La història de Bhutan a l'antiguitat és desconeguda i res de cert es pot dir abans del . La història primerenca de Bhutan està impregnada de mitologia i segueix sent fosca. Algunes de les estructures proporcionen evidència que la regió s'ha assentat ja l'any 2000 aC. Segons una llegenda, va ser governada per un rei de Cooch-Behar, Sangaldip, al voltant del , però no se'n sap gaire abans de la introducció del budisme tibetà al segle VIII, quan l'agitació al Tibet obligà molts monjos a fugir a Bhutan. Al , es va establir l'escola Drukpa Kagyupa i segueix sent la forma dominant de budisme a Bhutan avui dia. La història política del país està íntimament lligada a la seva història religiosa i a les relacions entre les diferents escoles i monestirs monàstics."Background Note: Bhutan" . U.S. Department of State (March 2008).
Des d'almenys el , cap poder exterior ha ocupat ni governat mai Bhutan (malgrat l'estatus de tributari nominal ocasional).: "[T]here can be no doubt that since at least the tenth century no external power has controlled Bhutan, although there have been periods when various of its neighbors have been able to exert a strong cultural and/or political influence there."
La consolidació de Bhutan es va produir el 1616 quan Ngawanag Namgyal, un lama de l'oest del Tibet conegut com el Zhabdrung Rinpoche, va derrotar tres invasions tibetanes, va sotmetre les escoles religioses rivals, va codificar el Tsa Yig, un sistema de llei complex i complet, i es va establir com a governant d'un sistema eclesiàstic i d'administrador civil. Després de la seva mort, les lluites internes i la guerra civil van erosionar el poder dels Zhabdrung durant els 200 anys següents. El 1885 Ugyen Wangchuck pogué consolidar el poder, i va començar a conrear vincles més estrets amb els britànics al subcontinent."Background Note: Bhutan" . U.S. Department of State (març 2008).
El desembre de 1907, Ugyen Wangchuck (Bhutan : འབྲུག་རྒྱལ་ དང་ པ་ཨོ་རྒྱན་དཱན་ ད་ཋདག) entronitzat com el primer rei hereditari de Bhutan. El 1910, el rei Ugyen i els britànics van signar el Tractat de Punakha que preveia que l'Índia britànica no interferiria en els afers interns de Bhutan si el país acceptava assessorament extern en les seves relacions exteriors. Quan Ugyen Wangchuck va morir el 1926, el seu fill Jigme Wangchuck es va convertir en el segon rei, i quan l'Índia va aconseguir la independència el 1947, el nou govern indi va reconèixer Bhutan com a país independent. El 1949, l'Índia i Bhutan van signar el Tractat de Pau i Amistat, que preveia que l'Índia no interferís en els afers interns de Bhutan, sinó que guiaria la seva política exterior. Succeït l'any 1952 pel seu fill Jigme Dorji Wangchuck, Bhutan va començar a sortir lentament del seu aïllament i va començar un programa de desenvolupament planificat. Es van establir l'Assemblea Nacional de Bhutan, el Reial Exèrcit Bhutanès i el Tribunal Reial de Justícia, juntament amb un nou codi legal."Background Note: Bhutan". U.S. Department of State (March 2008). Bhutan es va convertir en membre de les Nacions Unides el 1971.
El 1972, Jigme Singye Wangchuck va pujar al tron als 16 anys. Va posar èmfasi en l'educació moderna, la descentralització de la governança, el desenvolupament d'hidroelectricitat i el turisme, i les millores en el desenvolupament rural. Potser era més conegut internacionalment per la seva filosofia de desenvolupament global de "felicitat nacional bruta". Reconeix que el desenvolupament té moltes dimensions i que els objectius econòmics per si sols no són suficients. Satisfet amb el procés de transició de democratització de Bhutan, va abdicar el desembre de 2006 en lloc d'esperar fins a la promulgació de la nova constitució el 2008. El seu fill, Jigme Khesar Namgyel Wangchuck, es va convertir en rei després de la seva abdicació."Background Note: Bhutan" . U.S. Department of State (March 2008).
Bhoties Tradicionalment se suposava que els bhòties tepu foren els primers pobladors; estaven emparentats amb els kacharis i kochs de les planes, i foren sotmesos vers el 1700 per una banda de soldats tibetans que es van establir al país, es van barrejar amb els nadius i donaren origen als moderns bhòties (bhòtia).
Orígens i primers assentaments, 600–1600 Un estat de Lhomon (literalment, foscor del sud) o Monyul (terra fosca, una referència als Monpa, un dels pobles tibetobirmans de Bhutan), possiblement una part del Tibet que aleshores estava més enllà dels ensenyaments budistes. Es creu que Monyul va existir entre l'any 100 i el 600 dC. Els noms Lhomon Tsendenjong (país del sàndal del sud de Mon) i Lhomon Khashi (país del sud de Mon de quatre aproximacions), que es troben a les antigues cròniques bhutaneses i tibetanes, també poden tenir credibilitat i han estat utilitzats per alguns estudiosos bhutanesos quan es referien a la seva terra natal. Els historiadors han suggerit variacions de les paraules sànscrites Bhota-ant (final de Bhot) o Bhu-uttan (que significa terres altes) com a orígens del nom Bhutan, que es va fer servir comú a l'estranger a finals del segle XIX i s'utilitza a Bhutan només en la correspondència oficial en llengua anglesa. El nom tradicional del país des del segle XVII és Drukyul: país dels Drukpa, el poble del Drac o la Terra del Drac del Tro, una referència a la secta budista dominant del país.
Alguns estudiosos creuen que durant el primer període històric els habitants eren ferotges aborígens de les muntanyes, els Monba, que no eren ni d'estil tibetà ni mongol que més tard van envair el nord de Bhutan. La gent de Monyul practicava una religió xamànica, que posava èmfasi en el culte a la natura i l'existència d'esperits bons i dolents. Durant la darrera part d'aquest període, les llegendes històriques relaten que el poderós rei de Monyul va envair una regió del sud coneguda com els Duars, sotmetent les regions actuals d'Assam, Bengala Occidental i Bihar a l'Índia.
Arribada del budisme El budisme es va introduir per primera vegada a Bhutan al segle VII. El rei tibetà Songtsän Gampo (regnat 627–649), un budista convers, va construir 108 temples budistes a la regió de l'Himàlaia, inclosos alguns temples a Bumthang al centre de Bhutan, Haa, Lhuentse i Kyichu (prop de Paro) a la vall de Paro. El budisme es va propagar de debò l'any 746 sota el rei Sindhu Rāja (també Künjom; Sendha Gyab; Jakar Gyalpo), un rei indi exiliat que havia establert un govern a Bumthang al Palau Jakar Gutho.
El budisme va substituir però no va eliminar les pràctiques religioses bon que també havien prevalgut al Tibet fins a finals del segle VI. En canvi, el budisme va absorbir Bon i els seus creients. A mesura que el país es va desenvolupar en les seves nombroses valls fèrtils, el budisme va madurar i es va convertir en un element unificador. Va ser la literatura i les cròniques budistes les que van començar la història registrada de Bhutan.
L'any 810 dC, un sant budista, Padmasambhava (conegut a Bhutan com a Guru Rimpoche i de vegades conegut com el Segon Buda), va arribar a Bhutan des del Nepal per invitació del rei Sindhu Rāja. Després d'haver sotmès vuit classes de déus i dimonis i convertir el rei, Guru Rimpoche es va traslladar al Tibet. Al seu retorn del Tibet, va supervisar la construcció de nous monestirs a la vall de Paro i va establir la seva seu a Bumthang. Segons la tradició, va fundar la secta Nyingmapa —també coneguda com la "secta vella" o secta del barret vermell—del budisme mahayana, que es va convertir durant un temps en la religió dominant de Bhutan. Guru Rimpoche té un gran paper històric i religiós com a sant patró nacional que va revelar els tantres (manuals que descriuen formes de devoció a l'energia natural) a Bhutan. Després de l'estada del guru, la influència índia va tenir un paper temporal fins que les creixents migracions tibetanes van aportar noves contribucions culturals i religioses.
