Junta de Valladolid és la denominació habitual del cèlebre debat que va tenir lloc en 1550 i 1551 al Col·legi de Sant Gregori de Valladolid, dins de l'anomenada polèmica dels naturals (indígenes americans o indis), i que va enfrontar dues formes antagòniques de concebre la conquesta d'Amèrica, interpretades romànticament com la dels defensors i la dels enemics dels indis: la primera, representada per Bartolomé de las Casas, considerat avui pioner de la lluita pels drets humans; i la segona, per Juan Ginés de Sepúlveda, qui defensava el dret i la conveniència del domini dels espanyols sobre els indígenes, als qui a més concep com naturalment inferiors. No va haver-hi una resolució final, encara que va anar l'inici d'un canvi que es va traduir en més drets per als indígenes.Crow, John A. The Epic of Latin America, 4th ed. University of California Press, Berkeley: 1992.
No deu confondre's aquesta Junta amb la Conferència de Valladolid de 1527 sobre l'erasmisme.
Precedents La Junta de Valladolid també va ser part de la més extensa polèmica sobre els justs títols del domini de la Corona de Castella sobre Amèrica, que es remunta a la fi del , amb les Butlles Alexandrines i el Tractat de Tordesillas acordat amb el Regne de Portugal, i als recels amb què tots dos documents van ser rebuts en altres corts europees. Es diu que el rei Francesc I de França va demanar retòricament que li mostressin la clàusula del testament d'Adán en què tals documents es basaven i que donés dret a repartir el món entre castellans i portuguesos.
La consideració necessària dels estudis i d'una reflexió pública efectuada per aquesta Junta va ser excepcional, en comparació de qualsevol altre procés històric de formació d'un imperi i va estar en sintonia amb la preocupació i la gran importància que, des del començament mateix del descobriment d'Amèrica, la Monarquia Catòlica va sentir sempre de mantenir sota un control paternalista als naturals i que va produir i va seguir produint el gran corpus legislatiu de les Lleis d'Índies.
El precedent en la generació anterior a la Junta de Valladolid va ser la Junta de Burgos de 1512, que havia assentat jurídicament el dret a fer la guerra als indígenes que es resistissin a la evangelització (per garantir-ho es va establir la lectura d'un famós Requeriment), buscant un equilibri entre el predomini social dels colonitzadors espanyols i la protecció a l'indi, que es va voler aconseguir amb la encomienda. Resultat de tot això van ser les Lleis de Burgos de 1512.
Al , Cap a 1550 es va suscitar a Valladolid, Espanya, una intensa polèmica entorn dels següents temes: els drets naturals dels habitants del Nou Món, les justes causes per fer la guerra als indis i la legitimitat de la conquesta. Aquesta polèmica estava inserida en el marc d'una llarga controvèrsia entre els quals, d'una banda, eren partidaris de la llibertat absoluta dels indis i d'una entrada pacífica a les noves terres i els que, d'altra banda, recolzaven el manteniment de l'esclavitud i el domini despòtic i propiciaven l'ocupació de la força contra els indis del Nou Món. Si l'hi analitza des d'una perspectiva antropològic-filosòfica, s'adverteix que el que estava en dubte era la dignitat humana dels habitants del Nou Món. Fra Bartolomé de las Casas i Juan Ginés de Sepúlveda són els representants de les dues postures que van disputar per la humanitat de l'indi.
Plantejament del debat En la Junta de Valladolid la discussió va partir de bases teològiques, considerades superiors en aquest context a les de qualsevol altre saber (philosophia est ancilla teologiae).
No va discórrer entorn de si els indígenes d'Amèrica eren éssers humans amb ànima o salvatges susceptibles de ser domesticats com a animals. Tal cosa hagués estat considerada herética, i ja estava resolta per la butlla Sublimis Deus, de Pau III (1537). Aquesta butlla va ser una contundent resposta del papat a opinions que posaven en dubte la humanitat dels naturals. La butlla, incitada per dues dominics espanyols, no va pretendre definir la racionalitat de l'indígena, sinó que, suposant aquesta racionalitat en tant que els indis són homes, va declarar el seu dret a la llibertat i la propietat, així com el dret a abraçar el cristianisme, que havia de ser-los predicat pacíficament.
El propòsit declarat de la discussió en la Junta de Valladolid era oferir una base teològica i de dret per decidir com havia de procedir-se en els descobriments, conquestes i població de les Índies.
Participants En la Junta de Valladolid de 1550 els principals contendents dialèctics van ser fra Bartolomé de las Casas i Juan Ginés de Sepúlveda.
Van participar, entre d'altres, Domingo de Soto, Bartolomé de Carranza i Melchor Cano (que per a la segona part del debat va haver de ser substituït per Pedro de Lagasca, doncs ell va partir al Concili de Trento).
No és casualitat que tots ells fossin dominics: l'Ordre de Predicadores controlava les universitats espanyoles a través de les càtedres i els col·legis.
Diversos en aquesta Junta (Soto i Cano) eren deixebles de Francisco de Vitoria, mort quatre anys abans, el 1546. Vitoria va encapçalar l'escola de Salamanca (per desenvolupar-se a la Universitat de Salamanca).
Carranza ensenyava en el mateix Valladolid, i Sepúlveda, que havia estudiat a Alcalá de Henares i Bolonya i s'havia destacat pel seu antierasmisme, no era docent universitari, sinó preceptor del propi príncep Felip. Va ser la seva oposició a les Lleis Noves d'Índies de 1542 (la revocació de les quals havien aconseguit els ordinaris en els diferents virregnats) el que havia provocat el retorn a Espanya de Bartolomé de las Casas, qui era Bisbe de Chiapas. Va començar una polèmica intel·lectual entre els dos: Sepúlveda va publicar el seu De justis belli causis apud indis i Las Casas va replicar amb les seves Treinta proposiciones muy jurídicas. La Junta havia de resoldre el conflicte.
Sepúlveda aportava un treball titulat Democrates alter, en el qual sostenia que els indis, considerats com a éssers inferiors, havien de quedar sotmesos als espanyols, i ho va completar amb més argumentació escrita en el mateix sentit. L'Apologètica de las Casas va ser el text clau en les discussions. Els treballs es van desenvolupar entre els mesos d'agost i setembre de 1550. La Junta va quedar inconclusa i per això va tornar a convocar-se l'any següent. En la disputa no va haver-hi resolució final. Els dos exponents es van considerar vencedors.
Transcendència miniatura|Sacrifici asteca, Còdex Mendoza. Arguments per a ambdues parts del deute: costums antinaturals i arquitectura civilitzada. El debat de Valladolid va servir per actualitzar les Lleis d'Índies i crear la figura del "protector d'indis".
Les conquestes es van frenar, regulant-se de tal forma que, en teoria, només als religiosos els estava permès avançar en territoris verges. Una vegada que haguessin convingut amb la població indígena les bases de l'assentament, s'endinsarien més tard les forces militars, seguides pels civils. Les ordenances de Felip II (1573) van arribar a prohibir fer noves "conquestes".