El riu San Joaquin és el més llarg del centre de Califòrnia, als Estats Units. El riu neix a les elevacions de Sierra Nevada, i flueix recorrent 589 km de la rica regió agrícola del nord de la Vall de San Joaquin, abans d'arribar a la badia de Suisun, a la badia de San Francisco, i finalment a l'oceà Pacífic. Es tracta d'un recurs d'aigua de regadiu important així com d'un corredor de vida salvatge. El riu San Joaquin es troba entre els rius de Califòrnia amb més preses i canalitzacions.

La humanitat ha habitat la Vall de San Joaquin des de fa més de 8.000 anys, sent durant molt de temps un dels principals centres de població de la Califòrnia precolombina. A partir de finals del , les successives onades d'exploradors i posteriorment de colons, principalment espanyols i americans, van emigrar a la conca del riu San Joaquin, en primer lloc explotant i posteriorment expulsant a les tribus indígenes. Els nouvinguts es van apropiar ràpidament dels rics recursos naturals i hidrològics de la conca per al seu ús en granges i ciutats, però es van veure assetjats per les inundacions i les sequeres. A causa de la topografia uniforme de la Vall de San Joaquin, les inundacions havien transformat gran part del tram baix del riu en un mar interior enorme.

Al , es van construir molts dics i preses al riu San Joaquin i tots els seus principals afluents. Aquestes obres d'enginyeria van canviar la naturalesa fluctuant del riu per sempre, i van separar la conca del llac Tulare de la resta de la conca del riu San Joaquin. Un cop habitada per centenars de milers de salmons i milions d'aus migratòries, en l'actualitat el riu està subjecte a l'enorme subministrament d'aigua, la navegació i la treballs de regulació de diverses agències federals, que han reduït dràsticament el cabal del riu des de principis del .

Nom El riu va ser tenir molts noms diferents; en diferents moments algunes parts del riu també va ser conegudes amb diferents noms. El nom actual del riu data d'entre 1805 i 1808, quan l'explorador espanyol Gabriel Moraga explorava l'est de la Misión de San José per tal de trobar possibles llocs per a una missió. Moraga li va donar el nom de Sant Joaquim, espòs de Santa Anna i el pare de Maria, mare de Jesús, a un afluent del riu (no se sap quin). El nom que Moraga va triar es va aplicar posteriorment a tot el riu, sent d'ús comú cap a 1810.

El 1827, Jedediah Smith va escriure en el seu diari que un grup desconegut de natius americans anomenaven al riu el Peticutry, un nom llistat com a variant oficial en el Sistema d'Informació de Noms Geogràfics del Servei Geològic dels Estats Units.

En la llengua Mono, el riu s'anomena typici h huu, que vol dir "riu gran o important".Sydney M. Lamb. 1957. Mono Grammar. University of California. Berkeley PhD dissertation..pdf

Un nom anterior del tram baix del riu San Joaquin va ser el de Rio de San Francisco, que era el nom que el Pare Joan Crespí, membre de l'expedició de Pere Fages del 1772, li va donar al riu que es veia al entrar al delta dels rius Sacramento i San Joaquin des del sud. Un altre nom inicial va ser el de Rio de San Juan Bautista, encara que l'origen es desconeix.

Curs miniatura|Pas de la California State Route 99 i el ferrocarril de la Union Pacific per sobre del riu, al llarg de la frontera nord de Fresno. També es poden veure es primeres etapes de la construcció del Tren d'Alta Velocitat de Califòrnia i del Viaducte del riu San Joaquin.L'origen del riu es troba a l'Àrea Silvestre Ansel Adams, al centre-sud de Sierra Nevada, a la confluència de dos afluents principals: la Forquilla Central, que neix al llac Thousand Island (en català, "llac de les mil illes") a gairebé 3.000 metres sobre el nivell del mar, i la més petita Forquilla Nord, que neix 29 quilòmetres al sud-est del Mont Lyell. La Forquilla central es considera generalment el corrent principal. La Forquilla Sud, que neix al llac Martha al Parc Nacional del Canyó dels Reis i passa a través del llac Florence, s'hi uneix poc després. Des de les capçaleres de les muntanyes, el riu San Joaquin es dirigeix generalment al sud cap als peus de les muntanyes de Sierra Nevada, travessant quatres preses hidroelèctriques. Finalment deixa enrere les muntanyes al que va ser la ciutat de Millerton, que actualment es troba sota les aigües del llac Millerton des de la construcció de la presa de Friant.

Passada la presa de Friant, el riu San Joaquin es dirigeix cap a l'oest-sud-oest entrant a la Vall de San Joaquin, la part sud de la Vall Central de Califòrnia, passant pel nord de Fresno. Amb gran part de la seva aigua desviada a canalitzacions, el riu sovint està sec en un tram d'uns 240 quilòmetres. Aquesta manca d'aigua al riu comença al quilòmetre 99 entre la presa de Friant i Mendota, on només es alimentat pel Canal Delta-Mendota i el Fresno Slough, quan el riu Kings pateix inundacions. Des de Mendota, el riu San Joaquin vira cap al nord-oest, passant a través de molts canal, alguns d'ells natural i alguns altres fet per l'home. Al nord-est de Dos Palos, se li uneixen els rius Fresno i Chowchilla quan es troben a l'estació d'inundacions. Vuitanta quilòmetres riu avall, se li uneix el riu Merced.

La major part del riu passa a través d'àrees agrícoles tranquil·les, i a conseqüència del seu curs sinuós aconsegueix evitar la majoria de les ciutats i àrees urbanes de la Vall de San Joaquin. A uns 18 quilòmetres a l'oest de Modesto, el riu San Joaquin s'uneix amb el seu afluent més llarg, el riu Tuolumne. Prop de Vernalis, s'uneix amb un altre dels seus afluents principals, el riu Stanislaus. Tot seguit, el riu passa entre Manteca i Tracy, on un parell de defluents, el riu Old i el riu Middle, se separen del corrent principal just per sobre del delta dels rius Sacramento i San Joaquin, un enorme delta fluvial invertit format pels sediments dels rius Sacramento i San Joaquin.

A uns 64 quilòmetres de la desembocadura, el riu passa pel costat oest d'Stockton, una de les ciutats més grans de la seva conca. Des d'allà fins a la desembocadura, el riu es dragat com a part d'un projecte de navegació, el Canal de Navegació d'Aigües Profundes d'Stockton. Més enllà del cap de la marea, enmig de les moltes illes del delta, se li uneixen dos afluents més: els rius Calaveras i Mokelumne. El riu creix fins a gairebé 1.500 metres d'amplada abans d'unir-se al riu Sacramento, a Antioch, formant l'inici de la badia de Suisun. Les aigües combinades dels dos rius flueixen a continuació cap a l'oest a través de l'estret de Carquinez i la badia de San Francisco, desembocant finalment en el Pacífic.

Descàrrega La descàrrega anual natural del riu San Joaquin abans del desenvolupament agrícola es creu que devia ser d'entre 9.124 i 11.960 metres cúbics, el qual representa aproximadament un flux d'entre 240 i 310 m³/s. Algunes estimacions anteriors parlen d'una descàrrega de fins a 17.262 metres cúbics i un flux de 550 m³/s. Els nombrosos afluents del riu San Joaquin, el riu Fresno, el riu Chowchilla, el riu Merced, el riu Tuolumne, el Mariposa Creek, el riu Calaveras, el riu Mokelumne i molts altres, fluïen lliurement a través de planes d'inundació al·luvials per unir-se al riu. Tots els afluents principals del riu s'originen a Sierra Nevada. La majoria de d'afluents que neixen a la Serralada Litoral són intermitents, i contribueixen escassament al flux del riu San Joaquin. Durant l'hivern, la primavera i principis de l'estiu, les tempestes i la neu fossa alimenten el riu. El 1914, abans de la construcció de les preses més grans i el canals de rec, el Departament d'Enginyeria de Califòrnia va estimar el màxim de flux del riu en 9.200 m³/s. A finals d'estiu i la tardor, queda poca aigua per reomplir el corrent. Històricament, les filtracions d'aigües subterrànies del llac Tulare van mantenir una flux base important durant els mesos secs. Algunes fonts suggereixen que de més del 50%.

La descàrrega mitjana més alta entre 1941 i 2015 va tenir lloc el 1983 amb una descàrrega de 124,2 m³/s, i una mitjana durant aquell període de 24,9 m³/s. La temperatura de l'aigua varia entre els 7º de febrer de 2006 i els 22,8º del 4 d'octubre de 2014. Aquesta variació es menys extrema que la que té lloc per sota de Vernalis, on la variació va dels 2n. del 26 de desembre de 1987 als 35,5º del 9 d'agost de 1990. El riu generalment acaba per sobre de Mendota Pool. Els fluxos més llargs de la tardor poden fer possible que el riu s'estengui més enllà cap a l'oceà, però durant els últims anys aquest ha estat un fenomen estrany. L'aigua es retinguda en bona part abans de la presa de Friant.

El flux mensual típic del riu San Joaquin prop de la presa de Sack és de 0 m³/s. Hi hagut preocupació per l'infiltració per sota d'aquesta part del riu, de manera que el flux actual està restringit per sota de la presa de Sack.

L'actual cabal anual del riu San Joaquin prop de Vernalis és d'aproximadament 5.548 milions de m³ anuals. Segons l'hidròmetre que té el Servei Geològic a Vernalis, 126 quilòmetres abans de la badia de Suisun i 42 quilòmetres per sota de la confluència amb el riu Stanislaus, la descàrrega mitjana del riu San Joaquin entre 1924 i 2011 va ser de 128,1 m³/s, o 4.068 milions de m³ anuals. El registre anual més elevat va ser de 603 m³/s, amb 18.988 m³ anuals, el 1983, mentre que el més baix va ser de 16.3 m3/s, amb 512,9 m³ anuals, el 1977. El pic màxim de flux va ser de 2.200 m³/s i va tenir lloc el 9 de desembre de 1950, mentre que el pic més baix va ser de 0,85 m³/s i va ser registrat del 10 d'agost de 1961.

Descàrregues mensuals del riu San Joaquin a Vernalis

Descàrrega en m³/sGenerFebrerMarçAbrilMaigJunyJuliolAgostSetembreOctubreNovembreDesembre142194204.520121417873415064.56497

Geologia miniatura|Capçaleres de la Forquilla Central del riu San Joaquin, just per sota del llac Thousand Island. En un context geològic, el riu San Joaquin es pot dividir en dos grans segments: ELs primers 156 quilòmetres, que constitueixen el tram superior, i els 431 quilòmetres restants, que constitueixen el tram mig i el tram baix del riu.

Els 156 quilòmetres per sobre de presa de Friant a Sierra Nevada, es caracteritzen per tractar-se d'un corrent de muntanya rocosa de gradient escarpat. Durant milions d'anys, el tram superior del riu San Joaquin, així com el de la majoria dels seus afluents, ha erosionat enormes quantitats de roca i sediments de les muntanyes. La major part de Sierra Neva està sustentada per roca metamòrfica i roca ígnia granítica que data del Mesozoic (250-66 Ma). A més, molts dels afluents del riu San Joaquin flueixen a través d'una regió de turons de roca volcànica transformada més coneguda com el Cinturó de la Veta Mare d'Or.

Els 431 quilòmetres de tram mig i baix del riu, en clar contrast, es tracten d'un corrent sinuós que flueix sobre uns dipòsits al·luvials del Cenozoic (66 Ma-present), els quals formen el terra pla de la Vall Central. L'enorme volum de sediments subjacents al tram baix del riu San Joaquin varien de 9,7 a 15,3 km de profunditat, amb la distància fins a la roca mare generalment creixent en direcció nord. Abans de l'elevació de la Serralada Litoral de Califòrnia, l'activitat de les marees va dipositar 6.100 metres de sediments als peu de Sierra Nevada, i l'ancestral riu San Joaquin i els seus afluents fluïen cap a l'oest sobre aquesta plana al·luvial en direcció al mar, abocant els seus propis sediments als dipòsits marins. Les forces de compressió al llarg de la frontera entre plaques d'Amèrica del Nord i del Pacífic fa entre 2 i 4 milions d'anys, van donar lloc a l'elevació de la Serralada Litoral, creant una conca tancada que avui en dia es coneix com la Vall Central i donat lloc al curs actual del riu San Joaquin cap al mar.