miniatura|Dispositiu de xifrat d'Enric II, s XVI.
La història de la criptografia es remunta a milers d'anys. Des de les últimes dècades, ha estat la història de la criptografia clàssica - els mètodes de xifrat que fan servir paper i llapis (o potser ajuda mecànica senzilla)-. A principis del , la invenció de màquines mecàniques electromecàniques complexes, com la màquina de rotors Enigma, van proporcionar mètodes de xifrat més sofisticats i eficients, i la posterior introducció de l'electrònica i la computació va permetre el desenvolupament de sistemes més elaborats que continuen tenint una gran complexitat.
L'evolució de la criptografia ha anat de la mà de l'evolució de la criptoanàlisi - l'art de "trencar" els codis i els xifrats. Al principi, el descobriment i aplicació de l'anàlisi de freqüències a la lectura de les comunicacions xifrades canvià el curs de la història. D'aquesta manera, el telegrama Zimmermann va provocar que els Estats Units entressin a la Primera Guerra Mundial, i la lectura dels missatges xifrats de l'Alemanya nazi per part dels Aliats de la Segona Guerra Mundial podria haver escurçat la Segona Guerra Mundial fins a dos anys.
Fins als anys 70, la criptografia segura era un domini gairebé exclusiu dels governs. Fins aleshores, dos esdeveniments la van posar de ple en el domini públic: la creació d'un estàndard de xifrat públic (DES), i la invenció de la criptografia asimètrica.
Criptografia clàssica
miniatura|Una escitala, un dels primers dispositius de xifrat. L'ús més antic conegut de la criptografia es troba en jeroglífics no estàndards tallats en monuments de l'Antic Egipte, ja fa més de 4500 anys. Tanmateix, no hi ha la convicció que siguin intents seriosos de comunicació secreta, sinó que es consideren més aviat una manera de cridar l'atenció; captar l'interès i donar un toc de misteri i diversió a l'espectador lletrat. Són exemples d'altres usos de la criptografia, o d'alguna cosa similar. Més tard, erudits hebreus van fer ús de senzills xifrats per substitució monoalfabètics (com el xifrat Atbash), aproximadament des del 600 al 500 aC.
La criptografia té una llarga tradició en les escriptures religioses que podrien ofendre la cultura dominant o les autoritats polítiques. El cas més famós és el 'Nombre de la bèstia', del llibre de l'Apocalipsi al Nou Testament cristià. El 666 'pot ser una forma criptogràfica (és a dir, xifrada) d'ocultar una referència perillosa'. Molts experts creuen que és una referència oculta l'Imperi Romà, o més probablement al propi emperador Neró (com les seves polítiques persecutòries dels romans), que seria entesa pels iniciats (els que 'tenien la clau de l'enteniment'). No obstant això seria segura o almenys negable (i per tant 'menys' perillosa) si atreia l'atenció de les autoritats. Almenys per a les escriptures ortodoxes cristianes, gairebé tota aquesta necessitat d'ocultació va desaparèixer amb la conversió i adopció del cristianisme com a religió oficial de l'Imperi per part de l'emperador Constantí.
Es diu que els grecs de l'època clàssica coneixien el xifrat (com ara quan els militars espartans utilitzaven el xifrat per transposició de l'escítala). Heròdot ens parla de missatges secrets ocults físicament en taules de fusta darrere la cera, o fins i tot escrits al cap d'un esclau (sota el cabell, per tal que fossin ocults mentre el duia llarg, però llegibles si se'ls tallava). En aquest últim cas, però, estaríem parlant només d'esteganografia (amagar l'existència del missatge), ja que el missatge, un cop coneguda la seva existència, era llegible directament.
Un altre exemple conegut de xifrats grecs és el Quadrat de Polibi, que convertia cada lletra en una parella de números cadascun entre 1 i 5.
D'altra banda, els romans sí que sabien alguna cosa de criptografia amb tota seguretat (per exemple, el xifrat Cèsar i les seves variacions). Hi ha una menció antiga a un llibre sobre criptografia militar romana (especialment la de Juli Cèsar); malauradament, s'ha perdut.
A l'Índia també es coneixia la criptografia. El Kama Sutra la recomana com a tècnica perquè els amants es comuniquessin sense ser descoberts.
Criptografia medieval Al voltant de l'any 1000, va produir-se, probablement, l'anàlisi textual de l'Alcorà, de motivació religiosa, el que va portar a la invenció de la tècnica de l'anàlisi de freqüències per trencar els xifrats per substitució monoalfabètics. Això va comportar l'avenç criptoanalític més important fins a la Segona Guerra Mundial. Essencialment, tots els xifrats van quedar vulnerables a aquesta tècnica criptoanalítica fins a la invenció del xifrat polialfabètic per Leon Battista Alberti (1465). Tanmateix, encara quedaven molts xifrats vulnerables.
La criptografia es va fer encara més important (secretament) a conseqüència de la competició política i la revolució religiosa. Per exemple, a Europa, durant el Renaixement, ciutadans de diversos estats italians, inclosos els Estats Pontificis i l'Església Catòlica, van ser responsables d'una ràpida proliferació de tècniques criptoanalítiques, de les quals molt poques reflectien un enteniment (o tan sols el coneixement) de l'avenç d'Alberti. Els «xifrats avançats», fins i tot després d'Alberti, no eren tan avançats com afirmaven els seus inventors, desenvolupadors i usuaris (i possiblement ells mateixos ho creien); pot ser que aquest sobreoptimisme fos una cosa inherent a la criptografia, ja que des d'aleshores fins avui dia és realment difícil saber com de vulnerable és un sistema. En absència del coneixement, són comunes les conjectures i esperances, com és d'esperar.
La criptografia, la criptoanàlisi i la traïció comesa per agents i missatgers a la conspiració de Babington, durant el regnat de la reina Isabel I d'Anglaterra, van provocar l'execució de Maria, reina dels escocesos. Un missatge xifrat de l'època de l'home de la màscara de ferro (desxifrat poc abans de l'any 1900 per Étienne Bazeries) va donar una certa esperança (no definitiva, lamentablement) sobre el coneixement de la identitat real d'aquest presoner llegendari i desafortunat. La criptografia i la seva mala utilització van estar implicades en la conspiració que va conduir a l'execució de Mata Hari i en la confabulació que va provocar la ridícula condemna i empresonament de Dreyfus, tots dos fets esdevinguts a principis del . Afortunadament, els criptògrafs també van jugar el seu paper per exposar les maquinacions que van provocar els problemes de Dreyfus. Mata Hari, en canvi, va ser afusellada.
Fora de l'Orient Mitjà i Europa, la criptografia va romandre comparativament subdesenvolupada. Al Japó no es va utilitzar la criptografia fins a 1510, i les tècniques avançades no es van donar a conèixer fins a l'obertura del país cap a occident els anys 1860.
Criptografia des de 1800 fins a la Segona Guerra Mundial Tot i que la criptografia té una història llarga i complexa, fins al només es van donar solucions ad hoc per al xifrat i la criptoanàlisi (la ciència que busca debilitats en els criptosistemes). Alguns exemples de la criptoanàlisi són el treball de Charles Babbage durant l'època de la Guerra de Crimea: exemples sobre la criptoanàlisi matemàtica dels xifrats polialfabètics, redescoberts i publicats poc després pel prussià Fiedrich Kasiski. En aquesta època, el coneixement de la criptografia consistia normalment a donar regles generals que s'esbrinaven amb dificultat. Vegeu, per exemple, els escrits d'Auguste Kerckhoffs sobre criptografia a finals del . L'any 1840, Edgar Allan Poe va desenvolupar mètodes sistemàtics per resoldre xifrats. Va col·locar, concretament, un anunci de les seves capacitats en el diari de Filadèlfia Alexander's Weekly (Express) Messenger, convidant a l'enviament de xifrat s, que ell procedia a resoldre. Durant uns mesos, el seu èxit va generar excitació entre el públic. Més tard, va escriure un assaig sobre els mètodes criptogràfics que van resultar útils per a desxifrar els codis alemanys empleats durant la Primera Guerra Mundial.
Van proliferar mètodes matemàtics a l'època just abans de la Segona Guerra Mundial. Fou William F. Friedman qui va desenvolupar l'aplicació de les tècniques estadístiques al desenvolupament de la criptoanàlisi i del xifrat, i el trencament inicial de Marian Rejewski de la versió de l'Exèrcit Alemany del sistema Enigma. Tant la criptografia com la criptoanàlisi s'han fet molt més matemàtiques des de la Segona Guerra Mundial. Tot i així, ha calgut la popularització dels ordinadors i d'Internet com a mitjà de comunicació, per portar la criptografia efectiva a l'ús comú per algú que no sigui un govern nacional o organitzacios de càrrecs similars.
Criptografia de la Segona Guerra Mundial miniatura|La màquina Enigma va ser utilitzada extensament per l'Alemanya nazi, la criptoanàlisi aplicada pels aliats va proporcionar una vital intel·ligència Ultra. A la Segona Guerra Mundial, les màquines de xifrat mecàniques i electromecàniques s'utilitzaven sovint, encara alguns llocs es van continuar emprant els sistemes manuals. Durant aquest període, es van fer grans avenços en les tècniques de trencament de xifrats i tots ells es van mantenir en secret. A poc a poc, es van desxifrar els Files nord-americans i se'n van publicar memòries i articles. D'aquesta manera es va posar punt final a cinquanta anys de secret britànic.
Els alemanys van fer un gran ús de diverses variants d'una màquina de rotors electromecànica anomenada Enigma. El matemàtic Marian Rejewski, de l'Oficina de Xifrat polonesa, va reconstruir el desembre de 1932 la màquina Enigma de l'exèrcit alemany, i va utilitzar la matemàtica i la limitada documentació proporcionada pel capità Gustave Bertrand, de la intel·ligència militar francès. Aquest va ser l'avenç més gran de la criptoanàlisi en més de mil anys. Rejewsky i els seus companys de l'Oficina de Xifrat, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski, van continuar esbrinant l'Enigma i seguint el ritme de l'evolució dels components de la màquina i els procediments de xifrat. A mesura que els recursos financers de Polònia s'anaven deteriorant pels canvis introduïts pels alemanys, i a mesura que s'acostava l'esclat la guerra, l'Oficina de Xifrat, sota les ordres de l'estat major polonès, van presentar a representants de la intel·ligència francesa i britànica els secrets del desxiframent de la màquina Enigma, el 25 de juliol de 1939, a Varsòvia.
Poc després que esclatés la Segona Guerra Mundial l'1 de setembre de 1939, el personal clau de l'Oficina de Xifrat va ser evacuat cap al sud-est. El 17 de setembre, després de l'entrada de la Unió Soviètica a l'est de Polònia, van creuar Romania. Des d'allà van arribar a París, a França; a l'estació d'intel·ligència polonesa-francesa PC Bruno (prop de París) i van continuar desxifrant l'Enigma, van col·laborar amb els criptòlegs britànics de Bletchley Park, que s'havien posat al dia amb el tema. Amb el temps, els criptòlegs britànics, en què s'incloïen llumeneres com Gordon Welchman i Alan Turing (el fundador conceptual de la computació moderna) van fer progressar substancialment l'escala i la tecnologia del desxiframent amb l'Enigma.