Intermedijarni filamant porodice orfan 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom IFFO1. Filament IFFO1 molekulske težine 61,98 kDa nema okarakteriziranu funkciju. IFFO1 proteini imaju važnu ulogu u citoskeletu i jedarnoj ovojnici većini tipova eukariotskih ćelija.
Gen
IFFO kod ljudi nalazi se na minus lancu hromozoma 12, sekvenca p13.3. Protein sadrži 17.709 nukleotidnih baza koje kodiraju 570 aminokiselina. Bazna izoelektrična tačka je 4,83. IFFO1 sadrži visoko konzerviran domen filamenta koji obuhvata 299 aminokiselina od amino ostatka 230 do 529. Ova regija je identificirana kao porodica domena konzerviranih proteina pfam00038. Zbog alternativne prerade, kod ljudi postoji sedam izoformI IFFO1 sa 10 tipskih kodirajućih egzon. framed|center|Lokus IFFO1 na hromosomskoj poziciji 12p13.3
Protein Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 559 aminokiselina, a molekulska težina 61.979 Da.
1020304050 MNPLFGPNLFLLQQEQQGLAGPLGDSLGGDHFAGGGDLPPAPLSPAGPAA YSPPGPGPAPPAAMALRNDLGSNINVLKTLNLRFRCFLAKVHELERRNRL LEKQLQQALEEGKQGRRGLGRRDQAVQTGFVSPIRPLGLQLGARPAAVCS PSARVLGSPARSPAGPLAPSAASLSSSSTSTSTTYSSSARFMPGTIWSFS HARRLGPGLEPTLVQGPGLSWVHPDGVGVQIDTITPEIRALYNVLAKVKR ERDEYKRRWEEEYTVRIQLQDRVNELQEEAQEADACQEELALKVEQLKAE LVVFKGLMSNNLSELDTKIQEKAMKVDMDICRRIDITAKLCDVAQQRNCE DMIQMFQVPSMGGRKRERKAAVEEDTSLSESEGPRQPDGDEEESTALSIN EEMQRMLNQLREYDFEDDCDSLTWEETEETLLLWEDFSGYAMAAAEAQGE QEDSLEKVIKDTESLFKTREKEYQETIDQIELELATAKNDMNRHLHEYME MCSMKRGLDVQMETCRRLITQSGDRKSPAFTAVPLSDPPPPPSEAEDSDR DVSSDSSMR Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Struktura
Predviđena sekundarna struktura proteina sastoji se uglavnom od alfa-heliksa (47,19%) i slučajnih zavojnica (44,74%). Građa intermedijarnih filamenata je kao izduženi namotani dimer koji se sastoji od četiri uzastopna alfa-heliksna segmenta. thumb|Predviđena tercijarna struktura proteina IFFO1 prema PHYRE2 programu Strukturno je najsličniji 1GK4, koji je lanac A ljudske vimentinske zavojnice fragmenta 2b (Cys2). Vimentin je posrednički filament klase II koji se nalazi u različitim neepitelnim ćelijama, posebno u mezenhimskim. Protein vimentin je također odgovoran za održavanje oblika ćelije, integritet citoplazme i stabilizaciju citoskeletnih interakcija. Proteinu IFFO1 najsličnija je njegova 1A podjedinica, koja čini jedan amfipatski alfa-heliks koji je kompatibilan s geometrijom upredene zavojnice. Nagađa se da je ovaj lanac tokom sastavljanja intermedijarnih filamenata uključen u specifične interakcije dimer-dimer. Utvrđeno je da je "YRKLLEGEE" domen na C-kraju važan za stvaranje autentičnih tetramernih kompleksa, kao i za kontrolu širine filamenta tokom sklapanja.
Ekspresija
Na temelju eksperimentalnih podataka o normalnim tkivima u ljudskom tijelu, gen IFFO1 je visoko eksprimiran u malom mozgu, kori velikog mozga, a posebno u slezeni. Srednja ekspresija se vidi u nekoliko područja, poput nadbubrežne žlijezde, debelog crijeva, limfnih čvorova, timusa i jajnika. Područja tkiva koja su imala relativno nisku ekspresiju uključuju CD4 i CD8 T-ćelije, ćelije epididimisa, srce i želudac.Izuzetno niski nivoi ekspresije primijećeni su u tkivima dobijenim od fetusa, bubrega, sjemenik, štitnjače, a posebno pljuvačnim žlijezdama. Međutim, otkriveno je da je gen visoko eksprimiran i u hondrosarkomu. Hondrosarkom je rak ćelija koje proizvode kolagen. Stoga se čini da postoji povezanost između filamentnih svojstava IFFO1 i hondrosarkoma.
Posttranslacijske modifikacije
Predviđa se da će se jedan signal za nuklearni izvoz nalaziti na leucin 141. Predviđeno je da protein IFFO1 ima 11-aminokiselinski jedarni signal na poziciji 373. Na temelju dokaza, predviđa se da protein ima visoku kedarnu diskriminaciju. Jedan kiseli klaster negativnog naboja pronađen je iz amino ostataka 435 do 447. Jedna ponavljajuća sekvenca PAPLSPAGP pojavljuje se dva puta pri 40 do 48, a zatim ponovo od 159 do 166. Utvrđeno je da je ovo područje bogato prolinom visoko očuvano. Jedan dugi aminokiselinski multiplet od 5 prolina nalazi se na 549. Četiri ubikvitininacijska mjesta nalaze se na četiri različita lizinska ostatka. Mogu se pronaći na Lys78, Lys103, Lys113, Lys339. Eksperimentalno, postojali su dokazi o 43 mjesta fosforilacije, smještena na 31 serinu, sedam treonina i pet tirozina . Nadalje, dokazi su s visokim pouzdanjem pokazali da je Ser533 mjesto fosforilacije posebno za protein-kinazu C. Mesto fosforilacije na Ser162 također deluje kao a-glikozilirano mjesto. Ovaj tip glikozilacije funkcionira tako da se proteini pravilno savijaju, stabiliziraju protein i imaju ulogu u adheziji ćelija-ćelija. Četiri sumolirane aminokiseline pronađene su na Leu249, Leu293, Leu298 i Leu325. Sumolacija ima nekoliko učinaka, uključujući ometanje interakcije između ciljnog proteina i njegovog partnera ili osiguravanje mjesta vezivanja za partnera u interakciji, uzrokujući konformacijske promjene modificirane mete i olakšavajući ili antagonizirajući ubikvitinizaciju. Predviđeno je da će pet glikacijskih mjesta biti na Lys78, Lys256, Lys305, Lys380 i Lys478. Krajnje produkcije glikacije uključene su u promjene konformacije proteina, gubitak funkcije i nepovratno umrežavanje.
Alijasi
IFFO1 naziva se i izoforma X1 porodice orfan, porodice intermedijarnih filamenata, HOM-TES-103, MGC sličan intemedijarnim vlaknima: 2625 i tumorski antigen HOM-TES-10.
Homologija
Ortolozi
Utvrđeno je da je gen visoko konzerviran. Najdalje ortologe nalazimo kod riba, uključujući i morske pse (hrskavičaste ribe) kao što je Callorhinchus milii. Very low percentages of sequence coverage and identity of the gene's orthologs in fungi and invertebrates suggest that the gene was lost in those organisms. Stoga je vrlo vjerojatno da je IFFO1 nastalo kod kičmenjaka.
Rod/Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) Dužina (aa) Sličnost Idente Pristup bazi NCBI Homo sapiens Čovjek N/A 570 100% 100% XP_006719036.1 Mus musculus Miš 92,3 563 93% 95% XP_006506337.2Lipotes vexillifer Baiji delfin 94,2 573 92% 95% XP_007469487.1 Loxodonta africana Afrički žbunski slon 98,7 574 94% 96% XP_003410688.1 Chrysemys picta bellii Obojena kornjača 296 557 78% 84% XP_005291351.1 Pseudopodoces humilis Prizemna sjenica 296 531 76% 81% XP_005523902.1 Python bivittatus Burmanski piton 296 570 75% 82% XP_007429680.1 Haliaeetus leucocephalus Ćeloglavi orao 296 537 74% 79% XP_010565842.1 Rana catesbeiana Američka žaba-bik 371,2 511 25% 44% BAB63946.1 Ambystoma mexicanum Daždevnjak 371,2 372 24% 42% AFN68290.1 Notophthalmus viridescens Istočni triton 371,2 496 23% 45% CAA04656.1 Danio rerio Zebrica 400,1 640 62% 71% XP_690165.5 Poecilia formosa Amazonska ribica 400,1 640 57% 65% XP_007550181.1 Callorhinchus milii Australijska ajkula-duh 462,5 512 62% 73% XP_007896103.1
Paralozi
Kod ljudi pronađen je jedan paralog pod imenom IFFO2. Utvrđeno je da paralog ima 99% sličnosti i 99% pokrivenosti u poređenju s IFFO1. Paralogna sekvence je visoko konzervirana, sve do riba i vodozemaca.
Evolucija
Više poravnavanja sekvenci pokazalo je da je prolinom-bogato područje od amino ostataka 39 do 61 blizu 5' kraja sekvence visoko konzervirano u bliskim i udaljenim ortolozima. Osim toga, područje filamenta blizu 3' kraja sekvence također je visoko konzervirano. Od 42 konzervirana aminokiselinska ostatka pronađena unutar sekvence IFFO1 , 33 ih se nalazi u području filamenta.
U poređenju sa fibrinogenom i citokromom C (CYCS), IFFO1 evoluira horotelično, tj. umjerenom brzinom. Evolucijska historija fibrinogena pokazuje da je to gen koji evoluira (tahitelična evolucija), dok je otkriveno da s gen citohroma C gen braditelično, odnosno sporo evoluira. S najudaljenijim ortologom u australskoj aveti, do duplikacije gena "IFFO1" došlo je kod riba, koje su divergirale od ljudi prije 462,5 miliona godina.http://timetree.org/
Interakcije
Dokazi iz dvohibridnog skrininga postoje za četiri proteinske interakcije s IFFO1. ACAP1 (ArfGAP sa upredenom zavojnicom, ankirinskim ponavljanjem i PH domenima 1): Proteini koji aktiviraju GTPazu za faktor ADP ribozilacije 6 potrebni su za eksport proteina ovisnih o klatrinu, iz recikliranja endosoma u trans-Golgijevu mrežu i na ćelijskuu površinu. RNF183: protein koji veže prsten cinkovog prsta koji može biti uključen u puteve sveprisutnosti, GFI1B: faktor transkripcije koji ima važnu ulogu u razvoju i diferencijaciji eritroidnih i megakariocitnih loza. XRCC4: work with DNA ligase IV and DNA-dependent protein kinase in DNA repair of double-stranded breaks by non-homologous end joining Druga interakcija proteina sa ubikvitinom C pronađena je pri hvatanju afinitet-MS-analiza.
Klinički značaj Nije utvrđeno da je gen IFFO1 povezan s nekom posebnom bolešću
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 12 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika