VAT-1 homolog membranskog proteina sinapsne vezikule je protein koji je kod ljudi kodiran genom VAT1.
Smith et al. (1996) utvrdili su da gen VAT1 sadrži šest egzona u rasponu od 8,1 kb, a Friedman et al. (1995) identificirali su gen VAT1 na hromosomu 17, pozicija q21. Odredili su sljedeći poredak gena na hromosomu 17q21: cen - IFP35 (600735) - VAT1 - RHO7 - BRCA1—1A1-3B - tel. Sinapsne vezikule odgovorne su za regulaciju skladištenja i oslobađanja neurotransmitera u nervnom terminalu. Protein koji kodira ovaj gen obilni je integralni membranski protein holinergijskih sinapsih vezikula i smatra se da je uključen u transport vezikula. Pripada potporodici kinon-oksidoreduktaznih proteina alkoholne dehidrogenaze koji sadrže cink.
U melanocitnim ćelijama, ekspresija gena VAT1 može se regulirati pomoću transkripcijskog faktora povezanog sa mikroftalmijom (MITF).
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 393 aminokiseline, a molekulska težina 41.920 Da. 1020304050 MSDEREVAEAATGEDASSPPPKTEAASDPQHPAASEGAAAAAASPPLLRC LVLTGFGGYDKVKLQSRPAAPPAPGPGQLTLRLRACGLNFADLMARQGLY DRLPPLPVTPGMEGAGVVIAVGEGVSDRKAGDRVMVLNRSGMWQEEVTVP SVQTFLIPEAMTFEEAAALLVNYITAYMVLFDFGNLQPGHSVLVHMAAGG VGMAAVQLCRTVENVTVFGTASASKHEALKENGVTHPIDYHTTDYVDEIK KISPKGVDIVMDPLGGSDTAKGYNLLKPMGKVVTYGMANLLTGPKRNLMA LARTWWNQFSVTALQLLQANRAVCGFHLGYLDGEVELVSGVVARLLALYN QGHIKPHIDSVWPFEKVADAMKQMQEKKNVGKVLLVPGPEKEN Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija Sinaptsne vezikule odgovorne su za regulaciju skladištenja i oslobađanja neurotransmitera u nervnom terminalu. Korištenjem ekspresijskog izbora biblioteke električnih morskih riba raža, roda Torpedo, Linial et al. (1989) identificirali su cDNK koja kodira 379-aminokiselinski integralni membranski protein sinapsnih vezikula, koji su nazvali VAT1. Northern blot analiza otkrila je da se transkript od 5,8 kb eksprimira u elektromotornim neuronima. Western blot analizom utvrđena je ekspresija proteina od 42 kD u električnom organu koji je prečišćen sinapsnim vezikulama.
Pokušavajući identificirati gen BRCA1, Friedman et al. (1995) klonirali su cDNK za brojne gene na hromosomu 17, sekvenca q21, uključujući jedan sa značajnom homologijom sa torpedovom VAT1.
Slučajnim sekvenciranjem četiri kozmida iz biblioteke specifične za ljudski hromosom 17, Smith et al. (1996) identificirali su sekvencu dva kompletna gena unutar 117 kb DNK, koja sadrže gen BRCA1: RHO7 i VAT1, obilni membranski protein holinergijskih sinapsnih vezikula. Kodirajuća sekvenca VAT1 predviđa peptid sa 301 aminokiselinom.Friedman, L. S., Ostermeyer, E. A., Lynch, E. D., Welcsh, P., Szabo, C. I., Meza, J. E., Anderson, L. A., Dowd, P., Lee, M. K., Rowell, S. E., Ellison, J., Boyd, J., King, M.-C. 22 genes from chromosome 17q21: cloning, sequencing, and characterization of mutations in breast cancer families and tumors. Genomics 25: 256-163, 1995. PubMed: 7774926.Linial, M., Miller, K., Scheller, R. H. VAT-1: an abundant membrane protein from Torpedo cholinergic synaptic vesicles. Neuron 2: 1265-1273, 1989. [PubMed]: 2483112.Smith, T. M., Lee, M. K., Szabo, C. I., Jerome, N., McEuen, M., Taylor, M., Hood, L., King, M.-C. Complete genomic sequence and analysis of 117 kb of human DNA containing the gene BRCA1. Genome Res. 6: 1029-1049, 1996. [PubMed]: 8938427
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 17 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika