va ser un paleontòleg gallec. La seva principal aportació a la paleoantropologia va ser l'inici de l'estudi dels jaciments plistocens de la serra d'Atapuerca, les excavacions de la qual va dirigir des de 1978 fins a la seva jubilació, el 1990. Va ser Premi Príncep d'Astúries i acadèmic numerari de la Reial Acadèmia de Ciències Exactes, Físiques i Naturals.
Biografia miniatura|Museu d'Ambrona, ideat per Aguirre el 1963, va ser el primer museu amb exposició in situ de restes fòssils a Europa (restes de l'elefant Palaeoloxodon antiquus). Va estudiar Humanitats i Filosofia en la Facultat Eclesiàstica d'Alcalá (1944-1950), Llicenciat en Ciències Naturals per la Universitat de Madrid (1955) i en teologia per la de Granada (1959). Va pertànyer a la Companyia de Jesús. Doctor en Ciències Biològiques (1966), amb una tesi sobri elefants extints dirigida per Miquel Crusafont i Pairó.Sequeiros (2010) «Emiliano Aguirre y Las Higueruelas». A: Sequeiros (coord.) Elefantes, tortugas y volcanes. Alcolea de Calatrava y sus fósiles: 205-242
Col·labora com a paleontòleg en les excavacions dels jaciments paleolítics de Torralba i Ambrona (Sòria, 1961-1963). Director de les excavacions al jaciment paleolític de Gándaras de Budiño (O Porriño, 1963).
Professor ajudant de Geologia a l'Escola Tècnica Superior d'Enginyers de Camins, Canals i Ports, Madrid (1965-66); professor visitant d'Antropologia en la Pontifícia Universitat Catòlica del Perú i en la Universitat Nacional Major de San Marcos de Lima (1967-1968); encarregat de càtedra de Biologia per a Medicina, Universitat Autònoma de Madrid (1969-70); professor agregat de Paleontologia de Vertebrats i Humana, Universitat Complutense de Madrid (1971-74); i catedràtic de Paleontologia a les universitats de Saragossa (1977-79) i Complutense de Madrid (1982-1984). Professor de Recerca del CSIC (1984-1990) i doctor vinculat al CSIC des de la seva jubilació. Director interí del Museu Nacional de Ciències Naturals (1985-86).
És destacable, entre els seus treballs sobre el Quaternari i la seva col·laboració amb la Unió Internacional per a la Investigació del Quaternari (INQUA), la publicació, al costat de Giancarlo Pasini el 1985, de l'estratotip de la base de l'estatge Calabrià, que en aquells dies es considerava l'inici del sistema i període Quaternari en l'escala temporal geològica.Aguirre, E. y Pasini, G. (1985). «The Pliocene-Pleistocene Boundary». Episodes, 8(2): 116–120
Al llarg de la seva carrera científica ha dirigit les tesis doctorals de prop de trenta investigadors en paleontologia de vertebrats, micropaleontologia, antropologia, geomorfologia, paleoecologia del Neògen, del Quaternari i paleoecologia humana.
La seva aportació a la difusió de la teoria evolutiva a Espanya El 1962 Aguirre va publicar la seva conferència «Problemática paleontológica y selección natural», en la qual manifesta clarament la seva defensa de la teoria sintètica de l'evolució, enfront dels plantejaments dirigistas teistes a l'ús en l'època.
El 1966 es va publicar el llibre La Evolución per l'Editorial Católica, en la seva col·lecció Biblioteca de Autores Cristianos («B. A. C.»), que va suposar una autèntica fita per a la difusió social de les idees evolucionistes a Espanya. L'obra estava codirigida pels paleontòlegs Miquel Crusafont, Bermudo Meléndez i Emiliano Aguirre, i comptava amb articles que abastaven l'evolució biològica des de molt diferents enfocaments, incloent les idees dirigistes ortogenètiques de Crusafont, però, sobretot, exposava la teoria sintètica, assumida per la majoria dels autors, entre els quals es trobaven Ramon Margalef i López, Antonio Prevosti, Salustio i Rafael Alvarado, Francisco Bernis o José Antonio Valverde. Segons el paleontòleg José Luis Sanz García (2006), refirint-se a aquesta obra: «A la paleontologia evolutiva espanyola li va costar una mica més que a la resta de les disciplines evolucionistes entrar en la modernitat. Finalment ho va fer, de la mà d'Emiliano Aguirre».
Divulgació i conservació del patrimoni paleontològic El 1963 va idear i va dissenyar el Museu d'Ambrona (Ambrona, Soria), que va ser el primer museu amb exposició in situ de restes fòssils a Europa. Conté els fòssils d'elefants en el mateix lloc de la troballa, tal com es van trobar en l'excavació.
El 1972 va promoure l'adquisició de la finca en la qual es troba el jaciment paleontològic de Cerro Pelado (Layna, Sòria) per part de l'ICONA, creant-se la primera reserva paleontològica d'Espanya. Cerro Pelado és un jaciment d'origen càrstic amb restes de mamífers del Pliocè.
Mèrits i premis miniatura|Entrega de la «Placa del CSIC» pel seu president, Emilio Lora-Tamayo, el 5 de març de 2015. 1955 Accèsit al Premi Nacional de finalització de Carrera 1997 Premi Príncep d'Astúries a la Recerca Científica i Tecnològica 1997 Medalla García-Cabrerizo a la Innovació en Ciència i Tecnologia. 1998 Premi de Castella i Lleó en Ciències Socials i Humanitats 17/12/1999 Se li concedeix la Medalla d'Or al Mèrit en el TreballBOE 2000 Doctor honoris causa per la Universitat de La Corunya. 24/05/2000 Acadèmic numerari de la Reial Acadèmia de Ciències Exactes, Físiques i Naturals 20/04/2007 Doctor honoris causa per la Universitat de Burgos. 2009 «Arquer d'Or» de l'Associació Espanyola per a l'Estudi del Quaternari (AEQUA). 14/07/2011 Premi Evolución de la Fundació Atapuerca en les seves dues categories: «Valors humans» i «tasca científica».El Norte de Castilla (14 de juliol de 2011)Emiliano Aguirre, padre de Atapuerca, recibe los "Premios Evolución".
Taxons dedicats (Tots extints, basats en llurs respectives restes fòsils) Cricetodon (Hispanomys) aguirrei, (Sesé 1977).Sesé, C. (1977): «Los Cricétidos (Rodentia, Mammalia) de las fisuras del Mioceno medio de Escobosa de Calatañazor(Soria, España)». Trabajos N/Q, 8: 127-180 Un cricetí. Hipparion concudense aguirrei, Sondaar 1961.Sondaar, P. (1961). «Les Hipparion de l' Aragón mérdional». Estudios Geológicos, 17: 209-305 Un èquid. Paracamelus aguirrei, Morales, 1984.Morales, J. (1984). Venta del Moro: su macrofauna de mamíferos y biostratigrafía continental del Mioceno terminal mediterráneo. Editorial Universidad Complutense, Madrid, 340 pp. Un camèlid. Pseudodryomys aguirrei, Adrover 1978.Adrover, R. (1978): «Les rongeurs et lagomorphes (Mammalia) du Miocene inferieur continental de Navarrete del Rio (Province de Teruel, Espagne)». Documents des Laboratoires de Geologie de la Faculte des Sciences de Lyon, 72: 3-48 Un glírid.
Altres homenatges 2004 Quatre volums monogràfics en homenatge a Emiliano Aguirre (liber amicorum), corresponents al número 4 de la revista Zona Arqueológica, editada pel Museu Arqueològic Regional de la Comunitat de Madrid.Baquedano, E. y Rubio Jara, S. (coords.) (2004) Miscelanea en Homenaje a Emiliano Aguirre . Zona Arqueológica, 4 2009 «El linaje de Emiliano», homenatge a Dinópolis. 2011 L'ajuntament de Burgos li dedica el carrer «Emiliano Aguirre (paleontólogo)».Anónimo (2011) «El Ayuntamiento rinde homenaje a Emiliano Aguirre dedicándole una calle en el Complejo de la Evolución » Noticias de Burgos, 26 d'abril de 2011. 2011 Exposició «Homenaje a Emiliano Aguirre» a la Fundació Atapuerca, posteriorment traslladada al centre de visitants dels jaciments d'Atapuerca.Periódico de Atapuerca (2011) «La Fundación Atapuerca rinde homenaje al padre del proyecto Atapuerca, Emiliano Aguirre». El Periódico de Atapuerca, 1: 12 2015 Exposició temporal monogràfica al Museu Nacional de Ciències Naturals: «Emiliano Aguirre. Una vida excepcional dedicada a las Ciencias Naturales».Museo Nacional de Ciencias Naturales (2015) «Emiliano Aguirre. Una vida excepcional dedicada a las Ciencias Naturales». (Consultat el 5 de març de 2015)
Publicacions Llibres Crusafont, M., Meléndez, B. y Aguirre, E. (Eds.) (1966). La evolución. La Editorial Católica, S.A. Biblioteca de Autores Cristianos [B.A.C.]. Sección VI (Filosofía), 258. 1014 págs. Madrid (4.ª ed., 1986) Aguirre, E., Carbonell, E. y Bermúdez de Castro, J. M. (Eds.) (1987). El Hombre fósil de Ibeas y el Pleistoceno de la Sierra de Atapuerca. Junta de Castilla y León. Valladolid Aguirre, E. (Coord.) (1989). Paleontología. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Nuevas tendencias, 10. 433 págs. Madrid Aguirre, E. y García Barreno, P. (2000). Evolución humana, debates actuales y vías abiertas. Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Madrid Aguirre, E. (2008). Homo hispánico. Espasa Calpe, Espasa Forum. 389 págs. Madrid
Articles científics (Seleccionats pel seu interès intrínsec o històric) Meléndez, B. y Aguirre, E. (1958): «Hallazgo de Elephas en la terraza media del río Manzanares (Villaverde, Madrid)». Las Ciencias, 23(4): 597-605 Howell, FC; Butzer, KW y Aguirre, E. (1961): «Noticia preliminar sobre el emplazamiento acheulense de Torralba (Soria)». Excavaciones arqueológicas en España, 10: 3-38 Aguirre, E. (1962): «Problemática paleontológica y selección natural». Bol. R. Soc. Esp. Hist. Nat. (Biol.), 60: 177–192 Aguirre, E. y de la Macorra, L. (1964): «Sobre las formaciones supraorbitales en fósiles humanos». Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural (Sección Biológica), 62: 73–83 Aguirre, E. (1968): «Une interprétation biomécanique de l'evolution de la région glabellaire dans l'anthropogenèse». En: Guinzberg, V.V. (Ed.) Seventh International Congress of Anthropological and Ethnological Sciences. Naúka. Moscú Aguirre, E. (1969): «Revisión sistemática de los Elephantidae por su morfología y morfometría dentaria» [I y II].Estudios Geológicos, 24: 109-117 y 25: 123-177 Aguirre, E. (1969): «Evolutionary History of the Elephant». Science, 164(3886): 1366-1376 Aguirre, E. y Fuentes, C. (1969): «Los vertebrados fósiles de Torralba y Ambrona». En: Études sur le Quaternaire dans le monde. VIII Congrés INQUA: 433-437 Crusafont, M. y Aguirre, E. (1973): «El Arenoso (Carrascosa del Campo, Cuenca): Primera fauna española de vertebrados del Estampiense superior». Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural. Sección Geológica, 71: 21-28 Aguirre, E. y Leakey, P. (1974): «Nakali: nueva fauna de Hipparion del Rift Valley de Kenya». Estudios Geológicos, 30: 219–227 Aguirre, E. y Soto, E. (1974): «Nuevo fósil de Cercopitécido en el Pleistoceno inferior de La Puebla de Valverde (Teruel)». Estudios Geológicos, 30: 213-217 Aguirre, E.; Basabe, J.M. y Torres, T. de (1976): «Los fósiles humanos de Atapuerca (Burgos): nota preliminar». Zephyrus, 26-27: 489-511 Aguirre, E.; Díaz Molina, M. y Pérez González, A. (1976): «Datos paleomastológicos y fases tectónicas en el Neógeno de la Meseta Central Española». Trabajos del Neógeno y Cuaternario, 6: 7-29 Aguirre, E. y Lumley, M.A. de (1977): «Fossil man from Atapuerca, Spain: their bearing on human evolution in the Middle Pleistocene». Journal of Human Evolution, 6: 681 Aguirre, E. (1979): «Situación estratigráfica y geocronológica de los primitivos Homínidos fósiles de África». Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural. (Sección Geológica), 77: 17-22 Aguirre, E.; Lumley, M.A.; Basabe, J.M. y Botella, M. (1980): «Affinities between the mandibles from Atapuerca and L'Arago and some East African fossil Hominids». En: Leakey, R.E. y Ogot, B.A. (Eds.) Procedings of the 8th Panafrican Congress of Prehistory and Quaternary Studies, Nairobi, 5 to 10 Sept. 1977. ILLMIAP: 171-174 Aguirre, E.; Alberdi, M.T.; Jiménez, E.; Martín, C.; Morales, J.; Sesé, C. y Soria, D. (1982): «Torrijos: nueva fauna con Hispanotherium de la cuenca media del Tajo». Acta Geológica Hispanica, 17(1-2): 39-61
Aguirre, E. (1988): «Crónica y desarrollo de la Paleontología Humana». En: VV.AA. Historia de la Paleontología. Madrid: Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Historia de la Ciencia: 89-119