ZGRF1 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom ZGRF1 od 236.6 kDa sa hromosoma 4. ZGRF1 genski proizvod nalazi se na ćelijskom jedrru i podstiče popravak DNK, stimulirajući homolognu rekombinaciju. Ovaj gen pokazuje relativno nisku ekspresiju u većini ljudskih tkiva, sa povećanom ekspresijom u situacijama hemijske zavisnosti. ZGRF1 je ortologan za skoro sva carstva eukariota. Funkcionalni domeni ovog proteina povezuju ga sa nizom helikaza, od kojih su najznačajniji domeni AAA_12 i AAA_11.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 2.104 aminokiseline, a molekulska težina 236.602 Da.
1020304050 MESQEFIVLYTHQKMKKSKVWQDGILKITHLGNKAILYDDKGACLESLFL KCLEVKPGDDLESDRYLITVEEVKVAGAIGIVKQNVNKEAPELNSRTFIS SGRSLGCQPSGLKRKFTGFQGPRQVPKKMVIMESGESAASHEAKKTGPTI FSPFCSMPPLFPTVGKKDVNNILADPENIVTYKNRERNAMDFSSVFSPSF QINPEVLCEENYFCSPVNSGNKLSDSLLTNEPVKRDSLASHYSGVSQNIR SKAQILALLKSESSSSCEELNSEMTEHFPQKQPQGSLKIATKPKYLIQQE ECAEMKSTENLYYQHQSENTMRNKSRWAMYLSSQSSPIHSSTVDGNDTER KPKAQEDDVNSNLKDLSLQKIIQFVETYAEERKKYNVDQSVGNNDPSWNQ EVKLEIPSFNESSSLQVTCSSAENDGILSESDIQEDNKIPFNQNDKGCIK GSVLIKENAQEVNTCGTLEKEYEQSESSLPELKHLQIESSNNSRISDDIT DMISESKMDNESLNSIHESLSNVTQPFLEVTFNLNNFETSDTEEESQESN KISQDSESWVKDILVNDGNSCFQKRSENTNCEEIEGEHLPFLTSVSDKPT VTFPVKETLPSQFCDKTYVGFDMGICKTENTGKEIEEYSDTLSNFESFKW TDAVYGDNKEDANKPIQEVRINYDFALPPNKSKGINMNLHIPHIQNQIAE NSNLFSEDAQPQPFILGSDLDKNDEHVLPSTSSSDNSVQLLNTNQNHYEC IALDKSNTHISNSLFYPLGKKHLISKDTEAHISEPEDLGKIRSPPPDHVE VETAREGKQYWNPRNSSELSGLVNTISILKSLCEHSTALDSLEILKKKNT VFQQGTQQTYEPDSPPEVRKPFITVVSPKSPHLHKDSQQILKEDEVELSE PLQSVQFSSSGSKEETAFQAVIPKQIERKTCDPKPVEFQGHQVKGSATSG VMVRGHSSQLGCSQFPDSTEYENFMTETPELPSTCMQIDFLQVTSPEENI STLSPVSTFSLNSRDEDFMVEFSETSLKARTLPDDLHFLNLEGMKKSRSL ENENLQRLSLLSRTQVPLITLPRTDGPPDLDSHSYMINSNTYESSGSPML NLCEKSAVLSFSIEPEDQNETFFSEESREVNPGDVSLNNISTQSKWLKYQ NTSQCNVATPNRVDKRITDGFFAEAVSGMHFRDTSERQSDAVNESSLDSV HLQMIKGMLYQQRQDFSSQDSVSRKKVLSLNLKQTSKTEEIKNVLGGSTC YNYSVKDLQEISGSELCFPSGQKIKSAYLPQRQIHIPAVFQSPAHYKQTF TSCLIEHLNILLFGLAQNLQKALSKVDISFYTSLKGEKLKNAENNVPSCH HSQPAKLVMVKKEGPNKGRLFYTCDGPKADRCKFFKWLEDVTPGYSTQEG ARPGMVLSDIKSIGLYLRSQKIPLYEECQLLVRKGFDFQRKQYGKLKKFT TVNPEFYNEPKTKLYLKLSRKERSSAYSKNDLWVVSKTLDFELDTFIACS AFFGPSSINEIEILPLKGYFPSNWPTNMVVHALLVCNASTELTTLKNIQD YFNPATLPLTQYLLTTSSPTIVSNKRVSKRKFIPPAFTNVSTKFELLSLG ATLKLASELIQVHKLNKDQATALIQIAQMMASHESIEEVKELQTHTFPIT