UPF0687 protein C20orf27 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C20orf27. Izražava se u većini ljudskih tkiva. Jedno istraživanje o ovom proteinu otkrilo je njegovu ulogu u regulaciji ćelijskog ciklusa, apoptoze i tumorigeneze promovirajući aktivaciju NFĸB puta.
Gen UPF0687 Protein C20orf27 ima još četiri pseudonima: otvoreni okvir čitanja 27 hromosoma 20 otvoreni okvir čitanja 27, hipotetski protein LOC54976, C20orf27 i FLJ20550. Nalazi se na minus lancu na 20p13. Sastoji se od sedam egzona i 12 introna. Ova najnovije napomena pokazuje da gen C20orf27 započinje od 3.753.499 bp do 3.768.388 bp na hromosomu 20.
Transkripcija
Poznate izoforme Gen C20orf27 ima pet izoformnih, transkripata; C20orf27 transkriptna varijanta 1, C20orf27 transkriptna varijanta 2, C20orf27 transkriptna varijanta 3 i C20orf27 transkript varijanta 4.
Transkript varijante 1 kodira najdužu izoformu proteina, veličine 1327 baza i 6 egzona.
Transkript varijante 2 održava okvire za čitanje i šest egzona u odnosu na varijantu transkripta 1, ali ima alternativno mjesto prertade u regiji kodiranja. It has a size of 1252 bases.
Transkripcijska varijanta 3 ima veličinu od 1706 baza i šest egzona. Ova varijanta ima mjesto alternativne prerade u području kodiranja i razlikuje se u 5 'UTR, ali i dalje održava okvir čitanja koji u varijanti transkripta 1. Uprkos razlikama u veličini, varijanta 2 a varijanta 3 kodiraju istu izoformu proteina, a ova druga izoforma je kratko prerađena izoforma proteina kodiranim transkriptom varijante 1.
Transkriptna varijanta 4 ima veličinu od 1457 baza, sa 6 egzona. U poređenju s varijantom 1, koristi alternativni 5'-najveći egzon i mjesto alternativne preraded. Zbog prisustva uzvodnog ORF-a za koji se predviđa da ometa translaciju ove varijante, transkripcijska varijanta 4 ne kodira nijedan protein.
Informacije o varijanti transkripta X1 dolaze iz primarnog sklopa GRCh38.p13. Ova varijanta ima veličinu od 1195 baza, a broj njenih egzona ostaje nepoznat.
Proteini
Fizičke karakteristike thumb|400x400px |Konceptna translacija C20orf27. Označeni su kodoni za pokretanje i zaustavljanje, regioni spojeni egzonom, signali poliadrenilacije i mjesto vezanja ribosoma. Podebljane su konzervirane aminokiseline Ljudski gen C20orf27 ima tri poznate izoforme.
Izoforma 1 ima 199 aminokiselinskih ostataka i domen zvani DUF4517. Izoforma 2 ima 174 aminokiselinskih ostataka, a izoforma X1 154 aminokiselinskih ostataka. Sve tri izoforme sadrže isti domen DUF4517. Funkcija domena DUF4517 zahtijeva buduća istraživanja.
Predviđena izoelektrična tačka nemodificiranog proteina C20orf27 je 6,89.ExPASy Bioinformatics Resource Portal entry on Compute pl/Mw tool https://web.expasy.org/compute_pi/. Retrieved 2020-7-31.
Procenat svakog aminokiselinskog ostatka približno je njegov prosječni procenat među ljudskim proteinima.EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute) entry on Statistical Analysis of Protein Sequences (SAPS) tool https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/saps/. Retrieved 2020-7-31. Sveukupno, pozitivno nabijeni aminokiselinski ostaci u ljudskom proteinu C20orf27 premašuju negativno nabijene aminokiselinske ostatke. Protein C20orf27 nema visoko nabijene hidrofobne regije, niti visoko nabijene regije, niti transmembranske regije.
SPAS predviđa dvije strukture koje se ponavljaju. Prva ponavljajuća struktura su aminokiselinske abecedne strukture s džinom jedarnog bloka 4. Ukupan broj ove strukture u ljudskom proteinu C20orf27 je 15. Druga ponavljajuća struktura je reducirana abecedna struktura s 11 slova, s dužinom jedarnog bloka od 8. Ova nabijena struktura predviđa da će se pojaviti osan puta u ljudskom proteinu C20orf27. Ne postoje predviđeni klasteri višestrukih aminokiselina.
Postranslacijkske modifikacije Predviđena molekulska težina C20orf27 je 21,6 kDa. Uzorak vezanja A Western blota na proteinu C20orf27 sa poliklonskim antitijelima otkriva da je eksperimentalna molekularna težina proteina C20orf27 oko 22 kDa. To sugerira da na proteinu C20orf27 ima relativno malo posttranslacijskih modifikacija.
Ne postoji predviđeni signalni peptid ili mjesto cijepanja.
Postoje mnoga predviđena mjesta fosforilacije duž sekvence proteina C20orf27, uključujući četiri mjesta za protein-kinazu A (PKA), dva mjesta za protein-kinazu C (PKC), tri mjesta za kazein-kinazu 2 (CKII), jedno mjesto za ribosomsku kinazu S6 (RSK), jedno mjesto za cGMP-zavisna protein kinaza ili proteinska kinaza G (PKG), i jedno mjkesto za ataksija telangijektajsku mutiranu (ATM) serin / treonin protein-kinazu.ExPASy Bioinformatics Resource Portal entry on NetPhos 3.1 Serve. http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/. Retrieved 2020-7-31. Predviđa se da protein C20orf27 ima i druga postranslacijska mjesta, uključujući pet lokacija palmitoilacija,GSS-Palm. Prediction of Palmitoylation Site. http://csspalm.biocuckoo.org/. Retri eved on 2020-7-31. jedno c-manoziilacijsko mjesto,NetCGlyc 1.0. Neural network predictions of C-mannosylation sites in mammalian proteins. http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCGlyc/. Retrieved on 2020-7-31. i dva sumoilacijska.GPS-SUMO. Prediction of SUMOylation Sites & SUMO-binding Motifs. http://sumosp.biocuckoo.org/ Retrieved on 2020-7-31.
Struktura Od aminokiselina, potežu se tri beta-lista, 62 do 67, 76 do 87 i 92 do 100, koji se predviđaj s najvećim povjerenjem koristeći CFSSPCFSSP: Chou and Fasman Secondary Structure Prediction server. http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/ . Retrieved 2020-8-01. and Phyre2.Phyre2: Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0. http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/html/page.cgi?id=index. Retrieved on 2020-8-01. Model koji je predvidio I-TASSERI-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement. A server for protein structure & function prediction. https://zh anglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/. Retrieved on 2020-8-01. pokazuje da je tercijarna struktura ljudskog proteina C20orf27 kombinacija mnogih beta-listova. Ovo potvrđuje predviđanja CFSSP-a i Phyre2.
Subćelijska lokalizacija Očekuje se da će se ovaj protein naći u citosolu i jedru, ali ne i u jedarcetu.ThermoFisher entry on C20orf27 Polyclonal Antobody. Retrieved on 2020-08-02. Dodatna računarska analiza predviđa da će ovaj protein najvjerovatnije biti u citosolu.PSORT: a portal to protein subcellular localization resources . Retrieved on 2020-8-02.
Ekspresija Protein C20orf27 se eksprimira posvuda, u različitim ljudskim tkivima. Obrazac tkivne ekspresije koji se procjenjuje mikromrežama sugerira da najveću ekspresiju proteina C20orf27 ima kaudatno jezgro.NCBI (National Center for Biotechnology Information) GEO Profile entry on C20orf27 gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596:50314_i_at. Retrieved on 2020-8-01.
Osim kaudatnog jezgra, mjera ekspresije proteina C20orf27 je između 25% među 100 proteina u ponsu, fetusnog mozga, BM-CD105 + endotelnom, BM-CD34 +, koštanoj srži, adipocitima materničkog tijela, 721 BLimfoblastima, PB-CD56 + NK-ćelijamas, BM-CD33 + mijeloidima, kolorektalnom adenokarcinomu, hroničnoj mijelogen leukemiji K-562, limfoblastnoj eukemiji (MOLT-4) i promielocitnoj leukemiji-HL-60.
Podaci hibridizacije in situ pokazali su da ekspresija C20orf27 u epitelnim ćelijama disajnih puteva (AEC) može biti u korelaciji sa hroničnim bolestima pluća.NCBI (National Center for Biotechnology Information) GEO Profile entry on C20orf27 gene. Retrieved on 2020-8-01. Nakon što se AEC liječe IL-13, citokinom koji se eksprimira CD4 T-pomoćnim ćelijama, AEC počinju lučiti višak sluznice, što je znak hroničnih plućnih bolesti.
Regulacija ekspresije
Ekspresija na nivou gena
U genu C20orf27 postoje tri promotorske regije.
Otkriveno je pet transkripcijskih faktora koji se vežu za promotorsku regiju gena C20orf27SPP (The Signaling Pathway Project) transcription factors report on C20orf27 gene. Retrieved on 2020-8-01., uključujući MITF, JUN, ZNF282, FOXA1 i TCF7L2.
Korištenjem genomatiksa predviđa se više mjesta vezanja faktora transkripcije. Matrica vezanja transkripcije, poput proteina C i srodnih čimbenika izazvanih EGR / faktorom rasta živca, GC-Box faktori SP1 / GC, transkripcijski faktori Krueppel, cink povezani s Myc, homolozi kralježnjaka pojačivača split kompleksa, faktori vezivanja E-kutije, E2F -myc aktivator / regulator staničnog ciklusa i BED podklasa proteina cinka-prsta predviđaju da daju najveću sličnost matrice.
Transkripcijski nivo regulacije thumb|320x320px|3' kraj C20orf27 IRNK, uključujući sva predviđena mjesta vezanja mikroRNK, predviđena mjesta vezanja proteina za IRNK i sekvencu tri predviđene matične petlje. Predviđena mjesta vezivanja miRNK na 3' kraju C20orf27 iRNK. Čije su sekvence također evolucijski konzervirane su hsa-miR-7856-5p, hsa-miR-671-5p, hsa-miR-4768, hsa-miR-6791-3p, hsa- miR-6829-3p, hsa-miR-548d-3p, hsa-miR-548-3p, hsa-miR-548z i hsa-miR-548h-3p.miRDB. Online database for miRNA targeting prediction and functional annotations. Retrieved on 2020-8-01. thumb|300X300px| Predviđena sekundarna struktura iRNK C20orf27 Formiranje tri matične su konzervitane u različitim predviđenim modelima.The mfold web server. Web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Retrieved on 2020-8-01. Tri matične petlje počinju od 5' kraja iRNK baze C20orf27, od baze 1 do baze 27, baze 56 do baze 74 i baze 116 do baze 130.
MRNA C20orf27 ima oko 23 predviđena mjesta vezanja proteina koja vežu iRNK, čije se sekvence također evolucijski konzervirane.RBPmap: mapping binding sites of RNA binding proteins. Retrieved on 2020-8-02. Imena ovih IRNK-vezanih proteina su BRUNOL5, BRUNOL6, PCBP2, TARDBP, MBNL1, CUG-BP, PCBP3, PTBP1, RBM5, SRSF1, HNRNPH2, FMR1, HNRNPF, LIN28A, CPEB4, HNRNPC, HNRNPCL1, HNRNPM, Hur, Raly, PABPC1, PABPC4, SART3 i SRSF10.
Funkcija i klinički značaj Interakstivni proteini Interaktori proteina C20orf27 pronađeni na Y2H ekranu su replikazni poliprotein 1ab iz koronavirusa, RAIYL, PHKB, FERMT2 čovjeka. Funkcija replikaze poliproteina 1ab je transkripcija i replikacija virusnih RNK i sadrži proteinaze odgovorne za cijepanje poliproteina. Funkcija RAIYL, PHKB, i FERMT2 ostala je nepoznata.
Ostali interakteri koji su otkriveni padajućim testovima uključuju PPP1CA, PPP1CC, PPP1CB, PPP1R7, PSME3, RBFOX2, i DMWD. Interakteri PPP1CA, PPP1CB, PPP1CC i PPP1R7 imaju slične funkcije. Uključuju se u regulaciju različitih ćelijskih procesa, poput ćelijske diobe, metabolizma glikogena, kontraktilnosti mišića, sinteze proteina i virusne transkripcije HIV-a-1. PSME3 olakšava interakciju MDM2-p53 / TP53 koja promovira proteosomsku razgradnju p53 / TP53 ovisnu o ubikvitinaciji i MDM2, ograničavajući njegovu akumulaciju i rezultirajući inhibiranom apoptozom nakon oštećenja DNK, a mogla bi imati ulogu i u regulaciji ćelijskog ciklusa. RBFOX2 regulira alternativnu preradu, vezanjem za elemente 5'-UGCAUGU-3'. Funkcija DMWD-a je nepoznata.
Gore navedeni dokazi sugeriraju da protein C20orf27 ima ulogu u regulaciji ćelijskog ciklusa, proliferaciji i diferencijaciji i preživljavanju ćelija.
Klinički značaj Otkriveno je da ljudski protein C20orf27 i njegove varijante nisu povezani s bilo kojim bolestima ili poremećajima.
Homologija i evolucija Paralozi C20orf27 nema poznatih paraloga.
Ortolozi Poznato je oko 281+ ortologa za ovaj gen, u rasponu od primata do beskičmenjaka. thumb|346x346px|Prikaz stope dvetrgencije C20orf27, upoređen sa citohromom c i fibrinogenom alfa. Najbliži srodni ortolozi osadrani su među primatima i sisarimaa, a sličnost sekvenci kreće se od 75% do 100%. Umjereno srodni ortolozi su između riba i ptica, a sličnost sekvenci kreće se od 55% do 75%. Najdalji odabrani srodni ortolozi su između beskičmenjaka i trihoplaksa, a sličnost sekvenci kreće se od 40% do 55%. Konzervirane aminokiseline podebljane su u konceptualnom dijalogu translacije.