Kolekcija baze podataka BioCyc je asortiman baza podataka o putevima/genomima specifičnih za organizam (PGDB) koje pružaju referencu na informacije o genomu i metaboličkom putu za hiljade organizama. Od juna 2021. godine, u BioCyc-u je bilo preko 17.800 baza podataka. SRI International,Home page of the SRI International sa sjedištem u Menlo Parku, Kalifornija, održava porodicu podataka BioCyc.
Kategorije baza podataka Na osnovu urađenog ručnog kuriranja, porodica BioCyc baza podataka podijeljena je na 3 nivoa:
Nivo 1: Baze podataka koje su primile najmanje godinu dana ručnog kuriranja zasnovanog na literaturi. Trenutno postoji sedam baza podataka u Tier 1. Od sedam, MetaCyc je glavna baza podataka koja sadrži skoro 2500 metaboličkih puteva iz mnogih organizama.Caspi, R.; Altman, T.; Dreher, K.; Fulcher, C. A.; Subhraveti, P.; Keseler, I. M.; Kothari, A.; Krummenacker, M.; Latendresse, M.; Mueller, L. A.; Ong, Q.; Paley, S.; Pujar, A.; Shearer, A. G.; Travers, M.; Weerasinghe, D.; Zhang, P.; Karp, P. D. (2011). "The Meta Cyc database of metabolic pathways and enzymes and the Bio Cyc collection of pathway/genome databases". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D742–53. doi:10.1093/nar/gkr1014. PMC 3245006. PMID 22102576. Druga važna baza podataka Tier 1 je HumanCyc koja sadrži oko 300 metaboličkih puteva pronađenih kod ljudi. Preostalih pet baza podataka uključuje EcoCyc (E. coli), AraCyc (Arabidopsis thaliana), YeastCyc ( Saccharomyces cerevisiae ), LeishCyc (Leishmania major Friedlin) i TrypanoCyc (Trypanosoma brucei).
Nivo 2: Baze podataka koje su kompjuterski predviđene, ali su primile umjereno ručno kuriranje (većina s kuracijom od 1-4 mjeseca). Baze podataka Tier 2 dostupne su za ručno vođenje od strane naučnika koji su zainteresovani za bilo koji određeni organizam. Tier 2 baze podataka trenutno sadrže 43 različite baze podataka o organizmima.
Nivo 3: Baze podataka koje je PathoLogic predvidio računarski i koje nisu dobile ručno kuriranje. Kao i kod Tier 2, baze podataka Tier 3 su takođe dostupne za kuriranje zainteresovanim naučnicima.
Softverski alati BioCyc web stranica sadrži niz softverskih alata za pretraživanje, vizualizaciju, poređenje i analizu informacija o genomu i putevima. Uključuje pretraživač genoma i pretraživače za metaboličke i regulatorne mreže . Web stranica također uključuje alate za slikanje velikih ("omics") skupova podataka na metaboličke i regulatorne mreže, te na genom.
Upotreba u istraživanju Budući da porodica BioCyc Database sadrži dugačku listu baza podataka specifičnih za organizam, kao i podatke na različitim sistemskim nivoima u živom sistemu, upotreba u istraživanju je bila u širokom spektru konteksta. Ovdje su istaknute dvije studije koje pokazuju dvije različite varijante upotrebe, jednu na skali genoma i drugu za identifikaciju specifičnih SNP-a ( single Nucleotide Polymorphisms) unutar genoma.
AlgaGEM
AlgaGEM je model metaboličke mreže na nivou genoma za kompartmentalnu ćeliju algi koju su razvili Gomes de Oliveira Dal'Molin et al. baziran na genomu Chlamydomonas reinhardtii. Ima 866 jedinstvenih ORF-a, 1862 metabolita, 2499 unosa gen-enzim-reakcija-asocijacija i 1725 jedinstvenih reakcija. Jedna od Pathway baza podataka koja se koristi za rekonstrukciju je MetaCyc.
SNP-ovi
Studija Shimul Chowdhury i drugi. pokazala je razliku između majčinih SNP-ova i metabolita uključenih u puteve homocisteina, folata i transsulfuracije u slučajevima s kongenitalnim srčanim defektima (CHDs) za razliku od kontrola. Studija je koristila HumanCyc za odabir gena kandidata i SNP-ova.
Reference
Kategorija:Metabolizam Kategorija:Biotehnologija Kategorija:Baze podataka genoma