C7orf25-protein UPF0415 (UPF0415) je protein koji je kod ljudi kodiran genom na hromosomu 7, u otvotenom okviru čitanja 25 (C7orf25), u domenu nepoznate funkcije 1308. C7orf25 nalazi se na minus lancu i kodira 12 proteina, od kojih je jedan UPF0415. Vjeruje se da je ovaj protein aktivan na putu proteasoma. C7orf25 protein UPF0415 nije transmembranski protein i nema signalni peptid. UPF0415 ima dvije izoforme, Q9BPX7-1 i Q9BPX7-2. Oboje se sastoje od po dva egzona, koji su visoko konzervirani među kičmenjacima.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 421 aminokiselina, а molekulska težina 46.451 Da. 1020304050 MSAHSMLCERIAIAKELIKRAESLSRSRKGGIEGGAKLCSKLKAELKFLQ KVEAGKVAIKESHLQSTNLTHLRAIVESAENLEEVVSVLHVFGYTDTLGE KQTLVVDVVANGGHTWVKAIGRKAEALHNIWLGRGQYGDKSIIEQAEDFL QASHQQPVQYSNPHIIFAFYNSVSSPMAEKLKEMGISVRGDIVAVNALLD HPEELQPSESESDDEGPELLQVTRVDRENILASVAFPTEIKVDVCKRVNL DITTLITYVSALSYGGCHFIFKEKVLTEQAEQERKEQVLPQLEAFMKDKE LFACESAVKDFQSILDTLGGPGERERATVLIKRINVVPDQPSERALRLVA SSKINSRSLTIFGTGDTLKAITMTANSGFVRAANNQGVKFSVFIHQPRAL TESKEALATPLPKDYTTDSEH
C: Cistein D: Aspartat E: Glutamat F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Osnovi
Veličina gena Veličina proteina Broj egzona Promotorska sekvenca Signalni peptid Molekulska težina Hromosomska pozicija Izoelektrična tačka proteina 1844 bp 421 aa 2 ~600bp Ne 46.45 kDa 7p14 5,76
Gensko susjedstvo C7orf25 je otvoreni okvir čitanja koji kodira 12 proteina. Većina njih je nepoznate funkcije. Jedan od ovih proteina je UPF0415, a drugi je PSMA2 koji je također funkcionalan u proteasomskom putu. Drugi geni koji se nalaze u blizini proteina C7orf25 UPF0415 su TCP1P1, HECW1, MIR3943 i MRPL32.
Predviđena obilježja iRNK
Promotor Promotor za gen proteina C7orf25 UPF0415 obuhvata 600 parova baza, od 42,951.804 do 42,952.404, sa predviđenim početnim mjestom transkripcije koje kodira sekvwncu od 1844 parova baza. Sekvenca se proteže od 42,908.726 do 42,912.090 bp. Promotorska regija i početak gena C7orf25 (20,008.263 do 20,009.250 bp) u prošlosti nije konzerviran. Ova regija je korištena za određivanje interakcije transkripcijskih faktora.
Faktori transkripcije
Neki od glavnih faktora transkripcije koji se vežu za promotor navedeni su u nastavku.
Referenca Detalji podataka o porodici Startni nukleid Stop nukleotid Lanac XCPE Aktivator–, medijator i TBP-ovisni jezgarni element promotora RNK-polimeraze II transcripcije TATA-bez promotora 360 370 – MIZ1 Myc-interaktivni protein cinkovog prsta 1 120 130 – PLAG1 Pleomorfni adenomski gen 160 182 – FOX proteins Faktori replikacijske viljuške 35 51 + E2FF E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 357 373 – MZF1 Faktori mijeloidnih cinkovih prstiju 1 497 507 + HAND Porodica klase uvrnutih B bHLH transkripcijskih faktora 335 355 – RU49 Transkripcijski faktor cinkovog prsta RU49, proliferacija cinkovog prsta Zipro1 651 657 x– NF-κB Jedarni faktor kappa B/c-rel 219 233 – E2FF E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 492 508 + SP1F GC-kutijski faktori SP1/GC 490 506 + IKRS Porodica cinkovih prstiju Ikaros 64 76 + STAT1 Transduktor signala i aktivator transkripcije 409 427 – RBP2 Retinoblastom-vezujući proteini sa demetilanom aktivnošču 538 546 – YY1F Aktivator/represor vezan za mjesto transkripcije i inicijacije553 575 – SP1F GC-kutijski faktori SP1/GC 359 375 – HSF Faktori toplotnog šoka 240 264 - BPTF Bromodomenski i PHD-domenski transkripcijski faktori 423 433 + ZNF35 Protein cinkovog prsta ZNF35 309 321 + ETSF Ljudski i mišji faktori ETS1 235 255 +
Funkcija i ekspresija
Vjeruje se da je protein C7orf25 UPF0415 aktivan u ATP-ovisnoj razgradnji proteina u proteasomskom putu. Kod ljudi, ekspriira se sveprisutno.
Homologija Protein C7orf25 UPF0415 ima jedan paralog koji je FLJ18411. UPF0415 je takođe visoko konzerviran kod kičmenjaka. Sljedeća tablela prikazuje mali izbor ortologa pronađenih pomoću BLAST-a i BLAT-a i njihov identitet s proteinom C7orf25 UPF0415.
Rod i vrsta Pristupni broj Sličnost (aa) Homo sapiens NM_001099858 – Bos taurus NM_001076140,1 95% Falco cherrug XM_005446213.1 78% Xenopus laevis XM_005014944.1 73%
Predviđena obilježja proteina
Posttranslacijske modifikacije UPF0415 protein C7orf25 nije transmembranski protein, jer nema transmembranske domene. C7orf25 protein UPF0415 ima višestruku fosforilaciju za koju se vjeruje da je odgovorna za aktivaciju proteina.
Predviđeno je više petlji na drškama u 3' i 5' UTR i vjeruje se da su one funkcionalne u transkripciji gena.
Interakcije
Ostali proteini za koje je poznato da stupaju u interakciju s proteinom C7orf25 UPF0415 su FRA10AC1, FLJ23825 i TUBB (tubulin, beta klasa I), a samo je TUBB povezan s aktivnošću proteasoma.
Konceptna prezentacija Sve posttranslacijske modifikacije, genetički ili proteasomski faktori koji su relevantni za transkripciju i regulaciju proteina C7orf25 proteina UPF0415, gore spomenuti, označeni su u konceptnoj translaciji: thumb|Konceptna translacija C7orf25 thumb|280px|Varijante transkripta C7orf25
C7orf25 C7orf25 kodira 12 različitih transkripata. Dva od ovih transkripata su (PSMA2 i UPF0415). Još uvijek nema specifičnih fenotipova ili polimorfizama s mutacijom u C7orf25. Ovo sugerira da je ovaj otvoreni okvir čitanja važan za preživljavanje kod kičmenjaka. Donja slika prikazuje sve predviđene transkripte kodirane u C7orf25.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 7 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika