Programari del sistema de Nintendo 3DS és un conjunt de versions de firmware i programari actualitzables frontend a la consola de videojocs Nintendo 3DS. Actualitzacions, que es descarreguen a través de connexió a Internet del sistema permeten Nintendo afegir i treure característiques i programari. Totes les actualitzacions també inclouen tots els canvis de les actualitzacions anteriors. La versió actual del programari del sistema, 11.17.0-50, es va posar a disposició general el 22 de maig de 2023.

Menú HOME El Menú HOME és una interfície gràfica d'usuari similar al menú de Nintendo DSi i Wii U per altres sistemes de Nintendo 3DS. S'utilitza per posar en marxa el programari emmagatzemat a la consola Nintendo DS i 3DS en format digital o bé en cartutx, les aplicacions instal·lades en una targeta SD i títols DSiWare instal·lat en la memòria interna del sistema. Les icones d'aplicació s'estableixen en una quadrícula navegable amb la pantalla tàctil o el D-pad, i es poden canviar de lloc a través d'arrossegar i deixar anar. La quantitat d'icones per columna també pot canviar, des d'una fins a sis. El menú pot mostrar fins a 120 rajoles d'aplicació. A la pantalla superior, un logo animat en 3D especial mostra per a cada aplicació individual, així com la informació del sistema, com la força del senyal sense fils, la data i l'hora, i la durada de la bateria, mentre que a la pantalla inferior, es mostren les icones de les aplicacions. També és possible canviar la brillantor de la pantalla mentre està en el menú. Amb el Menú HOME, els usuaris poden suspendre el programari actual que s'està executant i que aparegui el menú d'inici, que permet a l'usuari posar en marxa certes aplicacions multitasca, com el navegador d'Internet i Miiverse.

De manera semblant a la Nintendo DSi, el menú té microprogramari actualitzable. Targetes de joc també poden ser a la vegada intercanviar en calent al menú. El botó d'encesa indica a l'usuari si vol posar la consola en mode de suspensió o apagar-lo.

El 25 d'abril de 2012, una actualització del sistema va portar a la introducció d'un sistema de carpetes. Fins a 60 carpetes es poden crear. Les aplicacions poden ser arrossegats a la part superior d'una carpeta per tal de moure, i a partir de llavors, més aplicacions es poden afegir a la carpeta mitjançant el mateix procediment, fins a 60 aplicacions per carpeta. Un títol per a la carpeta es crea automàticament en l'ordre de la creació (de "1" a "60"), però el nom també pot ser editat per l'usuari. Només el primer caràcter del títol es mostrarà en la icona de la carpeta. Quan les aplicacions dins de carpetes reben StreetPass o SpotPass notificacions, una icona de notificació apareixerà a la part superior de la carpeta.

El 20 de juny de 2013, una actualització del sistema va portar a la introducció de la funció de còpia de seguretat de les dades guardades. Aquesta funció permet a l'usuari realitzar còpies de seguretat o guardar dades descarregable de programari de Nintendo 3DS i la majoria dels jocs de la consola virtual. Creació d'una còpia de seguretat de les dades de desament permet als usuaris eliminar el programari des de la targeta SD sense perdre les dades guardades. La còpia de seguretat creada llavors es restaura automàticament quan l'usuari torna a descarregar el programari de la Nintendo eShop. Un total de 30 de guardar còpies de seguretat de dades es poden emmagatzemar a la vegada. No és possible fer còpies de seguretat o guardar dades versions comercials de programari de Nintendo 3DS, DSiWare, i el programari de Game Boy Advance.

L'octubre de 2014 va sortir una actualització que permet als usuaris poder-se personalitzar el menú HOME (les carpetes, el fons, etc.) mitjançant una opció de botiga que s'hi ha afegit. http://www.nintendo.co.jp/nintendo_direct/20140829/index.html https://twitter.com/NintendoES/status/505318363435122689

