CXorf66, znan i kao protein otvorenog čitanja 66 hromosoma X, je 361aa protein koji je kod ljudi kodiran genom CXorf66. Predviđa se da je kodirani protein tip 1 transmembranski protein; međutim, njegova tačna funkcija još uvijek nije poznata. CXorf66 has one alias: RP11-35F15.2.
Postoji patent za CXorf66 pod fajlom US 8586006, koji izdaje Institut za biologiju sistema (Institute for Systems Biology) i kompanija Integrated Diagnostics, Inc.
Protein CXorf66 potencijalni je novi biomarker raka.
Gen CXorf66 se nalazi na hromosomu X, pozicija Xq27.1, na komplementnom lancu. The CXorf66 gene is located between ATP11C ATPase, MIR505, and HNRNPA3P3. Pored toga, prema OMIM-u, CXorf66 se nalazi između SOX3, SPANXB1 i CDR1.
iRNK
Varijante prerade CXorf66 se sastoji samo od jedne poznate preradne varijante s tri egzona (1-117, 118-271 i 272-1288bp) i dva introna. Lokacije veza javljaju se na položajima 30aa [G] i 81aa [M]. thumb| Prerada proizvoda gena CXorf66
Utvrđeno je da CXorf66ima samo jedno poliadenilacijsko mjesto.
Protein
Sasatav Sa 57 serina i 42 lizina, protein CXorf66 bogat je i prvim i drugim. CXorf66 ima molekulsku težinu od 39,9kdal, a izoelektrična tačka mu je 9,89.
Domeni Protein CXorf66 ima predviđeni signalni peptid od 1. do 19. aminokiseline (aa), topološki domen od 20-47aa, transmembranski domen od 48-68aa i drugi topološki domen od 69-361aa. A signal peptide cleavage site is predicted to occur between the 17-18aa. Analizirajući sastav proteina (bogat serinom i lizinom) i posttranslacijske modifikacije (visoki nivoi fosforilacije), predviđa se da je prvi topološki domen [20-47aa] vanćelijski, dok je topološk domen [69- 361aa] citoplazmatski. Vizuelni prikaz može se vidjeti na slici II.
thumb|Slika I: Kandidatsko mjesto fosforilacije ljudskog proteina CXorf66 thumb|Slika II: SOSUI predviđanje transmembranske topologije proteina CXorf66 Tri ponovljena motiva DKPV [31-34 i 204-207aa], SEAK [97-100 i 287-290aa] i PKRS [161-164 i 245-248aa] pronađena su u ljudskom proteinu CXorf66. Ova ponavljanja su konzervirana kod drugih primata, kao što su Gorilla gorilla gorilla i Macaca mulatta, ali ih nema kod drugih sisara.
Jednonukleotidni polimorfizmi Postoji jedna prirodna varijanta populacije (frekvencija 0,436) kod 233aa, od prolina do leucina u proteinu CXorf66, s prolinom koji je predački kodirana aminokiselina. Efekti ove misens mutacije nisu primijećeni.
Interaktivni proteini
Na osnovu predviđene interakcije proteina u programu STRING, CXorf66 ima bodovanje srednjeg nivoa za povezanost s proteinima navedenim na slici III. Važno je napomenuti da svi navedeni proteini nisu eksperimentalno određeni.
Regulacija
Transkripcija
Promotor Poznat je samo je jedan promotor kojeg je Genomatix predvidio za protein CXorf66 na negativnom lancu iz 139047554-139048298, čija je dužina 745 bp. Kada se za generirani promotor CXorf66 koristi BLAT-poravnavanje, pronađeni su brojni pogoci s visokim identitetom za različite gene na različitim hromodsomima. Slijedi nekoliko generiranih rezultata pretraživanja s najboljim bodovanjem koji dijele visok postotak poklapanja identiteta: Ime Genski ID Rezultat Raspon (bp) van 745 Identitet Hromosom Lanac Start Kraj ZBTB8A 653121 282 656 88,2% 1 - 32994892 32995547 TESK2 10420 263 624 90,3% 1 - 45843093 45843716 TBCK 93627 244 639 91,5% 4 + 107146630 107147268 USP48 84196 241 631 89,0% 1 + 22014725 22015355 PTPN22 26191 227 281 90,0% 1 - 114365307 114365587 PSPH 5723 220 605 90,6% 7 - 56098319 56098923 Jedinstveno, TESK2 je testis-specifična protein-kinaza, koja korelira s predviđenom ekspresijom tkivnog CXorf66.
Faktori transkripcije Korištenjem Genomatixa, stvorena je tabela sa 20 glavnih transkripcijskih faktora i njihovih mjesta vezanja u promotoru CXorf66 (vidi sliku IV) thumb|Slika IV: Generirana lista of mjesta vezanja transcripcijskih faktora u promotoru CXorf66-a
Translacija CXorf66 ima dvije miRNK, hsa-mir-1290 i hsa-miR-4446-5p predviđene za vezanje sa 3' UTR regijom iRNK.
Posttranslacijske modifikacije Expasyjevim programom predviđeno je jedno N-glikozilacijsko mjesto NetNGlyc na NGSS [24aa] sa sekundarnim mestom također moguće na NGTN [21aa]. Primjenom NetPhos, predviđeno je ukupno 48 fosforijacijskih mjesta (41 serin, 2 treonina i 5 tirozina), koja se sva događaju nakon predviđenog transmembranskog domena, sugerirajući citoplazmatsku topologiju. Upotrebom YinOYang, many O-GlcNAc predviđena su mjesta. Sve što uključuje visoki potencijal javlja se nakon transmembranske regije 48-68aa. SUMO plot analiza provedena za protein CXorf66 vrste Homo sapiens, otkrila je veliku vjerovatnoću motiva sumolizacije na položaju K241, zajedno s motivima male vjerovatnoće na K316 i K186. Budući da sumoilacija ima ulogu u različitim ćelijskim procesima, kao što su jedarno-citosolni transport i regulacija transkripcije, očekuje se da je CXorf66 posttranslacijom modificirani SUMO protein.
Subćelijska lokalizacija thumb|Slika V: Jedarna lokalizacija siglala homologa CXorf66 Koristeći PSORT II, nađeno je da postoji signal jedarne lokalizacije od PYKKKHL na 268aa. Može se vidjeti da se ovaj signal kozervira kod primata; međutim, nije prisutan kod drugih sisara. Pored toga, slijedeći SASC kNN-Prediction SDSC-ovog Biology Workbencha, ljudski protein CXorf66 i homolog miša imaju 47,8% vjerovatnoće da završe u jedarnom dijeli ćelije. Za udaljenije homologe, poput onoh kod Bos taurus'', koji nemaju jedarne lokalizacijske signale, međutim, CXorf66 ima vjerovatnoću 34,8% da završi u vanćelijskom prostoru, uključujući regiju ćelijskog zida ili plazmatske membrane. Za prikaz nekoliko homologa i njihovih signala nuklearne lokalizacije, pogledati sliku V.
Homologija CXorf66 nema poznate paraloge kod ljudi; međutim konzervirao je homologe širom carstva Mammalia. Izuzetno konzerviran je kod primata, po čemu je uočljiva brza evolucija za CXorf66, vidi sliku VI, objašnjavajući veći broj ortologa kod sisara, a ne kod beskičmenjaka, ptica i gmizavaca. thumb|Slika VI: Divergencija proteinskih homologa CXorf66
CXorf66-ov protein Vrsta Datiranje divergencije (milioni godina) ncbi accession Number query cover Vrijednost Identitet CXorf66 homolog Čimpanze (Pan troglodytes) 6,3 XP_001139133.1 100% 0 98% CXorf66 homolog Gorila (Gorilla gorilla gorilla) 8,8 XP_004065002.1 100% 0 98% LOC631784 isoform X1 Miš (Mus musculus) 92,3 XP_006528296.1 98% 2E-41 34% CXorf66-like isoform X1 Pacov (Rattus norvegicus) 92,3 XP_001068529.2 84% 6E-32 32% CXorf66 homolog Govedo (Bos taurus) 94,2 XP_005200949.1 96% 2.00E-46 35% CXorf66 homolog Bijeli nosorog (Ceratotherium simum simum) 94,2 XP_004441715.1 100% 8.00E-86 48% CXorf66 homolog Konj (Equus caallus) 94,2 XP_005614614.1 96% 8.00E-58 44% Polipeptid srednjeg neurofilamenta Zebrica (Taeniopygia guttata) 296 XP_002197538.1 44% 2.00E-08 30% Triadinoliki, djelimični Aligator (Alligator mississippiensis) 296 XP_006271227.1 53% 2.00E-12 23% LOC590028 Morski jež (Strongylocentrotus purpuratus) 742.9 XP_794743.3 45% 2.00E-05 35.40% Alfa-L-fukozidaza Bakterija Streptococcus mitis 2535.8 WP_001083113.1 47% 7.00E-38 22%
Ekspresija Iz Unigeneovog EST cDNK iz obilja tkiva i Atlasa proteina, CXorf66 ima umjereno visoke nivoe ekspresije u testisima, uz viši nivo ekspresije u fetusnom tkivu, u odnosu na druge razvojne faze. Protein CXorf66 također ima primjetno slabo prisustvo ukupne RNK u kontrolnom endometriju i endometriozi. CXorf66 has been portrayed to have notable presence in the plasma and platelet. Na osnovu podataka PaxDb-a, utvrđeno je da se CXorf66 svrstava u prvih 5% za jedno istraživanje ljudske plazme i među 25% za drugo istraživanje provedeno na ljudskim trombocitima. Pored toga, primjetno je prisustvo 60–100% proteina CXorf66 i u tkivu oštećenog septuma i u dilatacijskoj kardiomiopatiji. Nadalje, CXorf66 ima ~75% proteinskog prisustva u jednojedarnim ćelijama periferne krvi. thumb|Unigene EST-ovi tkivni podaci za ljudski protein CXorf66 thumb|GeneCards-ova predviđena tkivna ekspresija ljudskog proteina CXorf66
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu X