El Badakhxan (; ) fou un antic país muntanyós situat a la riba esquerra de l'Amudarià, on neix el riu Panj. Modernament està dividit entre el Tadjikistan (el Pamir que forma el districte autònom de Gorno-Badakhxan) i l'Afganistan (Província de Badakhxan i districte annex de Wakhan). El riu Kokča o Khirnab, afluent de l'Amudarià, és el riu principal de la regió i a la seva vora hi ha les principals ciutats, com l'antiga capital Fayzabad i les viles de Jirm i Qeshm.
El seu nom derivaria dels badhakhx o balakhx, una mena de robí propi únicament d'aquesta regió, però una altra teoria suggereix que els robins van agafar el nom del país (Balakhx). Les mines de robins es troben de fet fora dels límits estrictes del país, al Xughnan, que antigament formava un sol territori amb el Badakhxan. També hi ha mines de lapislàtzuli.
S'ha relacionat amb Vandabanda, un districte de Sogdiana esmentat per Claudi Ptolemeu, que indica que es troba entre les muntanyes del Caucasus (l'Hindu Kush) i l'Imaus (Himáleh) i que podria coincidir.
Història És esmentat per primer cop pels xinesos als segles i amb el nom de Po-t-totchoang-na o Pat-tok-ts'ong-na, o amb el nom de Pa-t'o-shan o Pu-t'o-shan i és descrit com a part del Tukharistan (xinès Tuho-lo). El Tukharistan (estrictament el país entre Balkh i el Badakhxan) tenia sovint un sentit més ampli indicant tots els territoris a l'est de Balkh als dos costats de l'Amudarja.
El Tukharistan havia estat poblat pels tokharis que havien expulsat als grecs de Bactriana al però en foren expulsats al pels heftalites (o Haytal) i en un document llegendari es troba la indicació de què el rei heftalita hauria donat a un fill Djirm i Badakhxan. Al el regne heftalita fou enderrocat pel Kanat dels Turcs.
En el temps de les primeres incursions àrabs, el sobirà del Tukharistan (en el sentit ampli del terme) portava el títol turc de yabghu (que els àrabs van anomenar djabghuya) i els prínceps dels territoris (con el Badakhxan) eren els seus vassalls. No se sap quan fou conquerit pels àrabs; al-Tabari esmenta una expedició a Kishm al territori del djabghuya el 736. Segons Yakubim Djirm, el Badakhxan estava al límit de les possessions musulmanes i esmenta un rei anomenat Khumar Beg com a rei de Shikinan i Badhakhxanan. Al-Istakhri esmenta el país com "territori d'Abu –Fath" segurament referit al territori del príncep Abu l-Fath al-Yaftali pare d'Abu Nasr que va combatre contra Karategin, general samànida mort el 951/952.
Al se sap que s'hi va introduir la doctrina ismaïlita, obra del poeta Nasir-i Khusraw, i encara avui resta un territori ismaïlita. A la segona meitat del va passar a domini d'una branca col·lateral dels gúrides amb seu a Bamian, branca deposada al començament del pel xa de Coràsmia. Els mongols no hi van penetrar de manera efectiva i va seguir governada pels prínceps locals autoctons; va quedar en poder dels ilkhànides d'Hulagui i fou la part mes al nord dels territoris que aquestos van concedir al príncep mongol Yasaur. Després de Yasaur les tribus van fer acatament als kans de Txagatai que no hi van intervenir. El 1359 i 1360 va patir invasions d'amirs txagatais; Kai Kobad Khuttalani, un amir del Khuttalan, va matar el rei de Badakhxan Baha al-Dinposteriorment els historiadors esmenten un govern de dos prínceps, segons Arabshah dos germans i quan més tard el país va caure en mans d'Amir Husayn, els prínceps van exigir la venjança de sang i Husayn va fer matar Kai Kobad. El govern de Husayn fou opresiu i els badakhxanesos es van posar sota protecció de Tamerlà, al que van ajudar a enderrocar a Husayn (aleshores el germà de Kai Kobad, Kai Khusraw Khuttalani, va matar a Husayn per la vejança de sang); en aquest temps eren prínceps Shah Shaikh Muhammad i Shah Shaik Ali; vn seguir fidels a Tamerlà durant tot el seu govern. Durant la campanya a lÍndia apareixen dos prínceps de Badakhxan: Shah Lasghar Shah i Shah Baha al-Din.The rise and rule of Tamerlane, per B. F. Manz, pàg. 156 Aparentment la dinastia autòctona va conservar un cert poder local; la llegenda fa remuntar aquesta dinastia a Alexandre el Gran.
