Pre-iRNK-faktor prerade ATP-ovisne RNK helikaze PRP16 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom DHX38. Gross (2018) mapirao je gen DHX38 u hromosom 16, sekvenca q22.2, na osnovu poravnanja DHX38 sekvence (GenBank BC004235) sa genomskom sekvencom (GRCh38).
Prerada pre-iRNK zahtijeva stvaranje niza splajsosomnih kompleksa koji se okupljaju redom E, A, B i C. U C kompleksu postoje dva koraka katalitske prerade. DHX38 je faktor prerade, bitan za katalitički korak II.(Zhou i Reed, 1998). Zhou, Z., Reed, R. Human homologs of yeast Prp16 and Prp17 reveal conservation of the mechanism for catalytic step II of pre-mRNA splicing. EMBO J. 17: 2095-2106, 1998. PubMed: 9524131
DEAD kutija proteina, koju karakterizira konzervirani motiv Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), obuhvata navodne RNK-helikaze. Uključeni su u brojne ćelijske procese promjene sekundarne strukture RNK, poput inicijacije translacije, jedare, mitohondrijske ribosomne prerade i prerade splajsosoma. Na osnovu njihovih obrazaca raspodjele, vjeruje se da su neki članovi ove porodice uključeni u embriogenezu, spermatogenezu i ćelijski rast i diobu. Protein kodiran od ovog gena član je porodice faktora prerade RNK DEAD/H. Ovaj protein sličniji je kvaščevom Prp16 više nego ostali članovi ove porodice. To je ATPaza , bitna je za katalitski korak II u procesu prerade pre-iRNK.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 1.227 aminokiselina, a molekulska težina 140.503 Da.. 1020304050 MGDTSEDASIHRLEGTDLDCQVGGLICKSKSAASEQHVFKAPAPRPSLLG LDLLASLKRREREEKDDGEDKKKSKVSSYKDWEESKDDQKDAEEEGGDQA GQNIRKDRHYRSARVETPSHPGGVSEEFWERSRQRERERREHGVYASSKE EKDWKKEKSRDRDYDRKRDRDERDRSRHSSRSERDGGSERSSRRNEPESP RHRPKDAATPSRSTWEEEDSGYGSSRRSQWESPSPTPSYRDSERSHRLST RDRDRSVRGKYSDDTPLPTPSYKYNEWADDRRHLGSTPRLSRGRGRREEG EEGISFDTEEERQQWEDDQRQADRDWYMMDEGYDEFHNPLAYSSEDYVRR REQHLHKQKQKRISAQRRQINEDNERWETNRMLTSGVVHRLEVDEDFEED NAAKVHLMVHNLVPPFLDGRIVFTKQPEPVIPVKDATSDLAIIARKGSQT VRKHREQKERKKAQHKHWELAGTKLGDIMGVKKEEEPDKAVTEDGKVDYR TEQKFADHMKRKSEASSEFAKKKSILEQRQYLPIFAVQQELLTIIRDNSI VIVVGETGSGKTTQLTQYLHEDGYTDYGMIGCTQPRRVAAMSVAKRVSEE MGGNLGEEVGYAIRFEDCTSENTLIKYMTDGILLRESLREADLDHYSAII MDEAHERSLNTDVLFGLLREVVARRSDLKLIVTSATMDAEKFAAFFGNVP IFHIPGRTFPVDILFSKTPQEDYVEAAVKQSLQVHLSGAPGDILIFMPGQ EDIEVTSDQIVEHLEELENAPALAVLPIYSQLPSDLQAKIFQKAPDGVRK CIVATNIAETSLTVDGIMFVIDSGYCKLKVFNPRIGMDALQIYPISQANA NQRSGRAGRTGPGQCFRLYTQSAYKNELLTTTVPEIQRTNLANVVLLLKS LGVQDLLQFHFMDPPPEDNMLNSMYQLWILGALDNTGGLTSTGRLMVEFP LDPALSKMLIVSCDMGCSSEILLIVSMLSVPAIFYRPKGREEESDQIREK FAVPESDHLTYLNVYLQWKNNNYSTIWCNDHFIHAKAMRKVREVRAQLKD IMVQQRMSLASCGTDWDIVRKCICAAYFHQAAKLKGIGEYVNIRTGMPCH LHPTSSLFGMGYTPDYIVYHELVMTTKEYMQCVTAVDGEWLAELGPMFYS VKQAGKSRQENRRRAKEEASAMEEEMALAEEQLRARRQEQEKRSPLGSVR STKIYTPGRKEQGEPMTPRRTPARFGL Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija Pretragom baza podataka o sekvencama za homologe kvasca Prp16 i Prp17, koji su uključeni u katalitski korak II, praćenom PCR-om, Zhou i Reed (1998) izolirali su cDNK koja kodira ljudskee PRP16 i PRP17. Predviđeni protein PRP16 sa 1.227 aminokiselina, koji je 41% identičan kvašćevom Prp16, sadrži konzerviranini motiv koji veže NTP i šest motiva RNK-helikaza, koji su tipski za porodicu kutija DEAH navodnih RNK-helikaza. PRP16 se razlikuje od svog homologa kvasca na N-kraju, gdje ima REDS-bogatu regiju koje nema u kvaščevom Prp16. Analizom komplementacije, utvrđeno je da PRP16 nije mogao spasiti nokaut Prp16 kvasca, osim kao himera s 298 N-terminalnih ostataka kvasca Prp16, što sugerira da regija bogata REDS-om ne može funkcionirati u sistemu kvasca, dok su faktori DEAH okvira ključni. Western blot analiza otkrila je jedarni protein od 140 kD koji se pojavio kasnije od SF3B3 i povezan je sa splajsosomom prije katalitskog koraka II. Studije imunoosirošivanje/dodavanja u ljudskim jedarnim ekstraktima pokazale su da je PRP16 općeniti faktor prerade, bitan za katalitski korak II. Molekulska genetika Sekvenciranjem egzona u pakistanskoj porodici srodnika s ranim početkom retinitis pigmentosa i makulskog koloboma, u kojem je bilo sugestivne veze sa hromosomom 16 (višestruka ocjena loda od 2,65 za marker rs11646282), Ajmal et al. (2014) identificirali su homozigotnost zbog misens mutacije u genu DHX38 (G332D) koja se odvojila od fenotipa u porodici. Varijanta nije pronađena u 180 etnički podudarnih kontrola ili u Exome Variant Serveru, projektu 1000 Genomes ili u bazama podataka dbSNP. Nisu izvedene funkcionalne studije varijante. U dva pogođena člana srodničke pakistanske porodice (MA88 i MA157) s retinitis pigmentosa s ranim početkom, Latif et al. (2018) identificirali su homozigotnost za istu misense mutaciju u genu DHX38 (R324Q). Sekvenciranje gena kod tri člana svake porodice sa normalnim vidom nije identificiralo mutaciju. Varijanta nije bila prisutna ni u jednom od 30.766 južnoazijskih alela u bazi podataka gnomAD. Nisu izvedene funkcionalne studije varijante.Ajmal, M., Khan, M. I., Neveling, K., Khan, Y. M., Azam, M., Waheed, N. K., Hamel, C. P., Ben-Yosef, T., De Baere, E., Koenekoop, R. K., Collin, R. W. J., Qamar, R., Cremers, F. P. M. A missense mutation in the splicing factor gene DHX38 is associated with early-onset retinitis pigmentosa with macular coloboma. J. Med. Genet. 51: 444-448, 2014. [PubMed[: 24737827Latif, Z., Chakchouk, I., Schrauwen, I., Lee, K., Santos-Cortez, R. L. P., Abbe, I., Acharya, A., Jarral, A., Ali, I., Ullah, E., Khan, M. N., Ali, G., Tahir, T. H., Bamshad, M. J., Nickerson, D. A., Ahmad, W., Ansar, M., Leal, S. M. Confirmation of the role of DHX38 in the etiology of early-onset retinitis pigmentosa. Invest. Ophthal. Vis. Sci. 59: 4552-4557, 2018. [PubMed]: 30208423
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika