KIAA1704, znan i kao LSR7 (skr. od eng. Lipopolysaccharide-specific response protein 7, odnosno bosanski: protein 7 lipopolisaharid-specifičnog odgovora), je protein koji je kod ljudi kodiran genom GPALPP1 (protein 1 sa GPALPP motivom) . Funkcija KIAA1704 još nije dobro shvaćena. Sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF3752. Protein sadrži konzervirani, nenabijeni, ponavljajući motiv GPALPP (GF) blizu N-terminala i neobičan, konzerviran, mješoviti naboj (lahko se izmjenjuje između pozitivnog i negativnog naboja). Predviđeno je da se nalazi u jedru.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 340 aminokiselina, a molekulska težina 38.142 Da.
1020304050 MARDLIGPALPPGFKARGTAEDEERDPSPVAGPALPPNYKSSSSDSSDSD EDSSSLYEEGNQESEEDDSGPTARKQRKNQDDDDDDDDGFFGPALPPGFK KQDDSPPRPIIGPALPPGFIKSTQKSDKGRDDPGQQETDSSEDEDIIGPM PAKGPVNYNVTTEFEKRAQRMKEKLTKGDDDSSKPIVRESWMTELPPEMK DFGLGPRTFKRRADDTSGDRSIWTDTPADRERKAKETQEARKSSSKKDEE HILSGRDKRLAEQVSSYNESKRSESLMDIHHKKLKSKAAEDKNKPQERIP FDRDKDLKVNRFDEAQKKALIKKSRELNTRFSHGKGNMFL mboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Svojstva Broj egzona iRNK sequence length (bp) Protein sequence length (aa) Molekulska težina (kD) Izoelektrična tačka 8 1431 340 38.1 5,0526 Posttranslacijske modifikacije
Alati ExPASy predviđaju da će KIAA1704 doživjeti nekoliko konzerviranih posttranslacijskih modifikacija, uključujući glikaciju, o-vezanu glikozilaciju, serinsku i treoninsku fosforilaciju te nekoliko kinaza-specifičnih fosforilacija (PKC, PKA i CKII).
Sekundarna struktura
Četiri konzervirana predviđena alfa-heliksanalaze se prema C-kraju proteina. Predviđeno je da će N-terminalom dominirati upredene regije.
Subćelijska lokalizacija
ExPASy PSORT predviđa 74% vjerovatnoće da je lokaliziran u jedru.
Gen Lokus KIAA1704 nalazi se na hromozomu 13, lokus q14,12, sa genomskom sekvencom počevši od 45,563.687 bp i završavajući na 45,602.405 bp. thumb|280px|Hromosomska lokacija KIAA1704
Gensko susjedstvo thumb|right|280px|KIAA1704 i susjedni geni
KIAA1704 nalazi se na pozitivnom lancu okruženom sa pet obližnjih gena.
Pozitivna orijentacija Opći faktor transkripcije IIF (GTF2F2) dalje je nizvodno usmjeren u istoj orijentaciji. Funkcionalno se veže za RNK-polimerazu II. Negativna orijentacija Jedarni rotein 1 fragilnog X za mentalnu retardaciju (NUFIp1) ispoljava aktivnost vezanja RNK sa specifičnom jedarnom ulogom za FMRP. Ovo je protein koji se veže za RNK, povezan s fragilnim X. Početna mjesta su besmislena za početak KIAA1704. Domen za tetramerizaciju kalijdvog kanala koji sadrži četiri (KCTD4) predložen je za učešće u transportu kalijevih iona Translacijski kontrolirani protein tumora 1 (TPT1) uključen je u vezivanje kalcija i stabilizaciju mikrotubula. Mala jedarcetova RNK, H/ACA boks 31 (SNORA31) još nema poznatu funkciju
Ekspresija
KIAA1704 ima sveprisutne niske do umjerene obrasce ekspresije u tjelesnim tkivima (ispod 50%)
Promotor
Koristeći alate za analizu GenoMatix ElDorado, predviđeno je da promotor bude dug 727 parova baza, koji se projiciraju u egzon 1. Postoje dva predviđena početna mjesta za transkripciju za ovaj promotor, prikazana na susjednoj slici.
Promotor KIAA1704 pokazao je značajne trimetilacijske vrhove histona (histon 3 lizin-4 u ćelijama K562 (eritroidna ćelijska linija). Također je pokazao povećanu relativnu ekspresiju u eritroidnim progenitorima zajedno sa susjednim genima, NUFIP1 i TPT1.
Dodatna studija otkrila je da je proksimalni promotor jedna od mnogih hiljada direktnih meta transkripcijskog faktora, Myc, in vivo.
iRNK
Varijante prerade
Prema Ensemblu, postoje četiri varijante kodiranja prerade. Nijedan od alternativnih oblika prerade nema povezane eksperimentalne dokaze. Jedna varijanta prolazi kroz nonsens degradaciju, dok se za drugu predviđa da će genski produkt biti prerađen direktno na pola i zadržati aminokiseline u sekvenci 171–340.
Konzerviranost
NCBI-BLAST pretraživanja otkrivaju da od sisara postoje poznati ortolozi iRNK, kao i kod gmizavaca, ptica, žaba i riba, s najmanje 65% identiteta sekvence.
Protein
Opća svojstva thumb|left|Označeni protein KIAA1704
Sastav
Udonjoj tabeli prikazano je da KIAA1704 ima značajno veći postotak nabijenih aminokiselina (D, K, KR, KRED) od normalnog ljudskog proteina i uglavnom je konzerviran u svojim ortolog nimproteinima.
Analiza sastava Abundancija aminokiselina (AA) H. sapiens Aminokisline Mus musculus Gallus gallus AA Xenopus tropicales D++ 42 (12,4%) 37 (10,7%) 35 (10%) 33 (9,8%) V-- 6 (1,8%) 9 (26,%) 9 (2,6%) ----- K+ 37 (10,9%) 37 (10,7%) ----- ----- L- 17 (5,0%) 17 (4,9%) 19 (5,4%) ----- KR+ 62 (18,2%) 62 (17,9%) 60 (17,1%) 56 (16,6%) KRED++ 134 (39,4%) 135 (39,0%) 135 (38,6%) 122 (36,1%) ED+ 72 (21,2%) 73 (21,1%) 75 (21,4%) 66 (19,5%) LVIFM- 54 (15,9%) 59 (17,1%) 58 (16,6%) 57 (16,9%)
KIAA1704 ima proteinske ortologe u rasponu od biljaka, prikazano u padajućem redoslijedu identiteta u donjoj tablici. Sisari imaju najviši stupanj konzerviranost sa 89 posto identiteta, a slijede ih ptice, žabe, ribe, beskičmenjaci, insekti i biljke. Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj NCBI bazi podatakaDužina sekvence (aa) Identitet sekvence prema ljudskom proteinu (%) Sličnost sekvence sa ljudskim proteinom (%) Datiranje evolucijske divergencije od ljudi (milioni godina) Homo sapiens Čovjek NP_061029.2 340 100 100 0 Pan troglodytes Obični čimpanza XP_509661.2 340 99 100 6.4 Macaca mulatta Rezus-makak XP_001094145 344 97 98 29.2 Loxodonta africana Afrički savanski slon XP_003412655 341 95 98 98.8 Sus scrofa Divlja svinja XP_001924228 346 89 95 92.4 Mus musculus Miš NP_080453.2 346 89 93 94.4 Gallus gallus Kokoš NP_001006270 350 67 78 371.2 Taeniopygia guttata Zebrasta zeba XP_002198724 342 70 81 400.1 Xenopus tropicales Zapadna kandžasta žaba NP_001072786 338 62 74 400.1 Xenopus laevis Afrička kandžasta žaba NP_001089474 337 61 74 661.2 Danio rerio Zebrica NP_001003473 405 49 61 782.7 Saccoglossus kowalevskii Žirnjačka glista XP_002738946 350 43 60 1369 Culex quinquefasciatus Južni kućni komarac XP_001847636.1 335 41 57 782.7 Drosophila ananassae Vinska mušica XP_001954135 348 34 50 1215.8 Glycine max Soja XP_003556198 569 32 51 1369 Puccinia graminis Žitna hrđa XP_003328471 346 29 46 1215.8
Konzervirani domeni
Što se tiče konzerviranih domena, do sada se čini da nema mnogo informacija o konzerviranim motivima GPALPP (GF) . Ovaj motiv predstavlja neutralne segmente u ovom visoko nabijenom proteinu.
DUF3752 se općenito nalazi u eukariotima i ima između 140-163 aminokiselina. Pripada pfam 12572, članu superporodice cl13947
thumb|KIAA1704: označeni naboji poravnavanja višestrukih sekvenci Konzervirana regija Aminokiselinsko mjesto H. sapiens Naboj (kiselinkiseloa, bazno, neutralno) Poli-serin 41-49 Neutralno Poli-aspartat 81-88 Kiselo GPALPP(GF) 7-14; 32-37; 92-99; 112-119 Neutralno IIGP 110-113; 146-149 Neutralno DUF3752 196-333 Bazno (Izoelektrična tačka =10,51)
Klinički značaj
KIAA1704 ima najmanje pet puta veći gubitak ekspresije povezan s limfomom ćelija plašta.
U drugoj studiji, korištena je analiza disekvilibrija vezanjal i mapiranje lokusa 13q13-14, kako bi istražili potencijalnu osjetljivost na autizam preko vrha povezivanja od 1,5 Mb, uključujući KIAA1704. Analiza PDTPhaze s jednim markerom izvedena je za četiri jednonukleotidna polimorfizma (SNP)]] za KIAA1704; međutim, nijedan od SNP-ova nije bio statistički značajno u povezan marker sa lokusima.
Studija ekspresije otkrila je da je KIAA1704 značajno reguliran u ćelijama U937 (ćelijska linija slična makrofazima) kada se tretira nikotinom.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 13 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika