TMEM106A je gen koji kod Homo sapiens kodira transmembranski protein 106A (TMEM106A). Nalazi se na poziciji 17q21,31 plus lanca, pored gena povezanih sa rakom NBR1 i BRCA1. Gen TMEM106A sadrži domen nepoznte funkcije, DUF1356.
Struktura proteina Protein TMEM106A ima molekulsku težinu od 28,9 kdal. Sadrži 262 aminokiseline, od kojih su 240 u domenu funkcije. Protein ima tranmembransku regiju. Postoje dokazi o sekundarnoj transmembranskoj regiji kod ljudi, ali nije konzerirana u srodnim ortolozima. Protein ne sadrži proteinsle peptidne signale. Njegova truktura sadrži sličan udio alfa-heliksa i beta-lanac sekundarnih struktura (što ne uključuje transmembranske strukture). thumb|left|290px|Protein TMEM106A sa beta-listovima (crveni), alfa-helksima (plavi) i transmembranskom regijom (siva) Postoji nekoliko područja za posttranslacijske modifikacije za TMEM106A, ko što su: * Fosforilacija, N-glikizilacija Lizinska glikozilacija
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 262 aminokiseline, a molekulska težina 28.920..
Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MGKTFSQLGSWREDENKSILSSKPAIGSKAVNYSSTGSSKSFCSCVPCEG TADASFVTCPTCQGSGKIPQELEKQLVALIPYGDQRLKPKHTKLFVFLAV LICLVTSSFIVFFLFPRSVIVQPAGLNSSTVAFDEADIYLNITNILNISN GNYYPIMVTQLTLEVLHLSLVVGQVSNNLLLHIGPLASEQMFYAVATKIR DENTYKICTWLEIKVHHVLLHIQGTLTCSYLSHSEQLVFQSYEYVDCRGN ASVPHQLTPHPP
Homologija
Paralozi
Gen TMEM106A ima dva paraloga: TMEM106B i TMEM106C. Ovi paralozi pripadaju porodici gena pfam07092, superporodice DUF1356. Ova porodica sastoji se od nekoliko sisarskih proteina, dužine oko 250 aminokiselina. TMEM106B i TMEM106C konzervirani su, od beskičmenjakka do sisara.
Protein Pristupni broj Aminokiseline Identitet (%) Najjača ekspresija TMEM106A AAI46977 262 100 Kidney . TMEM106B NP_001127704 274 43 Ubiquitous . TMEM106C AAI07793 231 36 Ubiquitous .
Ortholozi thumb|right|Ekspresija gena TMEM106A u ljudskim tkivima Gen TMEM106A pronađen je samo u koljenu Chordata. Od tri potkoljena, TMEM106A najčešće se nalazi u Vertebrata, a pronađen je i u odabranim članovima Tunicata, koji e hrane filteiranjem morske vode kao i beskičmenjaci. Ovo razdvajanje (pot)koljena dogodilo se prije 722,5 miliona godina. TMEM106A nema kod bakteria, biljaka ii gljiva.
Organizam Uobičajeno ime Prisupni broj Aminokiseline Identitet (%) Napomena Homo sapiens Čovjek AAI46977.1 262 100 Sisar Pan troglodytes Čimpanza XP_001154896.2 262 99,2 Sisar Pongo abelii Orangutan XP_002827523.1 262 96,2 Sisar Callithrix jacchus Marmozet XP_002748067.1 262 90,5 Sisar Canis lupus familiaris Pas XP_548074.2 262 84,8 Sisar Mus musculus Miš AAH22145.1 261 66,4 Sisar Xenopus borealis Marsabitska kandžasta žaba ACC55056.1 262 59,5 Vodozemac Danio rerio Zebrica AAH50177.1 282 34,5 Riba Oikopleura dioica Morska štrcaljka CBY08060.1 249 27,8 Beskičmenjak
Ekspresija TMEM106A se eksprimira u nekoliko ljudskih tkiva. Tkiva/organi s najvećom ekspresijom su maternica, bubrezi, tanko crijevo i želudac. EST profili za ortologe pokazuju da je ekspresija konzervirana sa najvećom ekspresijom u bubrezima i manjom ekspresijom u nekoliko drugih područja. Neka tkiva nikada ne pokazuju ekspresiju, uključujući: mišiće, masno tkivo i kosti.
Gensko susjedstvo U Homo sapiens, TMEM106A nalazi se pored NBR1, gena koji je identifikovan kao jajnički tumorski antigen nađen u raku jajnika. It is also located near BRCA1, a breast cancer tumor suppressor gene. Prvih 140 aminokiselina proteina TMEM106A, uključujući dijelove DUF1356 i transmembransku regiju, deletiraju se zajedno s BRCA1, tokom raka dojke s ranim početkom. thumb|500px|center|Gensko susjedstvo lokusa TMEM106A
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 17 Kategorija:Proteomika