският колеж измества известното училище Гимназиум поетикум, в което през последния един век е бил пропагандиран хуманизъм. По модела на Ил Джезу в Рим се строи йезуитската църква „Св. Михаил“ (завършена през 1597 г.). Тя е най-импозантната постройка в града за времето си след църквата „Света Богородица“ и първата барокова сграда от такова значение в Южна Германия. Йезуитите въвеждат и театралното изкуство в Мюнхен. По това време в града има и други църковни ордени, които имат по-малко значение от йезуитите – капуцини, театинци, кармелити, елизабетинци и салианци. При строежа на резиденцията и йезуитския колеж са разрушени около сто къщи.

Албрехт V се сдобива и с 10000 тома на търговеца и банкер Якоб Фугер от Аугсбург, които са в основата на създадената от него дворцова библиотека, днес Баварска държавна библиотека.

През 1587 г. херцог Вилхелм V си осигурява монопола върху търговията със сол, като по този начин Мюнхен губи част от икономическата си независимост.

17 век В началото на 17 век крепостните стени достигат четири порти – Нойхаузерската на запад, Изартор на изток, Швабингската порта на север и Зендлингската порта на юг, а в средата между тях се намира площад „Мариенплац“. През 1600 г. населението на града наброява 20000 жители в 1265 къщи или 4000 „домашни огнища“. Най-голямата индустрия в града по това време са 74-те на брой пивоварни.

Малко преди и по време на Тридесетгодишната война градската автономия е ограничена за пореден път, този път от херцог Максимилиан I. Процесът продължава и в следващите десетилетия, като в края на 1610-те всички съсловия упълномощават херцога еднолично да взима решенията, свързани с войната и мира, както и във военно време да променя данъците – право, което остава и в мирно време. Освен това през 1605 г. Максимилиан I нарежда градските съветници да бъдат назначавани пожизнено, което заедно с правото му да избира кмета на града, поставя градската управа в негови ръце. Максимиалиан разширява и икономическата си власт, поставяйки пивоварните под свой контрол. Не на последно място заменя градската милиция с войски на свое подчинение.

На 8 октомври 1619 г. в Мюнхен се провежда среща между Максимилиан I и император Фердинанд II, на която Максимилиан обещава подкрепа от Бавария за нападението срещу Бохемия. За благодарност Максимилиан I през февруари 1623 г. получава титлата курфюрст и Мюнхен получава ранг на електорска столица като Берлин, Дрезден и Прага.

През същата година започва и строежът на нови отбранителни съоръжения, който продължава тридесет години и в който участват няколко хиляди работници, част от тях – принудително. Принудително работещите са или просяци и скитници, или хора, осъдени заради „сериозни отклонения от добрите нрави“ като скъсване на брачната връзка и непристойно поведение. Цената на строежа надхвърля два милиона гулдена, които са набавени чрез извънредни данъци. Строежът на отбранителните съоръжения води и до събаряне на къщи и отчуждаване на земи.

На 17 май 1632 г., в средата на Тридесетгодишната война, шведските войски влизат в Мюнхен. Отбранителните съоръжения не са готови, а Максимилиан I остава в Регенсбург при армията си, вместо да подкрепи града. Шведският крал Густав II Адолф възнамерява да плячкоса града, но е възпрян чрез френско посредничество, което спасява града, но не и до околните села. Густав II Адолф спазва обещанието си и не плячкосва града, с изключение на това, че пренася много томове от княжеската библиотека в родната Швеция. Шведите напускат града, но се връщат отново през следващата година. Повторното им напускане е и последно, въпреки че през 1648 г. превземат близкия град Фрайзинг. Като последица от войната, както и от избухнала епидемия през 1636 г., градът остава с население от 15000 души.

Градът се възстановява бавно от войната. Едва в края на века населението му достига 20000, каквото е било в началото на века. Междувременно съпругата на курфюрст Фердинанд Мария, Анриет Аделаид, оказва влияние върху културата на града и в него пристигат италиански барокови художници. Театинската църква (Theatinerkirche) е построена от архитекта Агостино Барели по модела на църквата „Сант Андреа дела Вале“ в Рим. Впоследствие тя се превръща в дворцова църква и място за гробовете на Вителсбахите.

През 1653 г. в Резиденцията е поставена оперна сцена, а през 1657 г. е отворена и сцена за широката публика на площад „Салваторплац“.

18 век През 1704 г. броят на домакинствата в града е 2266.

След загубената битка при Хьохщет на 13 август 1704 г., по време на Испанската наследствена война, баварският курфюрст Максимилиан II Емануел е прогонен от курфюрството в Нидерландия, а Мюнхен е окупиран и подчинен на австрийската администрация. В нощта на Коледа през 1705 г. бунтуващите се срещу тежката окупация селяни достигат портите на Мюнхен с около 3000 души. Бунтовниците са изтласкани в предградието Зендлинг и около хиляда от тях са убити.