Opsada Mostara vođena je tokom rata u Bosni prvo 1992. godine, a zatim kasnije od 1993. do 1994. godine. U početku je trajala između aprila 1992. i juna 1992. godine, a uključivala je Hrvatsko vijeće odbrane (HVO) i Armiju Republike Bosne i Hercegovine. (ARBiH) protiv Jugoslovenske narodne armije (JNA) kojom su dominirali Srbi nakon što je Bosna i Hercegovina proglasila nezavisnost od Jugoslavije. Ta faza je okončana u junu 1992. nakon uspjeha operacije Čagalj koju su pokrenule Hrvatska vojska (HV) i HVO. Usljed prve opsade oko 90.000 stanovnika Mostara je pobjeglo, a brojni vjerski objekti, kulturne ustanove i mostovi su oštećeni ili uništeni.
Kako je širi sukob sazrijevao i politički krajolik se mijenjao, bosanski Hrvati i Bošnjaci su počeli da se bore jedni protiv drugih, što je kulminiralo Hrvatsko-bošnjačkim ratom. U periodu od juna 1993. do aprila 1994. godine HVO je opsjedao istočni Mostar koncentrisan na Bošnjake, što je rezultiralo smrću brojnih civila, prekidom humanitarne pomoći, oštećenjem ili uništenjem deset džamija, te dizanjem u zrak historijskog Starog mosta. Neprijateljstva su okončana potpisivanjem Vašingtonskog sporazuma u martu 1994. i uspostavom Hrvatsko-bošnjačke federacije.
Pozadina 1990. i 1991. godine Srbi u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini su proglasili niz "srpskih autonomnih oblasti". Srbi su koristili dobro opremljenu Jugoslovensku narodnu armiju (JNA) u odbrani ovih teritorija. Već u septembru ili oktobru 1990. JNA je počela da naoružava bosanske Srbe i organizuje ih u milicije. Do marta 1991, JNA je podijelila oko 51.900 komada vatrenog oružja srpskim paravojnim jedinicama i 23.298 komada vatrenog oružja Srpskoj demokratskoj stranci (SDS). Hrvatska vlada počela je naoružavati Hrvate u Hercegovini 1991. i početkom 1992. godine, očekujući da će Srbi proširiti rat na Bosnu i Hercegovinu. To je također pomoglo naoružavanju bošnjačke zajednice. Od jula 1991. do januara 1992. JNA i srpske paravojne snage koristile su teritoriju BiH za napade na Hrvatsku. Tokom rata u Hrvatskoj, predsjednik RBIH Alija Izetbegović dao je televizijsku proklamaciju neutralnosti, navodeći da "ovo nije naš rat", a sarajevska vlada ne preduzima odbrambene mjere protiv mogućeg napada bosanskih Srba i JNA.
Dana 25. marta 1991. godine, hrvatski predsjednik Franjo Tuđman sastao se u Karađorđevu s predsjednikom Srbije Slobodanom Miloševićem, navodno kako bi razgovarali o podjeli Bosne i Hercegovine. U novembru je osnovana autonomna Hrvatska zajednica Herceg-Bosna (HZ HB), koja je tvrdila da nema secesijski cilj i da će služiti kao "pravna osnova za lokalnu samoupravu". Obećali su da će poštovati Vladu RBIH pod uslovom da Republika Bosna i Hercegovina bude nezavisna od "bivše i svake vrste buduće Jugoslavije". Za njegovog predsjednika imenovan je Mate Boban. U decembru je Tuđman, u razgovoru sa liderima bosanskih Hrvata, rekao da "iz perspektive suvereniteta, Bosna i Hercegovina nema perspektive" i preporučio da hrvatska politika "podržava suverenitet [Bosne i Hercegovine] do trenutka kada Hrvatskoj više ne bude odgovaralo."
Nakon učešća JNA u Domovinskom ratu, mostarski Hrvati su jedinice JNA smatrali okupatorskom snagom. Percipirana je kao sila prijateljska prema Srbima i neprijateljska prema Hrvatima i Bošnjacima (bosanskim Muslimanima). Dana 4. februara 1992. lokalni hrvatski građani blokirali su puteve od Mostara do Čitluka i Širokog Brijega u znak protesta zbog ponašanja rezervista JNA na tom području. Srbi su 6. februara blokirali put od Mostara do Sarajeva. Dana 29. februara i 1. marta 1992. održan je referendum o nezavisnosti Bosne i Hercegovine. Bošnjaci i bosanski Hrvati snažno su podržavali nezavisnost, dok su bosanski Srbi uglavnom bojkotovali referendum. Većina birača glasala je za nezavisnost i 3. marta 1992. predsjednik Alija Izetbegović proglasio je nezavisnost od Jugoslavije, koju je Hrvatska odmah priznala.Nohlen, D & Stöver, P (2010) Elections in Europe: A data handbook
Dana 14. marta došlo je do pucnjave u Mostaru na kasarnu JNA u gradu. Sljedećeg dana građani Mostara su postavili barikade i tražili povlačenje snaga JNA. Dana 1. aprila došlo je do sukoba između JNA i hrvatskih snaga u nekoliko okolnih sela i južnom predgrađu Jasenice. Dana 8. aprila, bosanski Hrvati su organizovani u Hrvatsko vijeće odbrane (HVO), a pridružio se i popriličan broj Bošnjaka. Dana 15. aprila formirana je Armija Republike Bosne i Hercegovine (ARBiH), sa nešto više od dvije trećine trupa koje su činili Bošnjaci i gotovo jednu trećinu Hrvati i Srbi. Centralna vlada u Sarajevu se borila da se organizuje i formira efikasnu vojnu snagu protiv Srba. Izetbegović je koncentrisao sve svoje snage na zadržavanje kontrole nad Sarajevom. U ostatku Bosne i Hercegovine, vlada se morala osloniti na HVO, koji je već formirao svoju odbranu, da zaustavi srpsko napredovanje.
Prva opsada (april – juni 1992)
Uvod U aprilu su počele borbe na više lokacija u Hercegovini. Druga vojna oblast JNA, kojom je komandovao general-pukovnik Milutin Kukanjac, rasporedila je elemente 5. banjalučkog korpusa i 9. kninskog korpusa u rejon Kupresa, zauzevši grad od Hrvatske vojske (HV) i HVO-a koji su zajednički branili to područje u Bici za Kupres 1992., 7. aprila i prijeteći Livnu i Tomislavgradu na jugozapadu. Četvrta vojna oblast JNA, kojom je komandovao general Pavle Strugar, angažovala je 13. Bilećki korpus i 2. Titogradski korpus za zauzimanje Stoca i većeg dijela istočne obale rijeke Neretve južno od Mostara. Široki Brijeg je 7. i 8. aprila bio na udaru jugoslovenskog ratnog vazduhoplovstva.
Opsada
Artiljerijski napadi JNA na predgrađe Mostara počeli su 6. aprila i grad je odatle periodično granatiran. Tokom sljedeće sedmice JNA je postepeno uspostavila kontrolu nad velikim dijelovima grada. Dana 9. aprila snage JNA odbile su napad hrvatskih snaga, sada u sastavu HVO-a, na vojni aerodrom u Mostaru. Snage Teritorijalne odbrane bosanskih Srba zauzele su 11. aprila dvije obližnje hidroelektrane na rijeci Neretvi. Dana 19. aprila 1992. godine, general Momčilo Perišić, komandant 13. Bilećkog korpusa u Mostaru, naredio je artiljerijskim jedinicama da napadnu naselja Cim, Ilići, Bijeli Brijeg i Donja Mahala. Snage JNA u Mostaru brojale su 17.000 vojnika.
U februaru 1992. godine, na prvom od mnogih sastanaka, Boban, Josip Manolić, Tuđmanov pomoćnik, a prethodno hrvatski premijer, i Radovan Karadžić, predsjednik samoproglašene Republike Srpske, sastali su se u Grazu u Austriji kako bi razgovarali o podjeli Bosne i Hercegovine i potrebnih transfera stanovništva. Karadžić i Boban su se 6. maja, bez bošnjačkih predstavnika, ponovo sastali u Grazu i sklopili sporazum o prekidu vatre i o teritorijalnoj podjeli Bosne i Hercegovine. Sporazum nije obuhvatio Mostar: bosanski Srbi su smatrali da istočni Mostar treba da bude u srpskoj administrativnoj jedinici, dok su bosanski Hrvati smatrali da cijeli Mostar treba da bude u hrvatskoj, na osnovu granica Banovine Hrvatske iz 1939. godine. Strane su se na kraju razišle i sljedećeg dana su snage JNA i bosanskih Srba, kasnije preimenovane u Vojsku Republike Srpske (VRS), izvršile napad na položaje koje su držali Hrvati na istočnoj obali rijeke. Osim uskog pojasa na istočnoj obali Neretve, Hrvati su držali Bijelo Polje na sjeveroistoku. JNA je držala položaje na brdima s kojih se pružao pogled na grad sa istoka, brdu Hum južno od grada, nekoliko predgrađa na jugu i dijelu područja na sjeveru.
Hrvatska vojska planirala je ofanzivu na JNA i VRS kodnog naziva Operacija Čagalj. Cilj operacije je bio rasteretiti Mostar i razbiti JNA oko opkoljenog Dubrovnika. Pripreme za operaciju obavio je general HV-a Janko Bobetko. Bobetko je preraspodijelio zapovjednu strukturu HVO-a. Snage HVO-a su krajem maja započele seriju napada na položaje JNA i VRS oko Mostara. Dana 23. maja HVO je zauzeo planinu Hum. Operacija Čagalj počela je 7. juna kada su se snage HV/HVO-a pomakle istočno i sjeverno od Čapljine prema Stocu i Mostaru. Kao podrška glavnom napadu, HVO je napao položaje VRS-a na zapadnoj obali Neretve i 11. juna zauzeo planinu Orlovac i sela Varda, Čule i Kruševo na jugozapadu i Jasenicu i Slipčiće na jugu. Do sljedećeg dana HVO je potisnuo sve preostale snage VRS-a istočno od rijeke Neretve. Srpske snage su 13. juna uništile dva mosta preko Neretve, a ostao je samo Stari most, koji je, međutim, bio oštećen.
U međuvremenu, snage HV/HVO-a brzo su napredovale i 14. juna stigle do predgrađa Mostara. Do 15. juna HVO je konsolidovao Stolac, a 4. bojna mostarskog HVO-a zauzela je kasarnu JNA "Sjeverni logor" u Mostaru. Da bi se izvršila veza sa jedinicama HV-a i HVO-a koje su napredovale na sjever preko Bune i Blagaja, mostarske snage HVO-a su uz podršku 4. bojne 4. gardijske brigade HV-a krenule na jug od grada preko Jasenice. Dvije snage koje su napredovale susrele su se na Međunarodnom aerodromu Mostar 17. juna. HVO je očistio naselje Bijelo Polje na sjeveroistoku i napredovao dalje na istok uz obronke planine Velež. Nakon povlačenja VRS-a iz istočnog Mostara, Srbi su protjerani iz grada. Do 21. juna VRS je potpuno potisnuta iz Mostara. ARBiH je podržavala potiskivanje grada na istok samo u sporednoj ulozi. HVO je u to vrijeme bio sastavljen i od Hrvata i od Bošnjaka. Iako je linija fronta još uvijek bila blizu Mostara, uzvisinu koja je direktno gledala na Mostar na istočnoj obali Neretve osiguravale su snage HV-a i HVO-a. HVO je počeo uspostavljati kontrolu nad Mostarom, a po preuzimanju Boban je izbacio Bošnjake iz javnog života i na njihovo mjesto postavio HDZ-ove tvrdolinijaše, podigao blokade na putevima po gradu i ograničio slobodu kretanja Bošnjaka unutar i izvan Mostara.
Posljedice
Mostar je teško oštećen granatiranjem JNA tokom opsade. Među uništenim ili teško oštećenim zgradama su katolička katedrala Marije, Majke Crkve, Franjevačka crkva i samostan, Biskupski dvor (sa bibliotečkom zbirkom od preko 50.000 knjiga), 12 od 14 džamija, historijski muzej, arhiv, te niz drugih kulturnih institucija. Svi gradski mostovi su porušeni, a Stari most je jedini ostao. Sredinom juna 1992. godine, nakon pomjeranja borbene linije na istok, HVO je srušio srpski pravoslavni manastir Žitomislić, dok je u Sabornu crkvu Svete Trojice upala neidentifikovana grupa. JNA je optužena za maltretiranje nesrba i pljačku i paljenje imovine Bošnjaka i Hrvata. Oko 90.000 od 120.000 stanovnika Mostara je pobjeglo. Hiljade Bošnjaka koji su napustili Mostar tokom opsade počeli su se vraćati u grad. Pratile su ih mnoge bošnjačke izbjeglice iz drugih bosanskih gradova koje je zauzela VRS.
U istraživanjima javnog mnjenja koje su tokom 2000-ih u Srbiji sproveli Beogradski centar za ljudska prava i Strategic Marketing Group, manje od 20 posto ispitanika vjeruje da je JNA zapravo kontrolisala Mostar.
Druga opsada (juni 1993 – april 1994)
Uvod