Nintendo Badge Arcade, anomenat al Japó és una aplicació per a Nintendo 3DS estrenada el 17 de desembre de 2014 al Japó, l'11 de novembre de 2015 a Amèrica del Nord http://www.reinodocogumelo.com/2015/11/nintendo-badge-arcade-chegou-eshop.html i el 13 de novembre de 2015 a Europa. http://www.reinodocogumelo.com/2015/11/aplicativo-nintendo-badge-arcade-sera.html Aquest programa permet aconseguir pins, escenaris i la possibilitat de canviar els icones del menú HOME amb l'ajut d'una pinça mecànica, d'un martell http://www.reinodocogumelo.com/2015/03/hammer-traz-uma-nova-maneira-de-coletar.html o d'una arpa bomba. http://www.reinodocogumelo.com/2015/08/aplicativo-japones-collectible-badge.html La descàrrega és gratuïta, així com els primers cinc intents, però després s'han de pagar 90 iens (1 €) per cinc intents més (però periòdicament se'n reglen). De tant en tant poden haver intents gratuïts, així com collint unes peces especials que permet fer-la servir tres cops. Hi ha un mode per practicar, i la possibilitat d'anar directament a Miiverse, a la botiga de temes, a informació, i ajuda d'una conilleta. L'aplicació es va renovant de pins i escenaris cada setmana i en ocasions especials. El juny de 2017 va deixar d'actualitzar-se.

Aplicacions preinstal·lades Nintendo 3DS Camera Nintendo 3DS Camera (càmera de Nintendo 3DS) és una aplicació incorporada de foto i vídeo que disposa d'una galeria de mitjans integrada i la funcionalitat d'edició de fotos. L'aplicació utilitza dues càmeres que enfronten frontal del sistema per fer fotos en 3D, i la càmera de cara a l'usuari fer fotos 2D regulars. Totes les fotografies es prenen a una resolució de 640 x 480 píxels (VGA), o 0,3 megapíxels. A més dels controls de gravació manual, temporitzadors també es poden configurar per fer una foto 3 o 10 segons després de prémer el botó Prendre, o per mitjà d'ordres de veu com ara dir "OK!" quan es vol fer una foto.

Té hi ha diverses opcions i filtres disponibles hora de fer fotos o gravar vídeo. A més del mode Normal, hi ha una opció de poca llum (Low-Light), la qual és útil per fer fotos i gravar vídeo en condicions de poca il·luminació. Altres opcions inclouen controls manuals, com ara el tipus de color (normal, blanc i negre, sèpia, negatiu o solarització), la nitidesa, el contrast i la brillantor. Filtres de fotos en temps real també estan disponibles, incloent l'espurna, que afegeix estrelles en moviment a la foto, són el que afegeix una llum brillant de somni a la foto, del forat d'agulla, que il·lumina el centre de la pantalla i enfosqueix les vores i misteri, que afegeix un acabat a l'atzar a la foto. També hi ha una manera especial anomenat Merge, que pren una foto de l'usuari davant la càmera interior i es fon la foto d'algú davant de les càmeres exteriors.

El 7 de desembre de 2011, una actualització del sistema afegeix la possibilitat de gravar vídeo en 3D al llarg de tres opcions de gravació especials. Interval Shot permet que les seqüències d'imatges per ser registrats en intervals curts cronometrat per crear fotografies a intervals; Frame Pick edita imatges fixes per crear l'animació stop motion; i Muntatge; Permet a l'usuari pausar i reprendre la gravació sense problemes. No obstant això, totes les maneres de gravació només permeten un únic vídeo a ser de fins a 10 minuts de durada.

Nintendo 3DS Sound Nintendo 3DS Sound és un reproductor de música integrat i gravadora de so. Còdecs d'àudio suportats inclouen àudio MP3 (amb extensions .mp3 de nom d'arxiu) i àudio AAC (amb extensió .mp4, .m4a i .3gp). Els arxius d'àudio es poden reproduir des d'una targeta SD, amb visualitzacions que apareixen a la pantalla superior. Es pot reproduir música mentre la consola està en mode d'espera, utilitzant el connector d'auriculars del sistema. En utilitzar els auriculars amb un micròfon i un botó inclòs, el botó pot alternar reproduir / pausa i saltar a la pista següent i anterior. Un conjunt d'opcions de manipulació de so estan disponibles, així com diversos filtres d'àudio. Enregistraments de veu de deu segons també poden ser gravades, editades amb filtres d'àudio i manipulin mitjançant la modulació i la velocitat de reproducció. Els usuaris poden guardar i modificar fins a 18 d'elles en la memòria de la consola i fins a 180 en una targeta SD. Aquests poden ser utilitzats en tot altres aplicacions com Swapnote.

Hi ha una funció StreetPass integrada en l'aplicació. Quan l'usuari d'algú StreetPass que també té StreetPass activat, dues dades de la cançó d'intercanvi als usuaris com ara el nom de la cançó, artista, àlbum, any de llançament, i el nombre de vegades que s'ha jugat. També hi ha una taula de compatibilitat entre els usuaris involucrats. Depenent de la quantitat de cançons que s'aparellen de dos usuaris una puntuació mostrarà, que van des de 0% a 100%, essent aquest últim el més compatible.

Mii Maker miniatura|esquerra|Logo de l'editor de Mii. Mii Maker, anomenat al Japó (Editor de Mii) és l'aplicació que permet la creació de Mii a la Nintendo 3DS. Es poden emmagatzemar fins a 100 Miis. També és possible veure altres personatges Mii de programes de televisió i jocs. El Mii Maker instal·lat a la consola Nintendo 3DS pot utilitzar el reconeixement facial per generar un Mii, que selecciona els trets facials basats en una fotografia de la cara d'una persona presa amb les càmeres del sistema.

StreetPass Mii Plaza StreetPass Mii Plaza (Plaza Mii de StreetPass) reuneix els avatars (Miis) de les consoles físicament properes. Conté els mini-jocs En busca del cromo i Rescate Mii). Amb l'actualització del 7 de desembre de 2011 també es pot jugar amb una seqüela de Rescate Mii i nous cromos.

Face Raiders Face Raiders (Atrapacaras) és un mini-joc curiós on s'hi ha de “pegar” a les cares que surten.

Activity Log Activity Log (Registro de Actividad) és una aplicació de sistema que rastreja el joc-joc i manté un registre de quins jocs s'han jugat i per quant temps, així com l'activitat física, com comptar cada pas que es dona en l'exercici d'una Nintendo 3DS utilitzant la seva base de podòmetre. La característica encoratja a caminar cada dia amb el sistema per guanyar monedes de joc, en un màxim de 10 cada dia, a raó d'un per cada 100 passos, un total de 300 monedes. Monedes de joc a continuació, es poden utilitzar amb els jocs compatibles i aplicacions per adquirir contingut especial i una varietat d'altres beneficis. http://www.modojo.com/features/how_to_spend_nintendo_3ds_play_coins

AR Games miniatura|Jugant a jocs de realitat augmentada en l'E³ 2010. Jocs de realitat augmentada (RA) (conté els minijocs Arquer, Minibillar, Pesca, Grafiti, ¡Paparazzi!, Fotografia Mii i d'altres que es poden aconseguir mitjançant les Monedes de joc. Alguns dels jocs requereixen les targetes RA incloses amb ala consola.

Nintendo eShop

Nintendo eShop és la botiga online on hi ha jocs descarregables: aplicacions DSiWare, programes descarregables únics per a Nintendo 3DS, demos gratuïtes (a partir del desembre amb l'actualització 3.0.0-5) i jocs d'altres consoles (Virtual Console). Amb l'actualització del 7 de desembre de 2011, s'hi afegeixen més opcions, i amb la del 25 d'abril de 2012 canvia de disseny.

Aplicacions oficials descarregables Nintendo Letter Box

Nintendo Video

Nintendo Anime Channel

Altres aplicacions Health & Safety Information (Información sobre salud y seguridad) Executador de la Nintendo 3DS/DS Game Card Descàrrega DS Nintendo Zone Save Data Transfer Tool YouTube (descarregable, només Amèrica del Nord i Europa) Netflix (descarregable, només Amèrica del Nord, el Regne Unit i Irlanda) Hulu Plus (descarregable, només als Estats Units i al Japó) Eurosport (descarregable, només a Europa i Australàsia fins al desembre de 2012) Flipnote Studio 3D (només al Japó en les consoles New Nintendo 3DS (XL))

Aplicacions multitasca miniatura|esquerra|L'Internet Browser de Nintendo 3DS, mostrant la Viquipèdia.