IIHGVFGAGKSYLLAVVILFFVQLFEKSEAPTIGNARPWKLLISSSTNVA VDRVLLGLLSLGFENFIRVGSVRKIAKPILPYSLHAGSENESEQLKELHA LMKEDLTPTERVYVRKSIEQHKLGTNRTLLKQVRVVGVTCAACPFPCMND LKFPVVVLDECSQITEPASLLPIARFECEKLILVGDPKQLPPTIQGSDAA HENGLEQTLFDRLCLMGHKPILLRTQYRCHPAISAIANDLFYKGALMNGV TEIERSPLLEWLPTLCFYNVKGLEQIERDNSFHNVAEATFTLKLIQSLIA SGIAGSMIGVITLYKSQMYKLCHLLSAVDFHHPDIKTVQVSTVDAFQGAE KEIIILSCVRTRQVGFIDSEKRMNVALTRGKRHLLIVGNLACLRKNQLWG RVIQHCEGREDGLQHANQYEPQLNHLLKDYFEKQVEEKQKKKSEKEKSKD KSHS
Gen Cijeli gen je dug 97.663 parova baza i ima neprerađenu iRNK dužine 6.740 nukleotida. Sastoji se od 28 egzona koji kodiraju protein od 2.104 aminokiseline. Za C4orf21.12 postoji 12 varijanti transkripta.
thumb|90px| Položaj ljudskiog gena c4orf21 na dugom kraku hromozoma 4
Lokus ZGRF1 nalazi se na poziciji 4q25 hromosoma 4, u blizini gena LARP7. Kodiran je na minus sekvenci.
Homologija i evolucija
Homologni domeni ZGRF1 sadrži domen DUF2439 (domen nepoznate funkcije), zf-GRF domain , i AAA_11 I AAA_12 domen (ATPaza vezana za razne ćelijske aktivnosti). Domeni DUF uključeni su u održavanje telomere i mejotsku segregaciju. AAA_11 and AAA_12 Aadrže motiv P-petlje koji je uključen u konjugativne prijenosne proteine. Drugi domeni helikaza su također prisutni u ortolozima c4orf21.
Paralozi Postoji 9 umjereno povezanih proteina kod ljudi koji su paralogni domenima koji sadrže ATP-ovisnu helikazu na C-kraju c4orf21 nakon 1612. aminokiseline. Većina ovih proteina pripada porodici RNK-helikaza. Nisu poznati paralozi za veliki N-terminalni dio proteina.
+Identitet sekvence u helikaznom domenu paraloga Paralog Protein Identitet aminokiselina Sličnost aminokiselia UPF1 Regulator nonsens transkripata 1 32% 51% IGHMBP2 Helikazni imunoglobulin μ-vezujućeg proteina 2 30% 47% MOV10 Virus 10 Moloneyeve leukemije 30% 47% SETX Senataksin 29% 43% ZNFX1-AS1 Protein 1 tipa cinkovog prsta sa NFX1 28% 47% DNA2 Helikazno/nukleazna replikacija DNK ovisna o ATP 26% 44% PPARG Peroksisomni proliferatorski receptor gama 26% 43% HELZ2 Helikaza sa domenom cinkovog prsta 25% 42% AQR Intron-vezujući protein akarijus 24% 48% thumb|400px|none|Neukorijenjeno filogenetsko stablo proteina koji su paralogni helikaznom domenu koji sadrži dio c4orf21
Ortolozi Potpuni ortolozi gena c4orf21 nalaze se kod sisara. Domen helikaze koji sadrži dio gena na C-terminalu je konzericat širom eukariota.
Protein
Primarna sekvenca ZGRF1 je težak 236,6 kDa. thumb|300px|Aminokiselinski sastav c4orf21
Posttranslacijske modifikacije Za ZGRF1 eksperimentalno su određena mjesta fosforilacija na pozicijama Y38, S137, S140, S325 i S864. thumb|300px| Eksperimentalno određena mjesta posttranslacijskih modifikacija u c4orf21
Sekundarna struktura U TMHMM serveru, predviđa se slab transmembranski domen sa jednom petljom na C-terminal proteina prije helikaznog jezgra. Ovaj proteinski domen ima oba kraja izvan membrane.
Tercijarni domeni i kvarternarna struktura ZGRF1 ima povezane strukture sa paralogom Upf1. Ove strukture imaju sposobnost da vežu ione cinka i iRNK. thumb|none|Struktura C4ORF21 zasnovana na UPF1 modelu. Slika obojena u dugu od N– do C-kraja. Ova struktura je zasnovana na kristalnoj strukturi kompleksa između dva faktora raspadanja posredovania judskim nonsensima, upf1 i upf2, ortorombski oblik.
Funkcija i biohemija ZGRF1 je 5' do 3' DNK-helikaza koja promovira stabilnost genoma, stimulirajući popravak DNK homolognom rekombinacijom. Konkretno, ZGRF1 olakšava popravak lezija DNK koje blokiraju replikaciju. izazvanih agensima kao što su mitomicin C i kamptotecin. Mehanički, ZGRF1 fizički stupa u interakciju s RAD51-rekombinazom i stimulira razmjenu lanaca pomoću RAD51-RAD54.
ZGRF1 dijeli homologiju u svom domenu domen nepoznate funkcije 39 (DUF2439) sa Mte1 Saccharomyces cerevisiae i Dbl2 Schizosaccharomyces pombe, koji imaju slične uloge u rekombinacionoj popravci DNK.
Ljudski paralozi helikaznog jezgra gena ZGRF1 povezani su s translacijom, transkripcijom, nonsens posredovanimm raspadanjeiRNK, prerađenom iRNK, preradom miRNK, RISC sklopa i preradom pre-iRNK. Ovi paralozi djeluju pod motivom SPF1 RNK-helikaza.
Mov10, paralog, i vjerovatna RNK-helikaza potrebni su za utišavanje gena posredovano RNK pomoću RNK-induciranog kompleksa utišavanja (RISC). Također je potreban i za translacijsku represiju posredovanu putem miRNK i za cijepanje komplementarnih mRNK putem RISC-a posredovano miRNK, kao i za transkripciju i replikaciju delta virusa (HDV) ljudskog hepatitisa, usmjerenu na RNK. Mov10 stupa u interakciju s HDV RNK s malim kapicama koje su izvedene iz genomskih struktura ukosnica koje označavaju mjesta inicijacije RNK zavisne o HDV transkripcije RNK.
Ekspresija Ekspresija je relativno niska za c4orf21 u odnosu na druge proteine. |Blago je povišena u poređenju sa njegovom prosečnom ekspresijom u tkivu u hematopoetskom i limfnom sistemu, a također je iznad prosjeka u mozgu. Niži proseci postoje u tkivu jetre, ždrijela i kože.
Interakcije transcripcijskog faktora Početno mjesto transkripcije za ZGRF1 najbolje se poravnava aktiviranjem transkripcijskih faktora 2 (ATF), CREB, deltaCREB, E2F i E2F-1, mjestima vezanja transkripcijskih faktora.
Interaktivni proteini C4orf21 eksprimira predviđenu interakciju proteina sa svojim AQR, DNA2, IGHMBP2, LOC91431 i SETX paralozima.
Klinički značaj Nakon ispitivanja varijabilnih GEO profila, bilo je mnogo povezanih s hepatitisom i drugim poremećajima jetre. Najbolje korelativne studije bile su one u vezi sa neuspjehpm transplantacija jetre. GRF1 je pokazao značajno povećanu ekspresiju kod onih koji su bili ovisni o nikotinu u odnosu na kontrolnu grupu nepušača.
Utvrđeno je da paralog ZGRF1 inhibira samoreplikaciju HIV-1, u više faza. Mov10 je uključen u biološke procese utišavanja gena posredovanog RNK, transkripcije, regulacije transkripcije i ima aktivnost hidrolaza i helikaza, putem vezivanja ATP-a i RNK.
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 4 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika