Domen nepoznate funkcije (DUF) je proteinski domen koji nema okarakteriziranu funkciju. Ove porodice su prikupljene zajedno u bazi podataka Pfam, koristeći prefiks DUF iza kojeg slijedi broj, s primjerima DUF2992 i DUF1220. Od 2019. godine, u bazi podataka Pfam postoji gotovo 4.000 porodica DUF-a, što predstavlja preko 22% poznatih porodica. Neki DUF-ovi nisu imenovani prema nomenklaturi zbog popularne upotrebe, ali su ipak DUF-ovi.
Oznaka DUF je okvirna, pa se takve porodice obično preimenuju u određenije ime (ili spoje u postojeći domenu nakon što je funkcija identificirana.
Karakterizacija Strukturnogenomički programi pokušali su razumjeti funkciju DUF-a putem određivanja strukture. Strukture više od 250 porodica DUF su riješene. Ovaj rad (2009.) pokazao je da je oko dvije trećine DUF porodica imalo strukturu sličnu prethodno riješenoj i stoga vjerovatno bili različiti članovi postojećih proteinskih superporodica, dok je oko jedne trećine posjedovalo novi protein.
Neke porodice DUF-a dijele homologiju udaljenih sekvenci s domenima koje karakteriziraju funkciju. Računarski rad se može koristiti za povezivanje ovih odnosa. Rad iz 2015. uspio je dodijeliti 20% DUF -ova karakterističnim strukturnim porodicama. Pfam također kontinuirano obavlja (ručno provjerene) dodjele u unosima "porodice" nadporodici.
Frekvencija i konzervacija thumb|300px|Proteinski domeni iiDUF -i u različitim domenima života. Lijevo: Komentiranidomeni Desno: domene nepoznate funkcije. Nisu prikazana sva preklapanja. Više od 20% svih proteinskih domena označeno je kao DUF u 2013. Oko 2.700 DUF -a se nalazi u bakterijama, u poređenju sa nešto više od 1.500 u eukariotima. Preko 800 DUF -a se dijeli između bakterija i eukariota, a oko 300 ih je prisutno i u arhejama. Ukupno 2.786 bakterijskih Pfam domena čak se javlja kod životinja, uključujući 320 DUF-a.
Uloga u biologiji Mnogi DUF-ovi su visoko konzervirani, što ukazuje na važnu ulogu u biologiji. Međutim, mnogi takvi DUF-ovi nisu bitni, pa njihova biološka uloga često ostaje nepoznata. Naprimjer, DUF143 je prisutan u većini bakterijskih i eukariotskih genoma]]. Međutim, kada je deletiran u Escherichia coli nije otkriven očigledan fenotip. Kasnije se pokazalo da su proteini koji sadrže DUF143, ribosomski faktori utišavanja koji blokiraju sklop dvije ribosomske podjedinice. Iako ova funkcija nije bitna, pomaže da se ćelije prilagođavaju uvjetima s niskim hranjivim tvarima zatvaranjem biosinteze proteina. Kao rezultat toga, ti proteini i DUF postaju relevantni tek kad ćelije gladuju. Stoga se vjeruje da su mnogi DUF (ili proteini nepoznate funkcije, PUF) potrebni samo pod određenim uvjetima.
Esencijalni DUF-ovi Goodacreet al. identificirali su DUF-ovea u 355 esencijalnih proteina (u 16 modelnih vrsta bakterija), od kojih većina predstavlja proteine s jednim domenom, čime je jasno utvrđena biološka esencija DUF-a. Ovi DUF-ovi se nazivaju "esencijalni DUF-ovi" ili eDUF-ovi.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija: Proteinski domeni