right|thumb|Struktura A-DNK A-DNK ili ADNK je jedna od mogućih dvostrukih spiralnih struktura koje DNK može usvojiti. Smatra se da je A-DNK jedna od tri biološki aktivne dvostruke spiralne strukture zajedno sa B-DNK i Z-DNK. To je desna dvostruka spirala prilično slična uobičajenom obliku B-DNK, ali sa kraćom, kompaktnijom spiralnom strukturom čiji bazni parovi nisu okomiti na os heliksa kao u B-DNK. Otkrila ju je Rosalind Franklin, koja je također nazvala A i B forme. Pokazala je da se DNK pretvara u A oblik kada je u uslovima dehidracije. Takvi uslovi se obično koriste za formiranje kristal a, a mnoge kristalne strukture DNK su u A obliku. Ista spiralna konformacija se javlja u dvolančanim RNK, i u DNK-RNK hibridnim dvostrukim spiralama.
Struktura Kao i češća B-DNK, A-DNK je desnostrana dvostruka spirala s velikim i manjim žljebovima. Međutim, kao što je prikazano u tabeli poređenja ispod, postoji blagi porast u broju parova baza (bp) po okretu. Ovo rezultira manjim uglom uvijanja i manjim porastom po baznom paru, tako da je A-DNK 20-25% kraća od B-DNK. Glavni žlijeb A-DNK je dubok i uzak, dok je mali žlijeb širok i plitak. A-DNK je šira i više komprimirana duž svoje ose od B-DNK.
Prepoznatljiva karakteristika A-DNK je rendgenskokristalogarfska rupa u centru. Praznina u centru strukture DNK nastaje slaganje parova baza , ili „nabiranje šećera“. A-DNK ima C3-endo nabor, koji označava blizinu baza fosfatu u šećernofosfatnoj okosnoci DNK.
Poređenje geometrije najčešćih oblika DNK right|thumb| Pogled sa strane i odozgo na konformacije A-, B- i Z-DNK. thumb|right|250px|Žute tačke predstavljaju lokaciju spiralne ose A-, B- i Z-DNK u odnosu na bazni par guanin-citozin. Geometrijski atribut:A-formaB-formaZ-formaHeliksni smisao sense Desnoruki Desnoruki ljevorukiJedinica koja se ponavlja 1 bp 1 bp 2 bpRotacija/bp 32,7° 34,3° 60°/2Srednji bp/obrtaj 11 10 12Nagib bp prema osi +19° −1,2° −9°Uspon/bp duž ose 2,6 Å (0,26 nm) 3,4 Å (0,34 nm) 3,7 Å (0,37 nm)Uspon/skretanje heliksa 28,6 Å (2,86 nm) 35,7 Å (3,57 nm) 45,6 Å (4,56 nm)Srednji okret propelera +18° +16° 0°Glikozilni ugao anti anti pirimidin: anti, purin: sinUdaljenost nukleotid-fosfata od fosfata 5.9 Å 7.0 Å C: 5,7 Å, G: 6,1 ÅNabiranje šećera C3'-endo C2'-endo C: C2'-endo,G: C3'-endoPrečnik 23 Å (2.3 nm) 20 Å (2.0 nm) 18 Å (1,8 nm)
A/B intermedijari Istraživanja također pokazuju da se DNK A oblika može hibridizirati sa uobičajenijom B-DNK. Ovi A-B međuoblici usvajaju svojstva nabiranja šećera i/ili osnovnu konformaciju oba oblika DNK. U jednoj studiji, karakteristični C3-endo nabor je pronađen na prva tri šećera u DNK lancu, dok posljednja tri šećera imaju C2-endo nabor, poput B-DNK. Ovi intermedijari se mogu formirati u vodenim rastvorima kada su citozinske baze metilirane ili bromirane, mijenjajući konfiguraciju. Alternativno, pokazalo se da se fragmenti bogati guaninom i citozinom lahko pretvaraju iz B u A-oblik u vodenim rastvorima.
Biološka funkcija A-DNK se može dobiti iz nekoliko procesa, uključujući dehidraciju i vezivanje proteina. Dehidracija DNK ga dovodi u A oblik, za koji se pokazalo da štiti DNK u uslovima kao što je ekstremno isušivanje bakterija. Vezivanje proteina također može ukloniti rastvarač sa DNK i pretvoriti ga u A oblik, kao što je otkriveno strukturom nekoliko hipertermofilnih arhejskih virusa. Ovi virusi uključuju štapićaste rudiviruse SIRV2 and SSRV1, omotani vlaknasti lipotriksvirusi AFV1, SFV1 i SIFV, tristromavirus PFV2 kao i ikosaedarski portoglobovirus SPV1. Vjeruje se da je DNK A-oblika jedna od adaptacija hipertermofilnih arhaičnih virusa na teške uvjete okoline u kojima ovi virusi napreduju.
Predloženo je da motori koji pakuju dvolančanu DNK u bakteriofage iskorištavaju činjenicu da je A-DNK kraća od B-DNK, te da su konformacijske promjene u samoj DNK izvor velikih sila koje generiraju ovi motori. Eksperimentalni dokazi za A-DNK kao intermedijer u virusnom biomotornom pakovanju dolaze iz mjerenja dvostruke boje Försterov rezonantni prijenos energije koji pokazuju da se B-DNK skraćuje za 24% u zaustavljenom ("zgnječenom") međuproduktu A-forme. U ovom modelu, hidroliza ATP-a se koristi za pokretanje konformacijskih promjena proteina koje alternativno dehidriraju i rehidriraju DNK, a ciklus skraćivanja/produženja DNK je povezan s ciklusom hvatanja/otpuštanja proteina-DNK kako bi se stvorilo kretanje naprijed koje pomiče DNK u kapsidu.
Također pogledajte Tercijarna struktura nukleinske kiseline DNK B-DNK Z-DNK C-DNK
Reference
Vanjski linkovi Cornell Comparison of DNA structures Nucleic Acid Nomenclature
Kategorija:DNK Kategorija:Članci s videoklipovima