La dinastia de Badakhxan es esmentada sovint dota Tamerlà, però sempre actuant com a simples governadors del conqueridor i lluitant al seu costat per exemple a Kiptxak (1377) i a Sistan (1383). Un príncep o xah de nom Niki Xah es esmentat l'estiu del 1409 anant a la cort de Xah Rukh per queixar-se que el seu germà havia estat massacrat per ordre de Xah Baha al-Din i ell s'havia hagut d'amagar; Xah Rukh li va fer vagues promeses.Manuscrit persa Matla-assadein ou-madjma albahrein, a Notices et extraits de la bibliotheque du Roi et autres bibliotheques, tome qatorzieme (volum 14), accesible a Google books, pàg. 166. El 1412 El xah Baha al-Din II va enviar un delegat a Xah Rukh a reclamar l'enviament d'un delegat de confiança per recollir el tribut; entre l'enviament del delegat a Herat i l'arribada a Badakhxan del home de confiança del emperador (Hamza Katuku) van passar uns mesos, en els que per lguna raó no coneguda, Baha al-Din va evolucionar cap a un nacionalisme badakhxanès i finalment va rebutjar l'entrada a Hamza.Ibid, pag. 222 Aquest va retornar i l'emperador va enviar a la zona als amirs Midrab Bahadur, Said Ali Tarkhan i Firuz Xah. Van passar per Balkh, governada pel fill de l'emperador, Ibrahim Sultan, i van seguir al sud; després de passar Baghlan van arribar a Ixkemeix. Baha al-Din II va fugir cap a les muntanyes. Ibrahim Sultan que s'havia unit a l'expedició es va aturar a Keixem. L'exèrcit victoriós va ocupar la ciutat de Badakhxan i va penetrar cap els districtes de Sagnan, Gand i Bamir (on tradicionalment se situava el naixement del Jihun o Oxus). Es va fer un botí enorme i van retornar a la ciutat de Badakhxan. Xah Mahmud, germà de Baha al-Din, que havia estat a la cort de Xah Rukh anteriorment, fou nomenat xah governador.Ibid pàgs 222, 223, 224 Al cap d'un temps Baha al-Din II es va acabar refugiant a Mogolistan (vers 1415), però aviat va retornar (1416) i se’n va anar a Herat on va exposar al emperador el desorganitzat que estava Badakhxan des que ell no hi era. El 21 de maig de 1417 va arribar a Herat Xah Nikixah de Badakhxan per presentar una queixa contra els seus germans i parents.Ibid, 298, 299 Probablement per evitar una guerra civil, Xah Rukh va designar al seu fill Syorgatmix pel govern i administració del país (1417 a 1418 o 19); a l'agost del 1417 el príncep es va traslladar a Badakhxan amb un contingent militar i aviat va restablir la tranquil·litat. Poc després hi va anar l'amir Sultan Ahmad Helal enviat per Xah Rukh com a governador. L'emperador també va autoritzar a Baha al-Din el retorn al país per residir allí com a persona privada si bé no hi ha dubte que els clans dels prínceps conservaven influpencia local.Inid, pàg 299
Finalment el besnet de Tamerlà, Abu Said ben Muhammad ben Miranshah ben Timur, va annexionar el país. El darrer sobirà fou Muhammad Badakhshi, que es va sotmetre sense resistència a l'exèrcit enviat pel sultà i es va establir a Herat, però el seu fill va haver de fugir a Kaixgar. El principat de Badakhxan fou donat a Abu Bakr Mirza, fill d'Abu Said, però el príncep refugiat a Kaixgar va retornar i el va expulsar i el país va haver de tornar a ser conquerit. Muhammad Badakhshi fou executat (1466/1467) i Abu Bakr restaurat.
Abu Bakr fou succeït pel seu germà Sultan Mahmud Mirza, príncep d'Hisor, i va restar unit a aquest territori; Mahmud va governar després també a Samarcanda (1494-1495); a la seva mort el fill Baysunkur Mirza fou proclamat a Samarcanda i el fill gran va rebre Hisar (que ja governava en vida del pare). Baysunkur fou assassinat el 1499 pel seu beg i governador de Kunduz, Khusraw Shah que de fet va exercir el poder sobirà fins al 1504 quan Hisar i Kunduz foren conquerides pels uzbeks. El país va reaccionar contra el domini uzbek amb un aixecament nacional, dirigit per Mubarak Shah i Zubayr Raghi, que van tenir com a quarter general la fortalesa que van anomenar Kala-i Zafar (Fortí de la Victòria); els uzbeks foren rebutjats i el príncep timúrida Nasir Mirza, germà de Bàber, cridat en ajut contra els uzbeks, fou proclamat rei el febrer del 1505. Al cap de dos anys, però, a causa de divergències amb els caps rebels, fou expulsat del tron. El 1508, Sultan Ways Mirza (conegut com a Mirza Khan), fill del sultà Mahmud Mirza, es va presentar al país (amb consentiment de Bàber) i fou rebut a Kala-i Zafar on Mubarak Khan havia mort feia poc a mans de Zubayr Raghi. Aquest s'oposava a reconèixer Wais Mirza com a sobirà, i fou assassinat; llavors van entrar al país els ismaïlites de Kuhistan, dirigits per Radi al-Din, i es van apoderar de la major part del país. Però la primavera del 1509, Radi al-Din va morir en una batalla i el seu cap portat a Wais Mirza, que era a Kala-i Zafar.
Mirza Khan llavors va governar el país fins a la seva mort el 1520. Va deixar un fill infant, de nom Sulayman Mirza al que Bàber va cridar i el va deposar i va nomenar regent el seu propi fill Humayun, que va restar-hi fins al 1529, quan fou cridat pel seu pare a l'Índia i el va substituir el seu germà Mirza Hindal. Said Khan de Kaixgar va intentar apoderar-se llavors del Badakhxan però fou rebutjat i Bàber va decidir retornar el principat a Sulayman Mirza al que Said Khan també va reconèixer (1530). Sulayman va regnar fins al 1575, i al final fou expulsat del tron pel seu net Shahrukh i es va refugiar a l'Índia i va anar després a la Meca i encara va tornar al seu país on fou acollit pel seu net.
El 1584 el país fou conquerit pels uzbeks dirigits per Abd Al·là Khan, i Shahrukh (i Sulayman que va morir el 1586) van haver de fugir a l'Índia. Van fer algunes temptatives per recuperar el poder que no van reeixir. Però una revolta dirigida per Badi al-Zaman Mirza, fill de Shahrukh, li va permetre recuperar el poder en data desconeguda segurament reconeixent la sobirania uzbeka. El 1599 a la caiguda de la dinastia shibànida, Badi al-Zaman va reconèixer la nova dinastia jànida, però el 1603 quan els safàvides van envair el territori de Balkh, va obrir negociacions amb l'emperador Jahangir; els safàvides foren rebutjats i les negociacions amb Jahangir no van fructificar, i els jànides llavors van envair el país en data no coneguda, els primera anys del segle; van conquerir Kunduz i Badi al-Zaman va morir tot seguit en la lluita. Els jànides haurien nomenat llavors a Mirza Muhammad Khan, fill de Shah Rukh, per governar, però al cap d'un any fou assassinat per un pretendent shibànida que s'havia refugiat al país. Llavors formà part directement del Kanat de Bukharà.