No hi havia govern central durant aquest període. En canvi, a principis del es van començar a desenvolupar petites monarquies independents. Cadascun estava governat per un deb (rei), alguns dels quals reivindicaven els orígens divins. El regne de Bumthang era el més destacat entre aquestes petites entitats. Al mateix temps, els monjos budistes tibetans (lam en dzongkha, la llengua nacional oficial de Bhutan) havien arrelat fermament la seva religió i cultura a Bhutan, i els membres d'expedicions militars conjuntes tibetano-mongoles es van establir a les fèrtils valls. Al segle XI, tot Bhutan estava ocupat per les forces militars tibetanes-mongoles.
Rivalitat sectària Al , el desenvolupament polític de Bhutan va estar molt influenciat per la seva història religiosa. Després d'un període en què el budisme estava en decadència al Tibet al segle XI, va sorgir la disputa entre una sèrie de subsectes. Els senyors suprems de la dinastia Yuan del Tibet i Bhutan van patrocinar una seqüència de subsectes fins a la seva pròpia decadència política al segle XIV. En aquell moment, l'escola Gelugpa o Barret Groc s'havia convertit, després d'un període d'anarquia al Tibet, en una força poderosa que va provocar la fugida a Bhutan de nombrosos monjos de diverses sectes oposades menors. Entre aquests monjos hi havia el fundador de la subsecta Lhapa de l'escola Kargyupa, a qui s'atribueix la introducció del dzong construït estratègicament. Tot i que la subsecta Lhapa havia estat desafiada amb èxit al per una altra subsecta Kargyupa, la Drukpa, dirigida pel monjo tibetà Phajo Drugom Zhigpo, va continuar fent proselitisme fins al . El Drukpa es va estendre per tot Bhutan i finalment es va convertir en una forma dominant de pràctica religiosa. Entre el i el , les dues subsectes Kargyupa van competir entre elles des del seu respectiu dzong, ja que la forma més antiga del budisme Nyingmapa va quedar eclipsada.
Segles IX a XVI Fins al Bhutan era un país repartit entre diversos petits regnes sota un deb (rei), alguns dels quals reclamaven origen diví. El més important en fou el de Bumthang; d'altra banda, alguns monjos budistes havien difós la seva religió i cultura pel territori i s'establiren expedicions tibetanomongoles al i XI i el dominaven gairebé després de l'any 1000.
Al el budisme hi era predominant, però al entrà en decadència al Tibet, i tant al Tibet com a Bhutan van sorgir sectes que van dominar l'escena fins al . En aquest segle la Gelugpa o Escola del Barret Groc, després del caos viscut al Tibet, havia aconseguit emergir com a força principal en aquest país i nombrosos monjos d'altres sectes van fugir al Bhutan, entre els quals un monjo que fundà la subsecta Lhapa de l'escola Kargyupa. La secta Kargyupa hi seguí predicant fins al , però una altra subsecta li feia ombra des del segle XII: la secta Drukpa, fundada pel monjo tibetà Phajo Drugom Shigpo. La subsecta Drukpa del grup no reformat dels Nyingmapa del Tibet s'estengué per Bhutan i acabà imposant-se a la subsecta rival. Entre el i el XVII les dues subsectes rivalitzaren entre si i l'antiga forma de budisme Nyingmapa va quedar eclipsada.
Govern teocràtic, 1616–1907 Consolidació i derrota de les invasions tibetanes, 1616–51