Transmembranski protein 63A jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM63A sa hromosoma 1. Zreli ljudski protein ima približno 92,1 kilodaltona (kDa), sa relativno visokom konzerviranošću mase u ortolozima. Protein sadrži 11 transmembranskih domena i umetnut je u lizosomsku membranu. BioGPS analiza za TMEM63A kod ljudi pokazuje da je gen sveprisutno eksprimiran, sa najvišim nivoima ekspresije pronađenim u T-ćelija ma i dendritskim ćelijama.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 807 aminokiselina, a molekulska težina 92.126 Da.

1020304050 MMDSPFLELWQSKAVSIREQLGLGDRPNDSYCYNSAKNSTVLQGVTFGGI PTVLLIDVSCFLFLILVFSIIRRRFWDYGRIALVSEADSESRFQRLSSTS SSGQQDFENELGCCPWLTAIFRLHDDQILEWCGEDAIHYLSFQRHIIFLL VVVSFLSLCVILPVNLSGDLLDKDPYSFGRTTIANLQTDNDLLWLHTIFA VIYLFLTVGFMRHHTQSIKYKEENLVRRTLFITGLPRDARKETVESHFRD AYPTCEVVDVQLCYNVAKLIYLCKEKKKTEKSLTYYTNLQVKTGQRTLIN PKPCGQFCCCEVLGCEWEDAISYYTRMKDRLLERITEEERHVQDQPLGMA FVTFQEKSMATYILKDFNACKCQSLQCKGEPQPSSHSRELYTSKWTVTFA ADPEDICWKNLSIQGLRWWLQWLGINFTLFLGLFFLTTPSIILSTMDKFN VTKPIHALNNPIISQFFPTLLLWSFSALLPSIVYYSTLLESHWTKSGENQ IMMTKVYIFLIFMVLILPSLGLTSLDFFFRWLFDKTSSEASIRLECVFLP DQGAFFVNYVIASAFIGNGMELLRLPGLILYTFRMIMAKTAADRRNVKQN QAFQYEFGAMYAWMLCVFTVIVAYSITCPIIAPFGLIYILLKHMVDRHNL YFVYLPAKLEKGIHFAAVNQALAAPILCLFWLYFFSFLRLGMKAPATLFT FLVLLLTILVCLAHTCFGCFKHLSPLNYKTEEPASDKGSEAEAHMPPPFT PYVPRILNGLASERTALSPQQQQQQTYGAIHNISGTIPGQCLAQSATGSV AAAPQEA

Gen

Pregled TMEM63A nalazi se na negativnom lancu DNK hromosoma 1, na lokaciji 1q42.12, obuhvatajući bazne parove od 226,033.237 do 226,070.069. Aliasi uključuju KIAA0489 i KIAA0472. Proizvod ljudskog gena je 4.469 bp iRNK sa 25 predviđenih egzona. Postoji devet predviđenih izoformi gena za preradu, od kojih tri kodiraju proteine. Promotorska analiza sprovedena je korištenjem El Dorada preko softverske stranice Genomatix. Predviđeni promotorski region obuhvata 971 parova baza, od 226,070.920 do 226,069.950 na negativnom lancu hromosoma 1.

Gensko susjedstvo TMEM63A nalazi se u blizini gena EPHX1 na pozitivnom lancu DNK na hromosomu 1, kao i Lefty 1 gena na negativnom smislenom lancu. Ostali geni u istoj oblasti na hromosomu 1 uključuju SRP9 i Lefty 3 na pozitivnom lancu i MIR6741 i PYCR2 na negativnom lancu.

Ekspresija TMEM63 je sveprisutno eksprimiran u cijelom ljudskom tijelu na različitim nivoima, javlja se sa najvećom relativnom prevalencijom u CD 8+ T ćelije i CD 4+ T ćelijama. Umjereni relativni nivoi ekspresije također se primjećuju u cijelom mozgu, posebno u potiljačnom režnju, tjemenom režnju i gušterači. Analiza TMEM63A ekspresije kod miša, koristeći BioGPS, otkrila je više varijabilnih obrazaca ekspresije, pri čemu je najveća ekspresija uočena u želucu i debelom crijevu. Faktor transkripcije, predvidio je program El Dorado iz Genomatix, koji je otkrio da je TMEM63A visoko reguliran E2F regulatorima ćelijskog ciklusa i EGR1, faktorom za koji se vjeruje da je gen supresor tumora sa ekspresijom u mozgu. Predviđa se da je 3' UTR vezan za regulatorni element miR-9/9ab.

Protein

Svojstva Zreli oblik ljudskog proteina TMEM63A ima 807 aminokiselinskih ostataka sa izoelektričnom tačkom od 6,925. Prilično je konzerviran među ortolozima. BLAST-ovo poravnavanje otkrilo je da protein sadrži tri domena: RSN1_TM i dva domena nepoznate funkcije (DUF4463 i DUF221). Predviđa se da je RSN1_TM uključen u transport Golgijevih vezikula i egzocitozu. DUF4463 je citosolni i daleko homologan sa RNK-vezujućim proteinima. Ovaj domen može se koristiti za određivanje orijentacije proteina u membrani, pri čemu je N-terminal proteina unutar lizosoma, a C-terminal lociran je u citosolu.

Posttranslacijska modifikacija određena je eksperimentalno i pomoću bioinformatičke analize. Postoje dva vjerovatna mjesta glikozilacija na proteinu: N38 i N450. Predviđena su korišćenjem NetNGlyc programa iz ExPASy i sekvence aminokiselina TMEM63A, kao i pretpostavljene orijentacije proteina u membrani. Postoje tri vjerovatna mjesta fosforilacije na proteinu: S85, S98 i S735, koja su predviđena pomoću NetPhos programa.

Protein ima tri izoforme. Zreli protein je označen kao izoforma CRA. Druge dvije izoforme su X1 i X2, koje imaju po 630, odnosno 468 aminokiselinskih ostataka. Izoformi X1 nedostaje N-kraj zrelog proteina, dok izoformi 2 nedostaje C-kraj.

Interakcije

Koristeći informacije zasnovane na tekstu, smatra se da TMEM63A potencijalno stupa u interakciju sa šest drugih proteina: EEF1D, FAM163B, CPNE9, TMEM90A, STAC2, HEATR3 i WDR67.

Funkcija Funkcija TMEM63A nije poznata, iako je jedno istraživanje otkrilo da se nalazi u regiji koja je vjerovatno regulirana putem mir-200-a, povezana s homeostazom epitela. Drugi su otkrili da je u kvantitativnom lokusu svojstava, povezan sa haloperidolski izazvanom katalepsijom.

Evolucijska historija

Paralozi

TMEM63A ima dva paraloga: TMEM63B, koji se nalazi na 6p21.1, i TMEM63C, na C14orf171. Poravnavanje između njih pokazuje da je TMEM63C bliži TMEM63B nego TMEM63A. BLAST poravnanje je pokazalo homologiju TMEM63A i TMEM63B sa proteinima koji su udaljeni poput biljaka, dok je TMEM63C bio homologan samo toliko udaljen kao kod drosophila. Ovo ukazuje da se TMEM63C vjerovatno odvojio od ta dva u ranoj fazi. beskičmenjaks.

Rasprostranjenost ortologa

TMEM63A ima veliki raspon ortologa, sa homolozima prisutnim u organizmima koji su udaljeni poput biljaka. Rod i vrsta Uobičajeno ime Razred Pristup Postotak identiteta Otolemur garnettii Lemur Mammalia XP_003791028.1 91% Vicugna pacos Alpaka Mammalia XP_006198896.1 92% Mus musculus Miš Mammalia NP_659043.1 90% Trichechus manatus latirostris Zapadnoindijska morska krava Mammalia XP_004375949.1 89% Canis lupus familiaris Pas Mammalia NP_001274088.1 89% Myotis davidii Mišouhi šišmiš Mammalia XP_006761379.1 80% Pelodiscus sinensis Kineska mehkooklopna kornjača Sauropsida XP_006118107.1 71% Alligator sinensis Kineski aligator Reptilia XP_006016630.1 70% Ficedula albicollis Muharica Aves XP_005043078.1 69% Gallus gallus Crvena divlja kokoš Aves XP_419384.3 68% Xenopus tropicalis Zapadna kandžasta žaba Amphibia NP_001072343.1 65% Ictalurus punctatus Kanalski somić Actinopterygii AHH42519.1 54% Culex quinquefasciatus Južni kućni komarac Insecta XP_001861445.1 34% Clonorchis sinensis Kineski jetreni metilj Trematoda GAA53916.1 23% Oryza sativa Azijska riža Liliopsida NP_001065504.1 20%

Reference

Dopunska literatura

Kategorija:Geni na hromosomu 1 Kategorija:Transmembranski proteini Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika