thumb|Sažetak funkcionalnih oznaka o naborima proteina za translaciju najuspješnijih predaka Klase proteinskih nabora su široke kategorije topologije tercijarne strukture proteina. Opisuju grupe proteina koje dijele slične proporcije aminokiselina i sekundarne structure. Svaka klasa sadrži višestruke, nezavisne proteinske natporodice (tj. nisu nužno međusobno evolucijski povezane ).
Općenito priznate klase Četiri velike klase proteina koje se općenito slažu u dvije glavne baze podataka klasifikacije strukture (SCOP i CATH).
Svi-α proteini Sve-α proteini su klasa strukturnih domena u kojima je sekundarna struktura sastavljena u potpunosti od α-heliksa, s mogućim izuzetkom nekoliko izolovanih β-listova na periferiji.
Uobičajeni primjeri uključuju bromodomen, globinski i homeodomeodiomenski nabor.
Svi-β protein Svi β proteini su klasa strukturnih domena u kojima se sekundarna struktura sastoji u potpunosti od β-listova, s mogućim izuzetkom nekoliko izolovanih α-heliksa na periferiji.
Uobičajeni primjeri uključuju domen SH3, beta-propelerski domen, imunoglobulinski nabor i B3 DNK-vezujući domen.
α+β proteini α+β proteini su klasa strukturnih domena u kojima se sekundarna struktura sastoji od α-heliksa i β-lanaca koji se javljaju odvojeno duž kičme. β-lanci su stoga uglavnom "antiparalelni".
Uobičajeni primjeri uključuju feredoksinski nabor, ribonukleazu A i domen SH2.
α/β proteini α/β proteini su klasa strukturnih domena u kojima se sekundarna struktura sastoji od naizmjeničnih α-heliksa i β-lanaca duž kičmi. β-lanci su stoga uglavnom paralelni.
Uobičajeni primjeri uključuju flavodoksinski nabor, TIM barel i proteine bogate leucinom koji se ponavljaju (LRR) kao što je inhibitor ribonukleaze.
Dodatne klase
Membranski proteini Membranski proteini stupaju u interakciju sa biološkom membranom, tako što se ubacuju u njih ili su vezani preko kovalentno vezanog lipida. Oni su jedan od uobičajenih tipova proteina zajedno sa rastvorljivim globulastim proteinima, fibroznim proteinima i poremećenim proteinima. They are targets of over 50% of all modern medicinal drugs. Procjenjuje se da 20–30% svih gena u većini genoma kodira membranske proteine.
Unutrašnje poremećeni proteini Unutrašnje poremećeni protein nedostaje fiksna ili uređena trodimenzijska struktura. IDP pokrivaju spektar stanja od potpuno nestrukturiranih do djelimično strukturiranih i uključuju nasumični namotaj, (pre-)rastvorene globule i velike multi-domenske protein, povezane fleksibilnim linkerima. Oni čine jedan od glavnih tipova proteina (pored globulastih, vlaknastih i membranskih proteina).
Upredenozavojnički proteini Upredenozavojnički proteini formiraju duga, netopiva vlakna uključena u vanćelijski matriks. Postoji mnogo članova skleroproteinske natporodice uključujući keratin, kolagen, elastin i fibrin. Uloge takvih proteina uključuju zaštitu i podršku, formiranje vezivnog tkiva, tetive, koštani matriks i mišićna vlakna.
Mali proteini Mali proteini tipski imaju tercijarnu strukturu koju održavaju disulfidni mostovi (cisteinom bogati proteini), metalni ligandi (proteini koji vezuju metal) i ili kofaktori kao što je hem.
Dizajnirani proteini Brojne proteinske strukture su rezultat racionalnog dizajna i ne postoje u prirodi. Proteini se mogu dizajnirati od nule (de novo dizajn) ili izradom proračunatih varijacija poznate strukture proteina i njegove sekvence (poznato kao redizajn proteina). Racionalni pristupi dizajnu proteina predviđaju sekvence proteina koje će se savijati u specifične strukture. Ove predviđene sekvence se zatim mogu eksperimentalno potvrditi metodima kao što su sinteza peptida, lokusno usmjerena mutageneza ili vještačka sinteza gena.
Također pogledajte Porodica proteina SCOP baza podataka CATH baza podataka FSSP baza podataka
Reference
vanjski linkovi
Kategorija:Savijanje proteina Kategorija:Proteinski domeni